关键词:
查尔酮异构酶
菠萝
基因克隆
表达分析
亚细胞定位
摘要:
为探究查尔酮异构酶编码基因家族(chalcone isomerase,CHI)在菠萝中的生物学功能,为菠萝的遗传改良提供理论依据,首先,从菠萝全基因组数据库中识别并鉴定AcCHIs基因家族成员;然后,运用生物信息学相关工具和软件对AcCHIs的基本理化性质进行分析,预测其编码蛋白的二级结构;再然后,构建系统进化树,探究CHI基因家族在不同物种间的亲缘关系,分析AcCHIs基因的染色体定位、共线性等;最后,进一步克隆菠萝AcCHIs家族各成员,运用实时荧光定量PCR技术检测AcCHIs基因在菠萝不同组织(根、茎、叶、花、果肉、果皮)及不同品种果肉中的表达水平,通过在烟草中的亚细胞定位技术等探究相关基因的功能。结果表明,菠萝有5个AcCHIs基因,其蛋白质序列长度为206~428 aa,相对分子量为23.09~47.74 ku,等电点范围在5.00~9.39之间;进化分析发现,AcCHI4属于Ⅰ型,AcCHI1~AcCHI3属于Ⅱ型,AcCHI5属于Ⅳ型;菠萝中5个CHI基因均有较长的内含子,5个AcCHIs基因分布在不同染色体上;对AcCHI2基因家族的5个成员进行克隆测序,发现其序列与预期结果基本一致;AcCHIs基因表达存在组织特异性,5个AcCHIs基因均在叶片中有较高表达,只有AcCHI5在花中的表达量最高,约是叶片的2倍。对白色果肉的“牛奶”菠萝与黄色果肉的“金钻”菠萝进行定量分析发现,只有AcCHI4基因在“牛奶”菠萝中的相对表达量高于“金钻”菠萝,其余4个基因的相对表达量均低于“金钻”菠萝;Ⅱ型的AcCHI4具有查尔酮异构酶催化活性,亚细胞定位结果显示其定位于细胞核、细胞质膜中行使功能。从菠萝基因组中鉴定出5个AcCHIs基因家族成员后,明确了基因家族成员的基本理化性质、结构特征及进化关系,揭示了其在菠萝不同组织中的表达规律,并发现AcCHI4在“牛奶”菠萝白色果肉形成过程中有一定作用。研究结果为进一步探究AcCHIs基因家族的功能,以及通过基因工程手段改良菠萝品质奠定了理论基础。