关键词:
莪术奥酮二醇
动脉粥样硬化跨内皮迁移
网络药理学
分子对接
摘要:
目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨莪术奥酮二醇(Zedoarondiol)治疗动脉粥样硬化跨内皮迁移(transendothelial migration of atherosclerosis,TEMA)的作用机制。方法:采用OMIM和GeneCards数据库检索TEMA的靶点。通过PharmMapper和Swiss Target Prediction数据库检索Zedoarondiol的作用靶点。利用Venny 2.1软件获取TEMA与Zedoarondiol的交集靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。借助Network Analyzer插件对PPI网络进行拓扑分析,并根据Degree值筛选核心靶点。利用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。最后,通过PyRx AutoDock Vina软件进行分子对接验证。结果:通过检索得到TEMA靶点1340个,Zedoarondiol靶点215个,两者的交集靶点58个。Zedoarondiol治疗TEMA的核心靶点包括原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1(phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit 1,PIK3R1)、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11(protein tyrosine phosphatase nonreceptor 11,PTPN11)等。GO分析结果主要包括肽基酪氨酸磷酸化、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶的正向调节等。KEGG分析结果主要包括Ras信号通路、血脂和动脉粥样硬化、VEGF信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示,Zedoarondiol与核心靶点(PIK3R1、SRC、PTPN11)的结合能均小于-5 kcal·mol^(-1)。结论:Zedoarondiol可能通过调节Ras、VEGF、PI3K-Akt等信号通路,以及SRC、PIK3R1、PTPN11等靶点,从而发挥治疗TEMA的作用。