关键词:
甲状腺癌
甲状腺良性结节
二代测序
基因突变
基因融合
摘要:
目的:甲状腺癌是一类多基因变异的疾病,多种基因变异参与甲状腺癌的发生和发展,其中最多见的变异类型是基因突变和融合。近年来随着高通量测序技术的普及,甲状腺癌的基因变异谱研究得到越来越多的关注。甲状腺良恶性结节的鉴别依赖基因变异谱的差异,但既往多针对DNA开展单基因检测,而利用高通量测序,结合DNA/RNA开展双测序的工作报道不多。本研究旨在应用二代测序和生物信息学方法探究甲状腺癌与良性结节的突变谱差异,在分子层面寻找能够辅助甲状腺良恶性结节鉴别的分子标志物。并且进一步通过对二代测序结果的统计,确定样本中是否有驱动基因突变和融合共变异的现象,并在细胞层面对共变异与单突变对肿瘤细胞生物学行为和通路激活的情况的影响是否不同进行探究。
方法:本研究收集了187例甲状腺结节组织和81例正常甲状腺组织纳入研究。通过B超对甲状腺结节进行Bethesda分级,细针穿刺活检样本和手术样本进一步分别进行细胞学检测和病理学检测,所有样本均进行基因突变和融合的检测。对测序得到的原始数据进行整理,统计发生突变的基因数,突变的类型,突变位点的分布,各基因在癌组织、可疑良性结节和正常组织的突变占比以及基因融合的发生频率,进一步分析各突变基因以及融合与甲状腺癌临床病理特征的相关性。对测序数据中的驱动基因突变和驱动基因融合同时共变异的样本进行临床病理特征分析,并分别构建不同变异载体,探究驱动基因突变和融合共变异对于甲状腺癌细胞生物学行为的影响以及通路激活的情况。
结果:1.共检出突变基因40个,主要包括驱动基因和DNA损伤修复基因等。甲状腺癌的基因变异特征与可疑良性结节存在明显差异,在癌组织中,BRAF(p<0.0001),ZNF717(p=0.031),TERT(p=0.049),GGT1(p=0.008),CHEK2(p=0.014),OTUD4(p<0.0001),RET蛋白激酶域(p=0.047)的突变占比和基因融合的发生频率(p=0.045)均显著高于可疑良性结节,而且RET蛋白激酶域突变(p=0.036)和GGT1(p=0.02)突变均与甲状腺癌淋巴结转移呈正相关。检出融合14例,包括CCDC6-RET、NCOA4-RET、ETV6-NTRK3和TPM3-NTRK1四种融合类型。甲状腺癌中常见的驱动基因BRAF或RAS突变和融合互斥,但在存在ATM基因突变的甲状腺癌中可共存,并与淋巴结转移显著相关。2.与单个BRAF或RAS突变相比,驱动基因共变异的甲状腺癌细胞中MAPK通路和PI3K/Akt通路的激活程度增强,增殖活性(BRAFV600E+***600E=96.43%±2.56%vs.46.61%±3.20%,p<0.0001;BRAFV600E+ETV6-NTRK3 ***600E=97.23%±1.98%vs.46.61%±3.20%,p<0.0001;KRASG12R+TPM3-NTRK1 ***12R=94.30%±3.70%vs.64.83%±3.67%,p=0.0013;KRASG12R+ETV6-NTRK3 ***12R=94.10%±3.54%vs.64.83%±3.67%,p=0.0012)和凋亡水平(BRAFV600E+TPM3-NTRK1 ***600E=20.93%±0.81%vs.6.29%±0.47%,p<0.0001;BRAFV600E+ETV6-NTRK3 ***600E=12.03%±0.2%vs.6.29%±0.47%,p<0.0001;KRASG12R+TPM3-NTRK1 ***12R=9.7%±0.47%vs.3.36%±0.3%,p<0.0001;KRASG12R+ETV6-NTRK3 ***12R=6.1%±0.05%vs.3.36%±0.3%,p=0.0002)明显升高,侵袭性增强。当敲低ATM后驱动基因共变异的甲状腺癌细胞的凋亡比例减少(BRAFV600E+TPM3-NTRK1 ***600E+TPM3-NTRK1+si ATM=20.93%±0.81%vs.1.02%±0.05%,p<0.0001;BRAFV600E+ETV6-NTRK3 ***600E+ETV6-NTRK3+si ATM=12.03%±0.2%vs.1.57%±0.04%,p<0.0001;***600E+si ATM=6.29%±0.47%vs.3.96%±0.06%,p=0.0005;KRASG12R+TPM3-NTRK1 ***12R+TPM3-NTRK1+si ATM=9.7%±0.47%vs.0.8%±0.04%,p<0.0001;KRASG12R+ETV6-NT