关键词:
杨树
TCP
生物信息学
盐胁迫
摘要:
TCPs是植物所特有的转录因子,本研究旨在探究杨树TCP基因家族的结构特征及其在盐胁迫下的表达特性,以期为杨树优良基因选育工作提供思路。通过生物信息学手段,分析杨树TCP基因家族的理化性质、基因结构、顺式作用元件、蛋白相互作用以及物种内和物种间的共线性,并通过RNA-seq数据分析其在高盐胁迫下的表达模式。杨树中共有37个非冗余的TCP家族成员,其中有20个属于ClassⅠ亚家族,17个属于ClassⅡ亚家族(CYC和CIN两个亚类分别包含7个和10个);同一亚族的TCP基因结构、保守基序分布、保守结构域以及蛋白三级结构高度相似;TCPs基因启动子序列中含有各种激素响应元件、胁迫响应元件、发育过程特定元件等;互作蛋白分析表明,37个TCP成员中存在26个关键枢纽蛋白,其中Potri.008G115800.1、Potri.003G120200.1、Potri.001G111800.1在细胞内起中心调控作用;共线性分析表明,物种内共存在8对共线性关系,相互有共线的两个基因在不同的染色体上具有相似的基因序列;通过转录组数据分析发现,杨树的叶、茎、根中分别有6、1、7个TCPs基因在盐胁迫处理后显著差异表达,并通过qRT-PCR得以验证。本研究系统分析了杨树TCP基因家族的结构特征和表达特性,为后期研究杨树TCP转录因子在高盐胁迫下的调控机制提供了参考依据。