关键词:
乳腺肿瘤
基因序列
纺锤体蛋白
序列相似性为83的家族成员D
生物信息学
预后标志物
免疫浸润
摘要:
目的利用生物信息学分析手段评估序列相似性为83的家族成员D(FAM83D)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法收集2022年10月至2023年5月基因表达综合(GEO)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达谱交互分析(GEPIA)2、人类蛋白谱(HPA)和肿瘤亚群基因表达和生存分析门户(UALCAN)等数据库中FAM83D在乳腺癌中的表达数据及其与临床分期相关性数据,并分析FAM83D的表达与分子分型和TP53突变之间的相关性。此外,实时荧光定量PCR进一步证实FAM83D在乳腺癌细胞的表达情况。利用Kaplan-Meier plotter数据库分析FAM83D的表达对乳腺癌病人生存的影响,并对FAM83D和其他相关病理参数进行单因素、多因素Cox回归分析,构建列线图预后模型。利用功能富集分析门户(DAVID 6.8)对FAM83D进行富集分析。通过肿瘤免疫评估综合数据库(TIMER 2.0)和肿瘤免疫系统交互数据库门户(TISIDB)分析了FAM83D的表达与乳腺癌中免疫微环境具有一定的关联性。结果FAM83D在乳腺癌组织和细胞中高表达,FAM83D的mRNA水平在乳腺癌组织中表达水平(3.11±0.64、4.43±1.45、3.10±1.24)明显高于正常乳腺组织(3.09±0.24,1.64±0.81,0.83±0.61),各组比较均差异有统计学意义(P<0.05),并与乳腺癌病人肿瘤分期、分子分型和TP53突变状态密切相关(均P<0.05)。高表达的FAM83D提示乳腺癌病人更短的总生存期(OS)(HR=2.12,P<0.001)、无复发生存时间(RFS)(HR=2.11,P<0.001)、进展后生存时间(PPS)(HR=1.72,P=0.006)和无远处转移生存时间(DMFS)(HR=2.83,P<0.001)。FAM83D、年龄、M分期和绝经状态可作为乳腺癌病人的独立预后因素(HR=1.29,2.41,5.09,2.91;均P<0.05)。基因本体(GO)和京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析结果显示,FAM83D不仅发挥着与微管、管蛋白结合的功能,还在细胞周期和P53等相关信号通路显著富集。FAM83D的表达与乳腺癌中B细胞和辅助T细胞2等免疫细胞的浸润呈正相关,而与自然杀伤细胞和细胞样树突状细胞等免疫细胞的浸润呈负相关。此外,FAM83D的表达还与免疫刺激因子PVR、ULBP1,免疫抑制因子IDO1、LAG3和趋化因子CCL7、CXCL10的表达呈正相关。结论FAM83D在乳腺癌组织中高表达,与病人不良预后有关,可作为乳腺癌预后生物标志物。