关键词:
宫颈癌
脂质
差异表达基因(DEGs)
免疫细胞浸润
生物信息学分析
摘要:
目的探讨脂质代谢与宫颈癌预后的关系并挖掘相关的脂质代谢标志物,指导临床开发针对性抗肿瘤药物,改善患者预后。方法从癌症基因组图谱下载了253个宫颈鳞状细胞癌样本和22个相邻非癌样本的RNA-seq和临床数据。从分子标志物数据中获取了与脂质代谢相关的数据集,分析差异表达基因(DEGs),进行火山图和DEGs热图分析,在线富集分析系统进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,可视化GO术语和KEGG富集结果,进行相关突变分析。评估脂质代谢相关基因与总体生存率之间的关系,并绘制生存曲线。选择重点基因并确定每个患者的预后风险指数,绘制风险曲线。进行单变量和多变量独立预后分析,以确定预后风险指数是否可用作独立预后指标。构建预后风险指数和6种免疫细胞类型之间的相关关系图。结果共挖掘到192个脂质代谢相关基因,其中59个DEGs高表达,133个低表达;GO富集分析结果表明,“脂代谢过程”“信号转导”“胞质”“胞膜”“ATP结合”“蛋白酶结合”等在生物过程(BP)、细胞组分(CC)及分子功能(MF)中扮演重要角色。KEGG信号通路富集分析结果表明,甘油磷脂代谢是最显著的具体调节通路。单因素变量分析确定了16个预后相关的脂质代谢基因,突变分析揭示上述许多预后相关的脂质代谢基因具有较高的扩增突变的特征。综合分析表明,T分期、N分期及预后风险指数是独立的预测因子(P<0.05)。脂质代谢相关基因风险评分与多种免疫细胞浸润水平呈显著负相关(P<0.05)。该风险评分与B淋巴细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、CD8^(+)T淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞及树突细胞等主要免疫细胞亚群的浸润程度均呈显著负相关(P<0.05)。结论脂质代谢相关基因表达水平可能对肿瘤微环境中的免疫细胞浸润具有重要调控作用,明确了脂质代谢与宫颈癌之间的关系,可为今后宫颈癌的诊断及治疗提供新的临床思路和靶点治疗策略。