关键词:
生物信息学
骨肉瘤
通路富集分析
关键基因
摘要:
目的筛选骨肉瘤(OS)的关键基因。方法基因表达数据库(GEO)下载数据集GSE85537,选取OS原发灶和肺转移患者为研究对象,筛选差异基因(DEGs),利用DAVID数据库,对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI),Cytoscape软件筛选关键基因。采用GPIA数据库对关键基因进行验证和生存曲线分析。结果获得DEGs 630个,上调基因158个、下调基因472个。DEGs主要富集于positive regulation of transcription from RNA polymeraseⅡpromoter、signal transduction、positive regulation of GTPase activity等生物过程;DEGs主要富集于cytokine activity、GTPase activator activity、Ras guanyl-nucleotide exchange factor activity等分子功能;CC主要富集于extracellular region、extracellular space、cell surface等细胞成分。KEGG通路富集分析表明,通路主要为Pathways in cancer、PI3K-Akt signaling pathway、Rap1 signaling pathway等;关键基因HTR1D低表达患者预后良好;HTR1D表达与细胞纯度无明显相关性,与B细胞、中性粒细胞的免疫浸润水平呈显著正相关。HTR1D基因在OS中,肺转移患者较原发患者表达降低,与OS患者的预后相关。OS中,HTR1D低表达预后较好。结论筛选的关键基因和通路可能为OS的研究提供思路。