关键词:
金顶侧耳
磷酸葡萄糖变位酶
克隆
生物信息学
摘要:
为探究金顶侧耳磷酸葡萄糖变位酶(PGM)基因特点和结构,研究基于金顶侧耳基因组数据,通过RT-PCR技术对PGM基因进行克隆,并对其编码的蛋白质进行生物信息学分析,包括理化性质,亲疏水性、二、三级结构等。结果表明,金顶侧耳PGM基因序列全长为1797 bp,编码598个氨基酸,分子量为66.35 kDa;该蛋白等电点为5.98,亲水性总平均值为-0.278,不稳定指数为29.54,是一种酸性、亲水性、稳定蛋白;其无信号肽,无剪切位点,跨膜螺旋数为0,属于非分泌、非跨膜蛋白;其在氨基酸序列区域间存在保守结构域,属于PTZ00150基因家族,共有81个磷酸化位点,定位于细胞质中。其二级结构主要包含α-螺旋(43.14%),无规则卷曲(35.79%),延伸链(14.72%)和β-折叠(6.35%);三级结构主要是由α-螺旋和无规则卷曲组成,结构较为稳定。同源性及系统进化树结果显示,PcPGM与平菇、秀珍菇、真姬菇和玉蕈离褶伞的相似性分别为78.04%、79.70%、71.33%和67.50%,且与平菇和秀珍菇的亲缘关系最近,均属侧耳科。与PcPGM蛋白可能存在互作关系的蛋白质有6个,包括己糖激酶1(HXK1),葡萄糖-6-磷酸异构酶(GPIC),α-葡聚糖磷酸化酶1(αGP1),αGP2,UTP-葡萄糖-1-磷酸尿苷酰转移酶1(UGP1)和UGP2,均为糖代谢相关酶类。本研究为深入探究金顶侧耳PGM基因的生物学功能及药用价值开发提供参考。