关键词:
手足口病
肠道病毒
柯萨奇病毒A16型(CVA16)
全基因组
基因重组
摘要:
目的对2021—2023年嘉兴市手足口病相关的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)分离株的全基因组特征进行分析,掌握本地区CVA16的生物学及分子进化特征。方法实时荧光定量PCR对收集的手足口病病例样本进行肠道病毒通用及分型检测,同时对阳性样本用RD细胞进行病毒分离培养,选取23株CVA16型毒株进行高通量测序,获得其全基因组序列。采用DNAStar、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1等生物信息学软件对序列进行比对分析,构建VP1区系统进化树,掌握基因型别构成,对全基因组核苷酸序列及所编码氨基酸进行同源性分析,同时掌握主要区域的氨基酸突变位点及基因重组情况。结果2021—2023年共检测1836份手足口病病例标本,肠道病毒通用基因阳性1432份(78.00%,1432/1836),其中CVA16阳性263份,占确诊阳性病例数的18.37%(263/1432);23株CVA16毒株经测序均为B1亚型,其中6株属于B1b型,17株属于B1a型,以B1a型占据优势;嘉兴市B1a型毒株与2018—2023年北京市、云南省、广州市、江苏省等省市分离株及2015—2017年越南、泰国、澳大利亚分离株具有遗传亲缘性;B1b型毒株表现出一致的VP1区L23M、VP2区V217I氨基酸突变,而B1a型毒株在VP1区则呈现S14N/D、T164K、V251I氨基酸突变、VP3区表现出R41H氨基酸突变;嘉兴市23株CVA16与原型株相比较,在编码区内,以VP1和3D区积累的氨基酸突变个数最多,分别为28和50个;B1a与B1b两型毒株的重组模式略有不同,B1a型在5′-UTR区与CVA8发生了重组,而非CVA4,在P2和P3的大部分区域与肠道病毒A组71型相似,在P3的3D区与CVA5发生了重组。结论嘉兴市CVA16流行株与其他地区分离株可能存在同循环进化趋势;重组主要发生在5′-UTR区及P2和P3非结构蛋白编码区;需要对CVA16进行持续分子监测,全基因组测序可以帮助了解毒株的遗传变异、进化和重组情况,为手足口病的监测预警、疫苗研发和防治工作提供更为充足的依据。