关键词:
院内感染
耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌
全基因组测序
耐药与毒力分析
摘要:
目的监测并阐明广州市耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学特征,为临床CRKP防控策略提供理论基础。方法2020-2023年,从中山大学孙逸仙纪念医院分离了78株临床感染来源的CRKP菌株,并进行全基因组测序。利用SPAdes对原始数据进行组装,并鉴定菌株的多位点序列分型(MLST)、荚膜合成位点(KL)分型、耐药基因、毒力基因和质粒复制子类型。blaKPC⁃2基因周边的插入元件通过ISfinder确定。最后,结合NCBI公共数据库中分离自中国地区的228株ST11 CRKP,通过Roary构建群体泛基因组,并利用RAxML进行系统进化树分析。结果全基因组测序分析结果显示,78株菌株中共有5种ST型,其中91.03%的菌株为ST11。KL分型结果显示,84.62%的菌株为KL64。毒力基因分析结果显示,91.03%的菌株含有iucABCD⁃iutA以及rmpA。质粒复制子类型分析结果显示,80.77%的菌株携带6种质粒复制子类型,其中ColRNAI、IncFIB_(K)、IncFII_(pCRY)、IncFII_(pHN7A8)、IncHI1B以及IncR为主要的质粒复制子类型。耐药基因分析结果表明,碳青霉烯类耐药基因bla_(KPC⁃2)的检出率高达97.44%,且其他耐药基因检出率也较高,包括fosA6(100.00%),sul2(98.72%),bla_(CTX⁃M⁃65)(91.03%),tet(A)(89.74%),dfrA14(87.18%)和catA2(70.51%)。遗传结构分析显示,blaKPC⁃2基因阳性菌株均存在ISKpn27⁃bla_(KPC⁃2)⁃△ISKpn6可移动遗传元件,且该元件与大肠杆菌质粒片段高度同源。系统发育分析揭示本研究分离的CRKP菌株大多数聚集为进化树同一分枝。结论携带bla_(KPC⁃2)基因的ST11/KL64 CRKP是院内广泛流行的克隆谱系,应加强院内CRKP感染防控。