关键词:
肺腺癌
铁死亡
生物标志物
相关基因
预后
摘要:
目的分析并验证影响肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)预后的关键铁死亡(ferroptosis)相关基因及药物敏感性。方法从癌症基因组图谱数据库(The cancer genome atlas,TCGA)、基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)数据库下载数据。对数据库中下载的转录组表达谱进行差异表达分析、基因本体数据库(gene ontology,GO)和京都的基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGC)富集分析、加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)共表达分析,与铁死亡相关基因取交集并进行乘积极限法(Kaplan-Meier,KM)生存分析,获得关键基因,进行药物敏感性分析。结果TCGA数据集中,LUAD样本和正常样本中共筛选964个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中259个表达上调,705个表达下调。GSE46539数据集中有193个DEGs,其中108个上调,85个下调。964个DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析显示,DEGs主要参与的生物学功能为细胞外基质组织、细胞外结构组织、外部封装结构组织、细胞黏附的正向调节、伤口愈合、含胶原蛋白的细胞外基质、胶原蛋白三聚体、薄膜筏膜微域、内细胞囊泡、细胞外基质结构成分、糖胺聚糖结合、肝素结合、整合素结合、细胞因子结合。WGCNA共表达分析分别获得5303,362个基因。将TCGA和GSE46539数据集的DEGs、WGCNA与FRGs取交集,确定2个重叠基因配对(couple,CP)和碳酸酐酶9(carbonic anhydrase 9,CA9)。与正常样本相比,CP和CA9高表达于LUAD样本(P<0.001),两者在泛癌中多数为高表达。KM生存分析显示,CA9高表达者生存期短(P<0.05),CP对LUAD生存期的分析差异无统计学意义(P>0.05),CA9是LUAD的危险基因,与2种药物敏感性正相关。结论生物信息学验证了影响LUAD预后的关键铁死亡相关基因CA9,为LUAD提供了潜在治疗靶点。