关键词： 蜱   荆门蜱病毒   感染率   基因组全长   系统发育分析  

摘要： 目的: 了解贵州省各市州蜱虫的物种多样性及分布特征,分析不同地理株蜱虫间的遗传进化关系;了解荆门蜱病毒(Jingmen tick virus,JMTV)在贵州省各市州蜱虫中的感染情况及不同地理株JMTV的系统发育;提供贵州省内蜱及蜱JMTV的流行病学资料。 方法: 1.于2021-2023年4-10月在贵州省各市州采用动物体表采集法与布旗法,采集寄生蜱及游离蜱; 2.使用超景深显微镜对蜱种进行形态学鉴定后,选取不同地域、种类及不能准确识别的蜱虫提取组织DNA,采用PCR法扩增蜱虫的线粒体COI和16S rDNA基因片段并测序,序列采用Blast比对确认蜱虫物种;使用Bio Edit分别比对、编辑线粒体COI、16S rDNA基因组序列,再利用MEGA11.0软件构建系统发育树; 3.提取每只蜱虫RNA,逆转录后,根据JMTV的第1节段设计特异性引物进行PCR检测;初筛阳性的样本,使用根据JMTV的第2节段设计特异性引物再次进行PCR检测,如阳性则视为阳性; 4.将JMTV全基因组序列分为17个片段分别设计特异性引物,采用RT-PCR的方法扩增各市州(试验前期JMTV筛查阳性的市州)JMTV全基因组;成功扩增的产物进行测序、拼接;使用Bio Edit比对、编辑JMTV的全基因组序列,再利用MEGA11.0软件构建系统发育树。 结果: 1.在贵州省各市州(共9个市州)共采集蜱虫1079只,其中牛寄生蜱926只,羊寄生蜱56只,犬寄生蜱27只,游离蜱70只。形态学和分子生物学方法共鉴定出1科3属3种,包括微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)770只,长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)285只,卵形硬蜱(Ixodes ovatus)24只。 2.在基于蜱虫线粒体COI和16S rDNA基因构建的系统发育树中,微小扇头蜱、长角血蜱、卵形硬蜱的线粒体COI和16S rDNA基因都分别与相同物种的参考基因序列同聚一簇。在两个发育树中,贵州省大部分微小扇头蜱序列总体上聚于一个分支,只有QDNZ1株在两个树中都形成了独立分支;多数长角血蜱序列也聚于同一分支,仅BJS1的COI序列与其他省聚在另一分支;卵形硬蜱在两个发育树中均与云南株聚在一起。 3.1079份蜱样本的JMTV检测中,总阳性率为11.02%(199/1079),微小扇头蜱、长角血蜱和卵形硬蜱JMTV携带率分别为14.94%、1.40%、0。在贵州各市州中,黔西南州采样点JMTV阳性率为29.95%(65/217),六盘水采样点JMTV阳性率为12.87%(35/272),铜仁市采样点JMTV阳性率为6.03%(17/282),毕节市采样点JMTV阳性率为1.01%(1/99),黔南州采样点JMTV阳性率为1.20%(1/83),其余市州未检出到JMTV。 4.在全基因组序列扩增中获取了黔西南GZAL、毕节GZBJ、黔南GZCS、六盘水LPS和铜仁GZTR,序列大小分别为11075bp、11063bp、10013bp、10871bp、11086bp。在基于JMTV四个节段构建的系统发育树中,这五个JMTV的四个节段均与国内各地区的毒株聚在为一支,并主要与云南、四川和贵州株聚集在一起的,在发育树更小的分支中,和其他地区序列聚在一起时,树形发生了改变。 结论: 1.贵州存在微小扇头蜱、长角血蜱和卵形硬蜱;在贵州黔东南地区存在一株微小扇头蜱独特株系,且在毕节市的长角血蜱存在省外输入的情况,这可能会增加蜱媒疾病在贵州传播的风险。 2.在铜仁、毕节、黔西南、黔南及六盘水采样点均有JMTV分布,这些毒株总体上与云南和四川同源性较高,但可能存在与国内其余地区JMTV基因重排。

关键词： 肺结核   流行病学   疾病防控   传播风险   随机动力学模型  

摘要： 目的:通过建立能反映肺结核动力学性质的随机模型,分析影响肺结核传播的随机因素,为肺结核的防治提供理论依据.　　方法:(1)考虑到肺结核传播过程中存在的人口随机效应(即与个人动态相关的随机性,如肺结核的传播、康复,个人的出生或死亡等随机因素),建立了两类连续时间马尔可夫过程(CTMC)的随机肺结核模型:具有快慢进展和复发的 CTMC 随机模型,具有非传染性肺结核患者的 CT MC随机模型.首先,应用分支过程得到了两类CTMC随机模型的疾病灭绝/爆发阈值;其次,利用数值模拟计算了疾病由不同感染群体引入时的疾病灭绝概率和预期流行时间;最后,比较随机模型与确定模型的动力学性质的差异,探讨人口随机效应对肺结核流行的影响,分析快慢进展、复发以及非传染性肺结核患者对肺结核传播的影响.(2)考虑到肺结核传播过程中结核分枝杆菌受到温度、湿度等环境因素的干扰(环境随机噪声),建立了环境噪声影响下被非耐药菌株和耐药菌株共同感染的随机肺结核动力学模型.首先,证明了随机模型解的正性,并定义了模型的基本再生数.其次,基于新疆2004–2019年非耐药肺结核新发病例数,利用马尔科夫-蒙特卡洛(MCMC)方法对随机模型进行了数据拟合和参数估计,并估计了模型的基本再生数,利用拉丁超立方抽样(LHS)确定模型中的各参数与非耐药肺结核新发病例数以及基本再生数的偏秩相关系数(PRCC)值,找出影响新疆肺结核流行的关键参数,比较各种措施策略的预防控制效果.　　结果:(1)数值模拟结果表明,随机模型的动力性质高度依赖于初始条件,而确定性模型的动力学性质不受初始条件影响.其次,疾病仅由肺结核患者??引起时,肺结核灭绝的概率最小,预期流行时间最长.最后,肺结核患者??的随机效应最强,其次是潜隐感染者E,康复者R的随机效应最弱.(2)结果表明,当确定性模型的基本再生数R0 ＞ 1 时,疾病是长期流行的;然而,即便 CTMC 模型的阈值ρ(M) ＞ 1,在不同的初始条件下随机模型中疾病依旧会灭绝或流行.其次,当疾病只有非传染性肺结核患者传播时,疾病灭绝的概率最高,疾病的预期流行时间最短,而疾病由传染性肺结核患者传播时疾病灭绝的概率最低,相应地,疾病的预期流行时间最长.此外,在非传染性肺结核患者??中的随机波动最强,其次是传染性肺结核患者I,接下来是潜隐感染者E和康复者R,易感者??的随机波动最弱.(3)基于新疆 2004年至 2019年非耐药肺结核新发病例数,利用MCMC方法对模型进行数据拟合和参数估计,得到了模型的基本再生数R0=2.589,95%CI:(2.476,2.701).表示新疆肺结核仍会持续流行.其次,敏感性分析结果显示,易感者与耐药肺结核患者的之间的有效传播率β2、耐药潜隐感染者的进展率v与非耐药的肺结核新发病例数及基本再生数R0存在较强的正相关关系,而耐药肺结核患者的白噪声强度σ5与非耐药的肺结核新发病例数和基本再生数RO呈负相关.　　结论:(1)确定性模型的动力学性质不受初始条件的影响,而 CTMC 模型的动力学性质高度依赖初始条件.(2)非传染性肺结核患者在一定程度上减少了肺结核的传播,且其的随机波动最强.(3)随机模型的基本再生数R0＞ 1,表示新疆肺结核仍会持续流行.降低易感者与耐药肺结核患者的有效传播率β2和耐药潜隐感染者的进展率??是降低肺结核新发病例数的有效措施.

关键词： 沙眼衣原体   全基因组测序   遗传多样性   菌群结构   选择性全基因组扩增  

摘要： 研究背景:沙眼衣原体感染是全球最为流行的性传播疾病,已成为严重公共卫生问题。中国沙眼衣原体感染发病率每年增长高达10.44%,其中广东省沙眼衣原体感染率位居全国前列,而高危人群感染率显著高于普通人群。由于沙眼衣原体在高危人群中存在复杂的传播动态和群体交互网络,因此加强高危人群的监测、制定有针对性的干预策略,对于疾病防控具有重要意义。尽管全基因组测序已被广泛用于传染病监测,但目前公开可获得的中国沙眼衣原体全基因组数据极少。这一方面是临床样本中沙眼衣原体含量低、人类基因组污染严重、样本复杂度高等客观因素造成,另一方面也与目前沙眼衣原体全基因组测序技术的较高技术门槛和昂贵的成本有关。由于缺乏中国沙眼衣原体流行株基因组数据,无法了解在全球沙眼衣原体流行的背景下中国沙眼衣原体的遗传差异。面对居高不下的沙眼衣原体感染流行现状,中国沙眼衣原体的传播动态和遗传多样性仍存在许多未知,亟需进行更全面的沙眼衣原体分子流行病学研究,从而制定有针对性的干预策略。 目的和意义:本研究为解析沙眼衣原体在高危人群中存在复杂的传播动态和遗传变异情况,利用全基因组测序技术展开广东省高危人群沙眼衣原体的分子流行病学研究;为解决目前从临床样本获得沙眼衣原体全基因组的困难,开发一种低成本、便捷的选择性沙眼衣原体全基因组扩增技术,实现临床样本全基因组测序;为探索中国的沙眼衣原体流行株在全球大流行背景下的遗传差异及其环境适应性,将本研究产生的中国沙眼衣原体基因组与全球已公开发表的沙眼衣原体菌株进行遗传多样性研究。这将为研究广东省高危人群中沙眼衣原体的分子流行病学提供数据支持;通过建立低成本和便捷的沙眼衣原体全基因组测序方法,促进沙眼衣原体分子流行病学监测;揭示中国沙眼衣原体菌株在全球流行背景下的遗传多样性,深入研究广东省不同人群中沙眼衣原体的亚群结构和遗传差异。这对于制定针对性的预防和控制策略具有重要的科学和公共卫生意义。 研究方法: 1.广东省高危人群沙眼衣原体的传播动态 依托2021年的广东省沙眼衣原体主动监测队列,对来自广东省11个城市的女性性工作者(FSW)、男男性行为者(MSM)和性病门诊男性就诊患者(MPSTD)三个高危人群中满足测序要求的83份沙眼衣原体尿液样本,进行基于RNA诱饵文库捕获技术的沙眼衣原体全基因组测序。同时利用全基因组测序数据与样本地理、人群信息联合分析,解析广东省沙眼衣原体流行菌株在不同人群中的ompA基因型别、菌株克隆和系统进化关系。 2.新型选择性沙眼衣原体全基因组扩增方法的构建 通过整合phi29 DNA聚合酶介导的扩增和机器学习算法设计的引物组,开发了一种名为SWTICH的选择性全基因组扩增工具。通过对不同浓度合成样本、不同沙眼衣原体血清型和临床样本以及与传统RNA诱饵文库方法比较,系统评价SWITCH的性能,并从临床样本中产生新的沙眼衣原体全基因组。 3.广东省沙眼衣原体在全球流行背景下的遗传多样性研究 纳入来自全球已公开发表和本研究测序产生的共计888份沙眼衣原体全基因组数据,采用主成分分析评估遗传多样性,利用Mantel检验评估遗传距离与地理距离的相关性,采用Gubbins鉴定全球沙眼衣原体的基因组重组事件。通过分层贝叶斯模型鉴定全球沙眼衣原体菌株亚群,探索广东省沙眼衣原体菌株的流行亚群和不同人群中的菌群结构,比较不同亚群的遗传多样性差异。 结果: 1.广东省高危人群沙眼衣原体传播动态 在这83个样本中,成功鉴定出63例样本沙眼衣原体ompA基因型,其中基因型G、D和J主要分布于男男性行为者群体,而基因型E在女性性工作者和性病门诊男性就诊者群体中显著流行。值得注意的是,尽管所有三个高危群体中都存在基因型B,但系统发育分析并没有将其归类于眼部谱系,这表明其ompA基因存在重组。克隆关系分析不仅发现广东省内沙眼衣原体存在跨城市边界传播,还揭示了不同人群中的传播动态存在差异。具体来说,男男性行为者群体展示了相对保守的传播模式,其传播主要限于该群体内部。相反,在女性性工作者和性病门诊男性就诊者群体中出现跨群体间传播的现象。系统发育分析发现在女性性工作者和性病门诊男性患者群体中沙眼衣原体的谱系呈现克隆扩张,而男男性行为者群体中的沙眼衣原体所在谱系则表现出相对的稳定性,但其遗传多样性显著高于性病门诊患者和女性性工作者群体。此外,少数来源于男男性行为者的沙眼衣原体菌株与另外两个高危人群具有共同的祖先,提示存在个体充当“桥梁”作用参与沙眼衣原体的传播。 2.新型选择性沙眼衣原体全基因组扩增方法的构建 通过整合phi29 DNA聚合酶介导的扩增与特殊引物池,成功构建靶向沙眼衣原体的全基因组扩增工具(SWITCH)。SWITCH能够从仅含有26.4个基因组拷贝的模拟样本中富集沙眼衣原体基因组(基因组覆盖率高达98.3%)

关键词： 发热伴血小板减少综合征   流行病学   基因分型   免疫水平  

摘要： 发热伴血小板减少综合征（Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome,SFTS）是由SFTS病毒（SFTS Virus）引起的一种传染病。2009年在中国首次被发现与报道，此后在其他地区也有报道。SFTSV,即大别班达病毒，隶属于布尼亚病毒目。该病毒可通过蜱叮咬或接触病例的血液和体液传播，农业从事者和医务工作者等为高危人群。SFTSV在家养及野生动物中广泛存在。蜱是SFTSV的主要传播媒介，尤其在农业发达的区域更是常见。　　SFTSV在全球的流行季节为3月至11月，中国地区为4月至10月，5月病发率最高。40至84岁人群风险最大，特别是60岁以上老年人。山东省因农畜牧业发达，蜱分布广泛，是SFTSV的流行地区。SFTS的典型症状包含发热、白细胞减少、血小板减少和多器官衰竭，全国病死率约12.5％,其中山东、河南、安徽、湖北和辽宁五省病例及死亡占比极高。疾控中心工作人员最近几年在SFTS高发地区的现场调查发现，有许多SFTS病例由于经济条件或者当地医疗条件的限制而不前往医院进行及时的治疗，推测山东省的实际流行情况可能比目前的统计情况要更加严重，需要更多的研究以探究其在山东省的流行病学特点。　　之前对于SFTS的研究多集中于单一方面，要想全面了解SFTS在山东省的流行情况，不仅要对流行病学特征进行调查，同样需要对SFTS病例的临床特征、免疫情况及其携带SFTSV的遗传多样性进行研究。　　SFTSV的快速进化和基因的多样性增强了其致病能力，针对山东省的病毒基因型和临床表现需进一步研究。机体感染SFTSV的不同毒株后，潜伏期通常为7-14天，随后出现发热、多器官损伤直至恢复期。重症病例可能面临持续的病毒载量增加和多器官衰竭，死亡风险增高。病情严重程度与细胞因子及免疫标志物相关，而恢复期体液免疫的作用至关重要。因此，进一步研究SFTSV感染对细胞因子和免疫反应的持续性的影响具有重要意义。　　SFTSV作为一种自然疫源性疾病，不仅可以感染人类，也可以感染猫科动物并通过猫科动物传染给人类，且有研究证实猫科动物对于人类的风险要高于其他哺乳动物。SFTSV在体外的分离培养可以使用VERO细胞或人源细胞系进行，但是并没有SFTSV在猫源细胞系上的生长与病变情况的报道。了解SFTSV在猫源细胞系中的生长情况，有助于了解该病毒在不同宿主中的适应性和病毒与宿主细胞的相互作用机制，为探究SFTSV在猫科动物中的致病机理提供线索。　　目的：　　1.分析山东省SFTS病例的三间分布等流行病学特征，研究急性期的临床症状、疾病的严重程度以及病例抗体水平的特点和关联。　　2.分析山东省SFTS病例感染的SFTSV的基因分型，探究各个分型与疾病严重程度的关联型，揭示病毒序列重组对病毒致病性的影响。　　3.分析山东省SFTS病例在急性期的免疫水平的变化规律，探究病例体内可以反映疾病严重程度的细胞因子水平。　　4.检测山东省SFTS既往感染病例在恢复期的免疫状况，分析既往感染病例血清特异性抗体的持续性。　　5.检测SFTSV在猫源细胞系上的生长与病变情况，推测SFTSV对于猫科动物组织的致病能力。　　方法：　　1.研究对象的纳入及样本的采集:在山东省内选取SFTS高发地市作为研究地点;根据《发热伴血小板减少综合征防治指南（2010版）》纳入符合要求的SFTS确诊病例，于2021-2022年的流行季节采集SFTS急性期病例血清样本，于2021-2022年采集SFTS恢复期病例的血清样本。　　2.血清特异性抗体检测:使用专业的试剂盒对所分离的血清进行IgG和IgM抗体滴度的检测。　　3.核酸提取与病毒定量检测:利用专业试剂盒对分离的血清进行病毒RNA核酸提取，然后使用荧光定量检测试剂盒对SFTSV进行定量检测。　　4.宏转录组测序、分析:测序前需要对提取的核酸进行检测其浓度、纯度和完整性，然后构建宏转录组测序文库进行测序。通过生物信息学分析软件对测序所得数据进行病毒基因组的识别和拼接，以及相对转录本丰度的定量分析。　　5.血清细胞因子检测:借助BIO-RAD多重免疫测定系统平台对血清进行27种细胞因子水平的检测。　　6.细胞传代培养与病毒的分离鉴定:使用F81细胞对含有SFTSV的病例血清样本进行病毒的分离培养，传代后观察细胞与培养物的形态。　　结果：　　病例本研究共纳入417例急性期SFTS病例，发病时间集中在5-8月。60岁以上老年人为主要发病人群，占比72.18％,职业中农民最多，占比84.65％。临床资料完整的有159人，97.48％入院时有发热症状，最高体温可达40℃，最长发热时间持续10天。病例伴有胃肠道症状，79.25％的病例出现血便。有1.89％的病例出现肾功能损伤。　　SFTS死亡风险因素分析显示，头晕和昏迷在死亡

关键词： 食源性疾病   诺如病毒   基因分型   流行病学  

摘要： 目的:了解2020-2022年长春市因诺如病毒（Norovirus,NoV）感染引起的病毒性腹泻的流行病学特征和基因型别特征,掌握NoV的流行趋势,及时发现主要的流行株和变异株,为NoV急性胃肠炎的预防和控制提供数据支持和理论研究。 方法:1.按照纳入标准收集2020年1月-2022年12月期间在长春市食源性疾病主动监测哨点医院就诊的相关病例信息及粪便标本,病例信息包括患者的基本信息、诊疗信息、可疑食品暴露信息等。对病例的流行病学特征进行描述性分析,提取粪便标本核酸,通过荧光定量PCR（Real-time PCR）检测NoV。用x2检验比较不同地区、年份、季度、年龄、性别、职业、可疑暴露食品和NoV检出之间是否存在统计学上的显著差异,用多因素logistic回归分析年龄组、季节、食品分类、加工及包装方式、购买场所对NoV检出的影响,检验水准α=0.05。 2.对GⅡ型NoV阳性标本的聚合酶区和衣壳蛋白区部分序列进行扩增和测序,结合在线基因分型软件确定基因型别,利用软件Mega 7.0构建系统进化树,分析其基因型别特征。 结果:1.2020-2022年长春市食源性疾病主动监测哨点医院共报告601例监测NoV的食源性疾病病例,2020年报告病例数最多,占比37.27%。病例集中在第二季度和第三季度,占比分别为37.10%、27.95%。 2.462例报告病例分布在长春市辖区的11个县（市、区）,139例报告病例分布在长春市外其他地区,长春市辖区内榆树市报告病例数最多,占比28.29%;其次为朝阳区,占比11.65%。 3.男女比例为1.312:1,0-5岁年龄组的报告病例数最多,占比37.77%。职业分布以散居儿童居多,占比44.26%。 4.可疑暴露食品以混合食品、水果类及其制品、粮食类及其制品居多,占比分别为31.11%、17.30%、14.31%。食品的加工及包装方式以家庭自制为主,占比77.37%。购买场所以家庭为主,占比51.41%。 5.601例报告病例共检出NoV阳性88例,检出率为14.64%。年龄段≤5岁的阳性人数最多,检出率为19.82%;职业构成中托幼儿童阳性最多,检出率为22.45%。 ***检出情况在地区（x2=21.170,P=0.032）、年份（x2=176.000,P<0.001）、季度（x2=126.355,P<0.001）、年龄段（x2=20.997,P=0.004）、职业（x2=21.241,P=0.047）、可疑暴露食品（x2=25.398,P=0.031）、加工及包装方式（x2=14.051,P=0.003）、购买场所（x2=80.357,P<0.001）、就诊方式（x2=43.747,P<0.001）均具有统计学差异。多因素logistic分析结果显示:季节、可疑食品加工及包装方式和购买场所是影响NoV阳性检出的因素。 7.88例NoV阳性标本中有63例成功完成扩增与测序,GⅡ.P16/GⅡ.2（42/63）、GⅡ.P16/GⅡ.4（16/63）、GⅡ.Pe/GⅡ.4（3/63）、GⅡ.P17/GⅡ.17（1/63）、GⅡ.P12/GⅡ.3（1/63）。其中重组株GⅡ.P16/GⅡ.2和GⅡ.P16/GⅡ.4为主要流行基因型别,所占比例分别为66.67%和25.40%。 结论:1.2020-2022年长春市食源性疾病主动监测哨点医院报告的NoV发病率呈现明显的季节流行性,榆树市报告的病例数最多,0-5岁儿童相较于其他年龄段人群更容易发病,可疑暴露食品类别占比主要是混合食品和水果类及其制品。 2.2020-2022年长春市主动监测的食源性疾病NoV检出与季节、可疑食品的加工及包装方式和购买场所有关。 3.2020-2022年长春地区NoV检测均为GⅡ型,共检出GⅡ.P16/GⅡ.2、GⅡ.P16/GⅡ.4、GⅡ.Pe/GⅡ.4、GⅡ.P17/GⅡ.17、GⅡ.P12/GⅡ.3四种重组株。GⅡ.P16/GⅡ.2、GⅡ.P16/GⅡ.4是主要的流行株且持续存在,应警惕未来在长春流行的可能。

关键词： 传染性法氏囊病病毒   分子流行病学   全基因组   序列分析   贝叶斯分析   病毒进化  

摘要： 传染性法氏囊病（Infectious bursal disease,IBD）是由传染性法氏囊病病毒（Infectious bursal disease virus,IBDV）引起的一种禽类免疫抑制性疾病,该病的流行对世界的养禽业造成了严重的危害。目前,全球范围内主要流行的毒株按照致病型可分为超强毒株（vv IBDV）、经典毒株（c IBDV）、致弱毒株（att IBDV）、早期抗原变异株（av IBDV）、新型变异株（nv IBDV）。各类型毒株在抗原性等方面存在较大差异;此外,毒株基因组多以基因突变、基因重排、基因重组等形式进化,这极可能会造成毒株毒力的改变和免疫失败等现象,从而使得IBD的防控面临着巨大的挑战。因此,持续分离新毒株,跟踪毒株的分子进化仍然是当前IBD防控领域的重要内容。 广西地区为全国优质鸡养殖大省,而优质鸡以放养为主的饲养模式增加了IBDV的传播风险。因此本课题结合高分辨率熔解曲线技术（HRM）和巢式RT-PCR技术对2019～2023年广西地区IBDV进行了基于病毒VP2高变区（vVP2）的分子流行病学调查。结果发现该地区鸡群主要流行毒株致病型为新型变异株（nv IBDV）,且病毒基因组仍在不断进化,vVP2基因中特征性氨基酸位点的替换主要集中在亲水区,选择压力分析发现该基因主要受纯化选择;部分鸡群还出现不同毒力毒株混合感染和免疫失败等情况。 其次,本课题对2022～2023年临床IBD疑似样品进行病毒的分离鉴定及基于vVP2和VP1-b基因的遗传进化分析。最终成功分离获得21株IBDV分离株,序列分析结果表明21株分离株共包括5种基因型,表明当前广西、山东等地区鸡群中呈现多种基因型共存的特点。nv IBDV和节段重排株仍为广西、山东等地区田间流行的优势毒株,占总分离株的66.7%（14/21）。对分离株基于vVP2和VP1-b基因重组分析和选择压力分析发现,分离株的两个基因均未发生重组,且主要受到纯化选择。 随后本课题随机选取3株分离得到的nv IBDV毒株进行致病性的初步探究并对代表株的全基因组序列进行扩增与分析。对回鸡纯化后的毒株进行vVP2和VP1-b基因扩增分析发现与临床分离时结果一致,且分离株在致病性上的表现仍与先前发现的nv IBDV毒株一致,临床上无明显症状且不致死,仅引起亚临床感染。结合致病性的初步探究结果,选择GX-YL220101分离株进行全基因组扩增和序列分析。结果表明,分离株GX-YL220101的A、B节段均来源于nv IBDV,基因型为A2d B1b,为我国流行的优势基因型,且发生VP2基因中T222A以及VP1基因中氨基酸三联体变化的情况,同时VP1基因中的181G、397G、415F、752T也有不同于其他致病型参考株的改变。 最后,对本课题获得的98条IBDV vVP2基因序列,结合Gen Bank已发表的中国IBDV vVP2序列,经筛选后构建出含有201条来自中国地区2019～2023年不同IBDV vVP2基因序列的数据集。通过对数据集进行贝叶斯分析,以了解2019～2023年间在中国流行的IBDV毒株的vVP2基因核苷酸替换速率,并构建MCC树,探究毒株的系统进化趋势。结果发现,构建的vVP2基因数据集经计算后得到核苷酸平均替换速率为3.61×10-3,与一般的RNA病毒替换速率相符。数据集基于vVP2基因的MCC树被分为3大分支,其中Cluster 1包含77株vv IBDV毒株;Cluster 2中包含28株att IBDV毒株;Cluster 3中包含96株nv IBDV毒株。根据MCC聚类分支,按照分离时间和省份进行统计发现,除传统的vv IBDV在各地区频有发现外,nv IBDV成为主要流行的优势毒株;最后整合1990年至今的224条中国IBDV vVP2序列的数据集的进一步分析,发现1990～2023年间IBDV种群大小出现了多次波动,反映了该病毒种群在不同时间段内适应性进化的复杂性。 综合上述研究结果,表明2019～2023年间广西等地区的IBD流行呈现多致病型、多基因型共同流行的特点,其中nv IBDV为目前主要流行的优势毒株;病毒基因组进化以基因突变、基因重排的方式为主;2019～2023年间中国IBDV种群大小呈现略微下降且趋于平稳的趋势。

关键词： 肺炎支原体   儿童肺炎支原体肺炎   流行病学   儿童社区获得性肺炎  

摘要： 目的:分析安徽省儿童医院2022年至2023年儿童肺炎支原体肺炎的流行病学及临床特点,为本地区肺炎支原体感染的预防及该病的诊断和治疗提供临床依据。 方法:选取安徽省儿童医院2022年1月至2023年6月期间的呼吸道感染住院患儿病例作为研究对象。将患儿分为婴儿组(未满1周岁);幼儿组(满1周岁至未满3周岁);学龄前儿童组(满3周岁至未满6周岁);学龄儿童组(满6岁及以上),分别记录每个患儿的年龄、性别、初诊时间、体格检查情况、体温、临床症状以及对患儿进行病原学检测、实验室检查和影像学检查,记录各项结果并进行分析。 结果:总计对1063例呼吸道感染住院患儿进行病原学检查,其中感染数量最多的为肺炎支原体(415例,39.0%),其次为病毒感染(346例,32.5%)以及细菌感染(308例,29.0%)。病毒感染以呼吸道合胞病毒、副流感病毒和人类博卡病毒为主。细菌感染中以肺炎链球菌数量最多,其次为金黄色葡萄球菌和流感嗜血杆菌。MP感染中,婴幼儿组的感染率是最低的(56例,16.2%),且随着年龄不断升高,幼儿组(109例,37.7%)、学龄前组(118例,42.9%)和学龄儿童组(132例,56.9%)的感染率亦有所增加,差异具有显著统计学意义(P<0.05)。男性和女性之间无显著差异。季节方面,以夏季和秋季的感染率最高。春季和冬季相对感染率较低。各组之间进行比较,差异具有显著统计学意义。体温方面,婴儿及幼儿组以低热为主,学龄前组以中等热为主,而学龄组则以高热为主。临床症状和体征上,婴儿及幼儿组以咳嗽、喘息和产生湿啰音为主。同时,发生呼吸困难的比例也较高。学龄前组则以咳嗽和湿啰音为主,喘息及呼吸困难的比例相对较低。学龄组儿童以出现咳嗽症状为主,其他症状概率相对较低。随着年龄增大,WBC指标呈降低趋势,CRP指标呈升高趋势。ESR和Hb指标之间无显著差异。所有患儿最主要的肺部影像学改变均为双肺斑片状阴影。但随着年龄的增长,斑片状阴影的表现比率逐渐降低,其他影像学表现比例逐渐升高。随年龄增长出现皮疹的比率有所增加,但肝功能异常及尿常规异常无明显差异。 结论:根据本研究结果可知,肺炎支原体为本地区导致儿童呼吸道感染的最常见病原之一,其次为病毒和细菌,在临床中应加以鉴别,避免漏诊。此外,本地区MP感染在男性和女性之间无显著差异,但夏季和秋季为主要流行季节。不同年龄段患儿的发热情况、临床症状、实验室检查结果、影像学检查结果及肺外损伤情况不同,因此在临床诊断时应根据患儿的实际情况加以区分,以提高诊断的准确率和预后准确性,有利于尽早进行相关干预治疗。

关键词： 农村宴席   食源性疾病事件   流行病学   预防控制  

摘要： 目的 分析2004—2023年四川省农村宴席食源性疾病事件的流行病学特征，为有效防控农村宴席食源性疾病提供科学依据。方法 对2004—2023年四川省网络直报的农村宴席食源性疾病事件进行描述性流行病学分析。结果 2004—2023年四川省共报告农村宴席食源性疾病事件189起、发病人数5 971例、死亡人数22例、病死率为0.37%。第3季度为事件的高发期，事件数在全年占比为43.39%。报告事件数排前3位的地区依次为成都(25起)、泸州(19起)和宜宾(18起)。致病微生物是主要致病因素，事件数占比为66.67%;死亡病例主要由化学物导致(甲醇15例、亚硝酸盐5例)。肉及肉制品是主要原因食品；加工与储存不当是事件的主要引发因素，死亡病例的主要引发因素为误用误食。结论 针对性地开展健康教育、监督管理和监测处置，以有效防控农村宴席食源性疾病事件。

关键词： 蜱   微生物组   病原体鉴定   微生物互作   病原体传播  

摘要： 研究背景 蜱作为一种专性吸血动物,能够传播最多样化的病原菌给人类和家畜,在世界各地有着分布的广泛。蜱在其生命周期中需要进行多次吸血以进行正常的生长发育。正因为蜱的吸血习性,使其成为了多种疾病的传播媒介,包括由蜱传螺旋体感染引起的莱姆病、蜱传回归热,由斑点热群立克次体感染引起的斑疹热,由贝氏柯克斯体引起的Q热,由弗朗西斯菌感染引起的兔热病,由埃立克体感染引起的埃立克体病,由无形体病原菌感染引起的无形体病。通过深入研究蜱携带的病原体种类以及这些病原体与蜱的相互作用关系,有助于我们更有效地预防和控制蜱传播的疾病。 近年来,宏基因组学研究越来越多地被用分析宿主携带微生物上,越来越多的新物种在不同的研究中被发现。迄今为止,关于自然环境中蜱体内细菌群落结构及其对蜱携带病原菌的影响,我们知之甚少。通过宏基因组测序不仅能够用来研究蜱携带微生物的特性,还能够帮助我们识别到更多潜在的病原菌。 立克次体为蜱携带常见致病菌,其中斑点热立克次体可引起不同器官的损伤,并导致死亡。在病原体传播过程中,探究微生物组在致病性立克次体通过蜱叮咬传播到宿主的水平传播,以及在母蜱-卵-幼蜱-若蜱-成蜱的经卵经期传播中的作用仍然没有被人们研究清楚。通过对这些问题的探索,有助于我们掌握微生物组对致病性立克次体传播的影响,从而为减少致病性立克次体的传播提供理论依据。 研究目的 1.了解中国境内的蜱微生物的种类,探究这些微生物与蜱的关系并受哪些因素影响,以及能产生什么样的影响。 2.识别出蜱样本中潜在的致病微生物,鉴定出其中具有潜在致病能力的新种。 3.通过基因组学分析,研究蜱携带SNP与致病微生物间的关系。 4.研究微生物组在病原体传播中能够起什么作用。 研究方法 1、数据收集以及传播模型构建 本课题组在中国大陆的31个省、直辖市或自治区共328个采样点进行了蜱的采集工作,并成功构建了 1460个DNA文库并进行宏基因组测序。此外对19种蜱种,选用活蜱提取核酸并进行三代宏基因组测序,以获得19个蜱种基因组草图。从国家气象科学数据中心下载2015-2019年全国613个站点月度数据,基于采样点经纬度以及时间,获得每个样本采集时的气候数据,来研究环境因素对蜱微生物组的影响。基于实验室构建的立克次体阴阳性蜱种群,我们构建了叮咬模型,对叮咬处皮肤样本进行转录组测序。对立克次体阴阳性蜱各个阶段,我们进行了 16S rRNA基因测序,来探究经卵经期传播过程中致病性立克次体和微生物组间的关系。 2、生物信息学分析 (1)基于宏基因组注释微生物组组成,我们通过样本间的微生物组相似性与寄生宿主、生存地域和环境因子做了多元方差分析,识别出影响蜱微生物组的主要因素。 (2)基于宏基因组组装以及注释,我们筛选出其中具有潜在致病性的微生物。基于基因组覆盖度,我们筛选出阳性样本,并探究其地域分布特点。 (3)基于宏基因组测序以及蜱基因组,我们识别出样本中的SNP,并对基因型与潜在病原体丰度之间进行关联分析以及关联检测。 (4)基于16S rRNA基因测序,比较了蜱发育过程中微生物组成的变化,预测了不同阶段蜱微生物组通路。基于转录组测序,比较了在叮咬过程中微生物组成以及微生物基因表达的变化。 研究结果 1、基于蜱微生物组成,本研究将蜱微生物组分为五个生态型,每个生态型都具有不同的主导菌。在研究蜱微生物组影响因素的过程中,蜱的种属是最能够解释微生物组组成差异的因素,此外,蜱的宿主和地理位置也是两个重要的影响因素。 2、基于微生物基因组组装,本研究共获得10702个细菌基因组,其中高质量基因组3348个,中等质量基因组4335个。经过基因组聚类以及物种注释后,本研究共获得了 11个立克次体物种,26个柯克斯物种,11个无形体物种,8个埃立克体物种,2个弗朗西斯菌物种和3个螺旋体物种。在与公共基因组进行相似性比较后,本研究确定了6个立克次体新物种,25个柯克斯新物种,7个无形体新物种,6个埃立克体新物种,2个弗朗西斯菌新物种和2个螺旋体新物种。 3、通过统计线粒体基因组和微生物组成差异,随着蜱和蜱遗传距离的增加,其微生物群落之间的差异也显著增加。在识别并过滤掉低质量SNP后,本研究从长角血蜱中筛选出与病原体丰度具有显著关联的SNP 19个,微小扇头蜱中24个,森林革蜱中30个。这些SNP所在基因涉及蜱的发育、代谢、生殖等过程。 4、在立克次体水平传播过程中,蜱叮咬后,未感染饶氏立克次体皮肤中,与感染饶氏立克次体皮肤样本相比,衣原体的丰度存在显著差异,同时叮咬和未叮咬部位的微生物群落结构存在差异。在立克次体经卵经期传播过程中,立克次体载量随着蜱的生长发育显著增加,且立克次体阳性和阴性组蜱种间微生物组存在显著差异。 研究结论 1、蜱在中国广泛分布,其携带微生物高度复