关键词:
合作猪
CXCL12基因
克隆
生物信息学
表达
摘要:
【目的】对合作猪基质细胞衍生因子-1(stromal cell-derived factor 1,SDF-1(CXCL12))基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在不同组织中的表达水平,为研究CXCL12基因的功能奠定基础。【方法】以合作猪心脏组织cDNA为模板,采用PCR扩增、克隆CXCL12基因CDS区序列并测序,对所获序列进行相似性比对及系统进化树构建。利用生物信息学软件对合作猪CXCL12蛋白进行理化性质及结构功能分析。运用实时荧光定量PCR检测CXCL12基因在合作猪各组织内的表达水平。【结果】合作猪CXCL12基因CDS区全长351 bp,编码116个氨基酸;与马的亲缘关系最近,与羚羊的亲缘关系最远。CXCL12蛋白不存在跨膜区和信号肽,但存在1个低复杂度的SCY结构域,亲水性指数为―0.347,属于亲水性蛋白,包含12个磷酸化位点;二级结构主要为无规则卷曲(54.31%)和α-螺旋(32.76%),三级结构与二级结构相一致;该蛋白主要分布于细胞核和线粒体,并与CCL21、CXCL9等蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,CXCL12基因在合作猪肝脏中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01),在肾脏和心脏中的表达量极显著低于其他组织(P<0.01)。【结论】本研究成功克隆合作猪CXCL12基因CDS区,编码116个氨基酸,主要分布在细胞核和线粒体中,是一种稳定、亲水且无跨膜结构的分泌蛋白。CXCL12基因在合作猪肝脏中的表达量最高。本研究结果可为进一步揭示CXCL12基因调控合作猪免疫机制提供参考。