关键词:
朱鹮
肠道微生物
16S rRNA基因
多培养基联合
微生物多样性
摘要:
【背景】肠道微生物与宿主健康密切相关。作为我国一级保护动物,朱鹮的肠道微生物组成结构的研究对于其种群数量的恢复具有重要意义。【目的】研究朱鹮肠道微生物多样性,以期阐明朱鹮肠道可培养微生物多样性,发掘朱鹮肠道潜在有益微生物资源。【方法】采用了三大类十八小类培养基对成年健康朱鹮的肠道细菌进行了分离,结合16S rRNA基因扩增和序列分析对分离获得的细菌进行鉴定分析。【结果】共分离得到了1245株细菌,经鉴定为3门22属82种,在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)作为优势菌门,占分离总数的71.00%,在纲水平上,变形菌纲(Proteobacteria)和芽孢杆菌纲(Bacilli)为优势菌群,分别占分离总数的71.00%和27.23%,在属水平上,埃希氏菌属(Escherichia)为优势菌属,占分离总数的46.75%。第一类为基础培养基,共包含九小类培养基,总计获得561株纯化细菌,其中包括放线菌门(Actinomycetota)的细菌。主要为埃希氏菌属、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠球菌属(Enterococcus)、链霉菌属(Streptomyces)的细菌;第二类为添加粪便上清培养基,共含六小类培养基,总计获得539株纯化细菌,主要是假单胞菌属、芽孢杆菌属(Bacillus)、漫游球菌属(Vagococcus)、梭菌属(Clostridium)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus);第三类为添加鱼肉培养基,共包含三小类培养基,总计获得145株纯化细菌,主要为气单胞菌属(Aeromonas)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、哈夫尼菌属(Hafnia)和肥杆菌属(Obesumbacterium)。此外,三大类培养基在各分类水平上都体现了不同的选择性。所有培养基中,除了MRS以及MRS筛选培养基的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)外,其他培养基所获得的优势门都是变形菌门。本研究还发现96株肠球菌属的细菌中,有82株细菌所属种被报道具有益生作用,占分离总数的6.59%;此外有62株为潜在新菌,占分离总数的4.98%,其中基础培养基和粪便上清培养基中的新菌率相对较高。【结论】采用多培养基联合探究朱鹮肠道微生物多样性,丰富了朱鹮肠道中的微生物种类,为后期朱鹮肠道微生物资源挖掘奠定了坚实基础,也为后期开发有益微生物积累了丰富且稀有的菌种资源。