关键词:
藏鸡
胚胎期
肌肉发育
miRNA
转录组测序
摘要:
【目的】探索藏鸡胚胎期与骨骼肌生长发育相关的微小RNA(miRNA),对其进行差异表达分析并构建miRNA-mRNA调控网络,为进一步了解miRNA在鸡肌肉生长发育过程中的调控机制提供理论基础。【方法】采集藏鸡胚胎期第10(E10)、14(E14)、18(E18)天腿肌组织进行转录组测序。通过生物信息学分析筛选出在3个日龄中均差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA进行GO功能与KEGG通路富集分析,筛选与肌肉发育相关的mRNA和miRNA构建mRNA-miRNA调控网络,并随机选择6个差异表达的miRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】共有52个miRNAs在E10和E14中差异表达,137个miRNAs在E10和E18中差异表达,33个miRNAs在E14和E18中差异表达,有8个miRNAs在3个藏鸡不同时期胚胎腿肌中均差异表达。GO功能富集结果显示,与骨骼肌生长发育相关的条目有肌动蛋白结合、肌原纤维的组装、肌动球蛋白结构组织和基于肌动蛋白丝的过程、肌纤维膜等。KEGG通路富集结果发现,大量基因显著富集到与细胞的黏附、生存、迁移、增殖、代谢和分化、免疫调节等生物学功能有关的信号通路中。miRNA-mRNA调控网络结果显示,miRNA-210a-3p-MYO1D/PDLIM3、miRNA-1662-DMD/SYNM、miRNA-184-3p-FHOD1等相互调控可能在鸡胚胎期肌肉生长发育过程中起重要作用。研究筛选出miRNA-133c-3p、miRNA-184-3p、miRNA-1662、miRNA-210a-3p、miRNA-1a-3p等miRNAs可能参与肌肉生长发育的过程。实时荧光定量PCR验证结果显示,6个miRNAs的表达趋势与转录组测序结果相一致。【结论】本研究共测得222个差异表达的miRNAs,其中有8个miRNAs在3个日龄中均差异表达,为后续miRNA在调控鸡胚胎时期肌肉生长发育的研究提供理论依据。