关键词:
小鼠胚胎干细胞
发育潜能
BMP4
染色体整倍型
无血清培养
摘要:
胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)是从囊胚内细胞团分离出来的一类在体外培养中具备自我更新和三胚层分化能力的多潜能干细胞。体外培养条件对于胚胎干细胞特性的维持至关重要,可显著影响细胞的基因组稳定性,转录组学,表观组学,增殖能力以及体内外分化能力。传统的胚胎干细胞培养体系以血清为基础,但该体系存在一些不可避免的问题,比如血清批次不稳定,成分不明确,更为严峻的是血清体系中存在多种相互冲突的信号。因此,血清培养条件下的胚胎干细胞呈现出显著的异质性。基于上述问题,成分明确的无血清培养体系被建立并广泛应用于人或小鼠胚胎干细胞的培养。对于小鼠胚胎干细胞而言,目前应用最为广泛的是2008年Austin Smith实验室建立的基于N2、B27和2个小分子抑制剂GSK3i和MEKi的培养体系(本论文定义为N/2i体系)。学界普遍认为该培养条件下胚胎干细胞呈现出更类似于囊胚内细胞团细胞的基态(ground state)特征,因此具备更优的发育潜能。然而,近年来该无血清培养体系被揭露会损害细胞端粒以及造成不可逆的甲基化擦除和基因组不稳定,从而使得在该体系下长期培养的胚胎干细胞丧失体内发育潜能,未能获得正常存活的完全由细胞发育而来的四倍体嵌合小鼠。通过改变无血清2i体系中的MEKi为弱抑制剂SRCi或降低其浓度可有效改善胚胎干细胞DNA低甲基化水平以及体内发育能力,证明无血清体系中添加的MEKi小分子是造成这一缺陷的主要原因。而本研究发现在不改变2i小分子的基础上,将N2和B27更换为血清则同样可以有效改善无血清培养下胚胎干细胞中的这些缺陷,提示了MEKi或许不是无血清体系培养异常的主要诱因,而血清中可能存在某种有助于改善无血清培养缺陷的物质。因此通过系统比较血清和无血清体系下胚胎干细胞的差异,寻找潜在靶点以帮助修复无血清胚胎干细胞培养体系的缺陷,这将有利于进一步优化干细胞的体外培养系统,提高干细胞的质量从而助力于干细胞治疗等临床应用领域。
在本研究中,通过对比血清体系和无血清培养体系,我们发现小鼠胚胎干细胞在无血清体系下表现出增殖速度慢,细胞周期紊乱、染色体非整倍型等自我更新能力的缺陷。更为严峻的是,干细胞的分化潜能特别是体内分化能力受到严重影响,具体表现为无血清体系下的胚胎干细胞在嵌合实验中呈现低皮肤嵌合率和低生殖系嵌合率,且未能通过四倍体互补实验获得完全由胚胎干细胞发育而来的小鼠。我们进一步比较了无血清体系和添加了2i的血清体系下胚胎干细胞转录组,发现无血清体系下的胚胎干细胞呈现出整体转录不活跃,且与多能性维持相关的重要基因和重要信号通路比如BMP,TGFβ,AKT信号通路均表达受限。当利用生长因子激活下调的BMP,TGFβ,AKT信号通路时,发现仅BMP信号通路的激活可以显著维持胚胎干细胞在无血清体系下的自我更新和多能性。其中使用的生长因子骨形态发生蛋白家族BMP2、BMP4、BMP7中以BMP4的改善效果最佳。
为了探究BMP4改善无血清条件下细胞缺陷的内在机制,本研究首先聚焦于核型异常表型和增殖异常表型来进行转录组上的差异分析,结果显示差异基因中Ube2s(ubiquitin-conjugating enzyme E2S)和Chmp4b(charged multivesicular body protein 4B)在无血清体系中显著低表达,而血清体系以及添加BMP4后的无血清体系中上述基因均可以被有效激活。随后,本研究利用基因干扰技术,证明在无血清添加BMP4体系下敲降(或短期诱导敲降)Ube2s或Chmp4b均可引起与无血清培养体系中胚胎干细胞相似的异常表型,且该异常表型不再被BMP信号通路激活所修复。反之,利用基因过表达技术,在无血清体系中过表达Ube2s或Chmp4b可修复胚胎干细胞的自我更新及体内外分化潜能异常。以上结果证明调控染色体分离和细胞周期的Ube2s和Chmp4b为介导BMP4维持胚胎干细胞自我更新的靶基因。那么BMP4如何激活这两个基因?染色质免疫沉淀(Ch IP)测序数据显示BMP-SMAD信号通路的下游靶点Zbtb7a(zinc finger and BTB domain containing 7a)蛋白在Ube2s和Chmp4b启动子区有显著富集,过表达Zbtb7a可上调二者的表达。而且,BMP4还可以通过招募组蛋白H3K4me3修饰,去除H3K9me3和H3K27me3修饰,以激活Ube2s和Chmp4b的表达。此外,与操纵ERK通路(降低MEKi浓度或采用SRCi)的改进方法不同,BMP4不改变无血清体系下胚胎干细胞的低甲基化状态,反而显著激活了无血清体系中的细胞转录组活性,促进了多能性维持相关的重要基因和BMP,TGFβ,AKT信号通路的表达。相比于SRCi,BMP4处理后的胚胎