关键词:
亮叶月季
叶绿体基因组
密码子偏好性
突变
选择
摘要:
本研究选取亮叶月季叶绿体基因组的58条CDS蛋白编码基因序列作为研究对象,进行了密码子偏好性的分析。使用CodonW 1.4.2和EMBOSS软件对亮叶月季的密码子碱基组成进行分析,得到GC、ENC、RSCU等参数,基于这些参数,用Orign、SPSS等软件进行中性绘图分析、PR2-plot分析、ENC-plot分析和相关性分析,并选出最优密码子。结果表明,亮叶月季叶绿体基因组密码子不同碱基位置的GC含量顺序分别为GC1(46.38%)>GC2(39.63%)>GC_(3)(25.08%),说明亮叶月季密码子优先使用以A或T结尾的碱基;中性绘图分析结果显示,GC_(12)与GC_(3)的相关性不显著,密码子第3位上的碱基构成可能与第1、2位上的不同,可以推断出密码子的偏好性主要受自然选择的影响;ENC-plot分析结果显示,绝大多数基因在标准曲线的下方,表明ENC的实际值与ENC的预期值之间存在一定距离,可以看出密码子偏好性不仅受到突变压力的影响,还受到选择压力的影响;PR2-plot绘图分析中,大部分亮叶月季密码子基因坐落在右下方,说明密码子在第3位碱基的使用上具有偏好性,且使用次数表现为T>A,G>C。综上,选择和突变等因素共同影响着亮叶月季叶绿体基因组密码子的偏好性。在亮叶月季叶绿体基因组中共筛选出UUU、UUA、CUU、AUA、AAU、GUA、UCA、ACA、CAU、GAU、UGU、CGA、AGU、AGA、GGU、GGA等16个最优密码子,并全部以A或U结尾。