关键词:
柯萨奇病毒A组10型
全基因组
进化分析
手足口病
病原学
摘要:
目的分析手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)云南省分离株的基因组特征。方法对云南省2009年和2015年3例手足口病患儿临床样本中分离到的3株CV-A10分离株A103/YN/CHN/2015、A72/YN/CHN/2015和R09191/YN/CHN/2009(简称A103、A72和R09191)进行全基因组序列测定,与GenBank中CV-A10代表毒株进行序列比对,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot3.5.1软件进行重组分析。结果云南省3株CV-A10分离株(A103、A72和R09191)的基因组全长分别为7 417 nt、7 414 nt和7 416 nt,全基因组核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为95.6%~99.5%和97.5%~99.0%。3株CV-A10分离株与原型株Kowalik的全基因组核苷酸一致性为79.7%~79.8%,氨基酸同源性为94.7%~95.3%;与国内CV-A10代表株的全基因组核苷酸一致性为93.2%~99.9%,氨基酸同源性为94.9%~99.7%。进化分析发现,3株CV-A10分离株与近年来中国大陆CV-A10流行株同属F基因型,A103株和R09191株在进化树上位于同一分支,A72株位于另一分支。A72株在VP4、VP2、VP1、2B、2C、3A、3B、3C、3D段与厦门分离株相似性最高,核苷酸一致性为96.82%~100.00%。而A103株和R09191株在VP4、VP2、VP3、VP1、2B、3C、3D、3′UTR段与山东分离株相似性最高,核苷酸一致性为94.37%~99.52%。经Simplot软件分析未发现明显的基因重组。结论云南省3株CV-A10分离株与近年中国大陆CV-A10流行株同属F基因型,但属于不同的2个分支,均无明显的重组事件发生。