关键词:
软骨修复
中胚层发育
胚胎干细胞
多能性维持
命运决定
摘要:
研究背景
软骨细胞主要来源于胚胎发育早期的轴旁中胚层。在受到发育信号诱导后,轴旁中胚层形成体节。随后,体节分为腹侧生骨节和背侧皮节,前者形成包括软骨和脊柱在内的轴向骨骼,后者发育为骨骼肌和背部真皮。在小鼠胚胎发育的第12.5天,一群Col2a1阳性的间充质细胞群体由生骨节细胞分化而来,这些细胞具备形成软骨的潜力。在复杂的时间和空间调控信号通路的指导下,间充质细胞可进一步向软骨细胞分化、增殖和成熟。位于关节表面的软骨细胞产生永久性的关节软骨。
关节软骨由少量软骨细胞和大量细胞外基质(II型胶原和蛋白多糖等)组成,具备传导、吸收和缓冲震荡的能力。这些功能对于肌肉骨骼系统和机体运动功能的发挥至关重要。然而,由于关节软骨缺乏血管和神经的支持,它在遭受遗传、外伤、炎症和衰老等多种因素影响导致损伤时,自身修复能力非常有限。受损的关节软骨往往会引发关节疼痛、骨关节炎和关节功能障碍。目前,临床上常用微创骨折技术或自体骨软骨移植术来治疗早期的软骨损伤,而终末期退行性关节病变常采用全关节置换术作为标准手术。然而,这些技术并非理想的解决方案。因此,探索新的关节软骨修复方法至关重要。
干细胞为软骨修复和再生提供了新的可能。其中,胚胎干细胞(Embryonic stem cells,ESCs)是软骨修复的一种重要的细胞来源。ESCs是从囊胚发育阶段的内细胞团中分离出来的具有无限的自我更新能力和多向分化潜能的细胞群体。自我更新是指ESCs可在适当的体外培养条件下无限增殖并保持其多能性状态,多向分化潜能则是指ESCs可在特定的体外诱导条件下分化为机体的任何类型细胞。目前研究人员已经通过多种方式将ESCs诱导分化为软骨前体细胞或软骨细胞,如模拟体内中胚层发育过程或与软骨细胞共培养等。然而,现有的诱导方法仍存在一些局限:(1)中胚层诱导分化效率不高且分离间充质细胞的步骤复杂;(2)尚缺乏稳定的、可重复的诱导分化体系。而这一过程的推进将极大依赖于对ESCs多能性维持和中胚层分化命运决定机制的解析。
体内外的研究表明,ESCs的命运决定受转录因子、信号通路、表观遗传和代谢等多种机制的协同调控。外部信号通路包括多能性维持相关的信号通路如LIF/STAT3、Wnt/β-catenin和BMP4/SMAD,分化相关的信号通路如FGF4/ERK和TGFβ/SMAD。内源性多能性基因调控网络(Pluripotency gene regulation network,PGRN)以Nanog,Sox2和Oct4为核心,它们通过自调节和反馈调节协同调控下游靶基因。当PGRN处于稳定状态时,ESCs维持在多能性状态;但当任何一个核心转录因子的功能明显减弱使PGRN的稳定性受损时,ESCs将启动分化程序。尽管这些研究丰富了我们对ESCs多能性维持和分化命运决定的认识,但我们仍然对参与调控这一过程的基因和信号通路缺乏较为全面的了解。
通过基因编辑技术修饰基因的表达是生命科学领域研究功能的一种常见手段。与RNA干扰技术相比,CRISPR/Cas9基因编辑技术具备脱靶效率低、敲除效果好及操作简便等优点。CRISPR筛选,又称为高通量基因编辑技术,是基于CRISPR/Cas9系统的一种方法。它通过设计sg RNA敲除文库,同时在不同细胞中敲除多个基因。在采取特定的筛选策略后,进行高通量测序,并利用生物信息学分析寻找潜在的候选靶基因。目前,CRISPR/Cas9功能基因组筛选已被广泛应用于肿瘤细胞中耐药基因、合成致死基因和转移相关基因以及ESCs中自我更新相关基因的筛选与鉴定,成为批量评估基因功能的有效手段。
研究目的
基于此,本研究首先利用CRISPR/Cas9功能基因组筛选鉴定与ESCs多能性维持和中胚层分化相关的基因,然后基于多组学数据(功能基因组学、转录组学和表观组学)的整合分析重构ESCs的命运决定调控网络。本研究旨在基因组范围内鉴定可能调控ESCs多能性维持和中胚层分化的全部基因,为解析ESCs命运决定的分子机制提供线索,并为ESCs在软骨修复领域的应用奠定基础。
研究方法和结果
1.多能性维持相关基因的筛选、鉴定和分析
利用全基因组的CRISPR/Cas9敲除文库,本室分别鉴定到2930个负富集基因(可能促进多能性维持)和1384个正富集基因(可能抑制多能性维持)。富集分析结果显示,负富集基因在m ESCs中高表达,且其主要参与细胞生存必需和多能性维持相关的生物学过程,如DNA复制、RNA代谢、干细胞种群维持、组蛋白修饰和细胞周期等。表型检测结果显示,敲除负富集基因导致m ESCs的增殖能力减慢、克隆形成能力降低,表现出多能性状态受损的表型。
2.中胚层发育相关基因的筛选、鉴定和分析
利用全基因组的CRISPR/Cas9敲除文库,本室在中胚层诱导分化条件下