关键词:
藏猪
猪细小病毒(PPV)
生物信息学分析
二级结构
NS1蛋白
VP2蛋白
摘要:
为阐述藏猪猪细小病毒(PPV)非结构蛋白1(NS1)和结构蛋白2(VP2)的生物信息学特征,本试验对疑似患病西藏本土藏猪血液样本进行聚合酶链式反应(PCR)和全基因组测序鉴定,阳性样本进行病毒分离并观察细胞病变效应(CPE),绘制PPV分离株遗传进化树进行亲缘性分析;运用在线网站和软件对PPV分离株的NS1和VP2蛋白氨基酸进行生物信息学分析,获取2种蛋白的理化性质和空间结构。结果显示,经PCR和全基因组测序鉴定,分离获得1株西藏本土PPV,其基因组序列的大小为4336 bp,根据地域特点命名为PPV/China/XZ(XZ-PPV);进化树分析结果显示,XZ-PPV与国内参考株KX233726TJ、KJ201927和德国参考株JN4005167a、JN4005178a等PPV参考株处于同一分支,亲缘关系最近;生物信息学分析结果显示,XZ-PPV的NS1和VP2蛋白都属于亲水性稳定蛋白,二者均无信号肽序列和跨膜结构域,在二级结构中均以无规则卷曲为主要空间结构,且这2种蛋白的空间构象均相对稳定。综上所述,本试验发现XZ-PPV与目前已知PPV毒株的氨基酸亲水性位点和蛋白空间结构存在差异,如NS1和VP2蛋白存在亲水区域的氨基酸位点以及二级结构(α螺旋和β转角等)所占比例存有异同,可为后续PPV的诊断和相关疫苗研发提供数据支撑,也可为其防控和治疗提供一定的理论依据。