关键词： 奶牛   真胃变位   生理生化指标   瘤胃菌群   肠道菌群  

摘要： 真胃左方变位（Left displaced abomasum,LDA）是奶牛产后常见营养代谢性疾病,由于该病病程较长、发生多具隐蔽性、淘汰率高且治疗后产奶量恢复缓慢,给奶牛养殖业带来了巨大的经济损失。目前,规模化养殖场针对罹患LDA奶牛只能采取手术治疗或者淘汰处理,无法进行奶牛LDA早期监测。为此,本文通过对新疆昌吉州规模化奶牛养殖场奶牛LDA流行病学调查,以分析LDA的发病规律。检测产后健康奶牛（健康组）、奶牛临床确诊LDA当日奶牛（LDA组）和手术治疗后第7 d奶牛（LDA-7组）的血液生理生化指标,筛选奶牛瘤胃和肠道差异,分析差异理化指标与瘤胃、肠道差异菌属及其差异代谢通路的相关性,旨意筛选出奶牛LDA早期检测预警指标,为提高奶牛LDA的整体防控提供科学依据。本试验结果如下: 1、新疆四个规模化养殖场全年LDA的发病情况进行流行病学调查。结果显示该地区LDA的发病率达5.88%,其中冬季发病率最高2.86%,占总发病头数的48.69%;一胎次奶牛的发病率最高为2.14%,占总体发病数的36.39%,且随着胎次的增加LDA发病率逐渐降低;在产后30 d内发病率最高为2.49%,占发病总头数的42.41%。 2、与健康奶牛相比,罹患LDA奶牛产奶量极显著降低（P<0.01）,且LDA奶牛治疗后产奶量恢复缓慢。血液理化指标中细胞外液碱剩余（Extracellular Base Excess,BEecf）、碳酸氢根（HCO3-）和总二氧化碳（Total carbon dioxide,TCO2）等9个指标显著降低（P<0.05）;葡萄糖（Glucose,Glu）、总胆红素（Total bilirubin,TB）和胰岛素（Insulin,INS）等7个指标显著升高（P<0.05）。LDA-7组相比,LDA组血液理化指标中BEecf、HCO3-和INS显著降低（P<0.05）;TB和肌酸激酶（Creatine Kinase,CK）显著上升（P<0.05）。罹患LDA奶牛BEecf、HCO3-含量显著下降（P<0.05）,TB含量极显著升高（P<0.01）,经治疗后BEecf、HCO3-和TB含量恢复到健康水平（P>0.05）。 3、采用16S rRNA测序技术,对比分析三个组奶牛瘤胃菌群组成结构的多样性和差异性。结果显示,瘤胃内微生物多样性复杂,群落结构存在差异。LDA组与健康组、LDA-7组相比,门水平中拟杆菌门丰度显著升高（P<0.05）,厚壁菌门的相对丰度显著下降（P<0.05）。共筛选了7个差异菌属,其中UCG＿002等4个菌属极显著升高（P<0.01）,毛螺菌属（Lachnospira）等3个菌属极显著降低（P<0.01）,经治疗后7个差异菌属恢复到健康水平（P>0.05）。瘤胃菌群功能预测显示,在KEGG一级通路中,新陈代谢功能的相对丰度最高（72.34%）,在三级通路中发现有8个新陈代谢功能具有差异性。 4、采用16S rRNA测序技术,对比分析三个组奶牛肠道菌群组成结构的多样性和差异性。罹患LDA奶牛肠道菌群落多样性呈差异极显著下降（P<0.01）。LDA组与健康组、LDA-7组相比,门水平中螺旋体门的相对丰度极显著下降（P<0.01）。共筛选了17个差异菌属,其中大肠杆菌志贺菌属（Escherichia＿Shigella）极显著升高（P<0.01）,Pygmaiobacter等16个菌属极显著降低（P<0.01）,经治疗后17个差异菌属恢复到健康水平（P>0.05）。肠道菌群功能预测显示,在KEGG一级通路中,新陈代谢功能的相对丰度最高（70.72%）,在三级通路中发现有16个新陈代谢功能具有差异性。 综上所述,奶牛LDA受季节、胎次、产后天数和泌乳量多种因素的影响。在血液理化指标中筛选出Glu、BEecf、HCO3-和TB 4项差异指标,瘤胃菌群中筛选UCG＿002等7个差异菌属,肠道菌群筛选出Escherichia＿Shigella等17个差异菌属,可做为奶牛LDA早期检测预警指标,为提高奶牛LDA的整体防控提供科学依据。

关键词： 呼吸道病毒   流行病学   副流感病毒   病毒分离   基因进化  

摘要： 目的:世界卫生组织数据显示,下呼吸道感染是导致人类死亡的第四大死因,2019年全球约260万人因下呼吸道感染导致死亡。急性下呼吸道感染严重威胁儿童生命健康,其在5岁以下儿童死因中位列首位,对全球公共卫生构成了巨大负担。病毒是导致呼吸道感染的主要病原体,常见的呼吸道病毒包括流感病毒（Influenza virus,IFV）、呼吸道合胞病毒（Respiratory syncytial virus,RSV）、人副流感病毒（Human parainfluenza viruses,HPIV）、人偏肺病毒（Human metapneumovirus,HMPV）、鼻病毒（Human rhinovirus,HRV）、人冠状病毒（Human coronavirus,HCo V）、人博卡病毒（Human bocavirus virus,HBOV）以及腺病毒（Human adenovirus,ADV）。HPIV可分为HPIV1-4型,其中HPIV3最为常见,深入了解HPIV1-4型的基因进化和流行特征对于HPIV感染防控具有重要意义。本研究对2020年9月-2023年8月北京地区儿童急性呼吸道感染（Acute respiratory tract infection,ARTI）住院病例进行流行病学分析,阐明HPIVs流行状况、临床特征、基因分型以及全基因组进化特征,为HPIV感染机制研究和疾病预防提供科学依据。 研究方法:1.收集2020年9月-2023年8月北京友谊医院儿科因ARTI住院儿童鼻咽抽吸物（Nasopharyngeal aspirates,NPAs）标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测病毒核酸,分析8种呼吸道病毒流行情况,并对HPIVs型进行流行病学分析。2.利用原代人呼吸道上皮细胞（Human airway epithelial cells,HAE）对HPIVs进行分离培养,获得临床病毒株,进行免疫荧光鉴定和病毒形态观察。3.对HPIVs进行基因组测序,拼接获得全基因组序列,分析其进化规律和时空特征。 研究结果: 一、北京呼吸道感染住院儿童8种常见呼吸道病毒分子流行病学调查 1.常见8种呼吸道病毒病原谱分析:（1）2020年9月至2023年8月共收集北京友谊医院儿科ARTI住院患儿NAPs样本1348份,病毒总阳性率为46.81%（631/1348）,检出率最高的是RSV、HPIV和HRV,阳性率分别为24.5%（330/1348）、8.7%（117/1348）和7.4%（100/1348）。病毒检出率在儿童各个年龄段之间有显著差异,2-3岁年龄段的检出率最高,在季节分布上夏季检出率最高。 ***1-4型中,HPIV3检出率最高为5.34%,HPIV1,HPIV2和HPIV4检出率较低,分别为0.52%、1.19%和1.71%。HPIV3多发于夏季,HPIV1、HPIV2和HPIV4全年散发流行。HPIV3儿童感染年龄集中在5岁以下（79.17%,57/72）。另外HPIV3有31.9%（23/72）存在混合感染,主要诊断为支气管炎和肺炎。 二、HPIV1-4型病毒分离培养鉴定 1.利用HAE 3D培养系统从临床样本成功分离HPIV1-4型毒株,免疫荧光检测表明HPIV1-4均可感染HAE纤毛细胞和非纤毛细胞。 2.电镜观察HPIV3临床病毒株可见直径在150 nm球型病毒颗粒,且在病毒的外周可见清晰的蛋白刺突。 三、HPIV1-4全基因组序列扩增及基因组基本特征分析 1.利用二代测序技术拼接获得5条全基因组序列,包括2条HPIV1（BJ1254,BJ1139）,1条HPIV2（BJ0548）,1条HPIV3（BJ0561）和1条HPIV4（BJ0167）。系统发育树分析表明HPIV1两条全基因组序列为Clade2亚型;HPIV2全基因组序列为V98亚型;HPIV3全基因组序列为C3a亚型;HPIV4全基因组序列为4a亚型。 2.核苷酸和氨基酸同源性分析发现HPIV1（BJ1254,BJ1139）Nucleocapsid蛋白变异最小,Fusion蛋白变异最大。HPIV2（BJ0548）Fusion蛋白变异最小,Matrix蛋白变异最大。HPIV3（BJ0561）核苷酸同源性均较高,其中C蛋白变异最小,phosphoprotein蛋白变异最大。HPIV4（BJ0167）Nucleocapsid蛋白变异最小,V蛋白变异最大。HPIVs全基因组序列均与各自参考株同源性最高,与进化树分析结果一致。 3.遗传动态分析表明HPIV1-4的遗传多态性在2000年之前均较为平稳,HPIV1和HPIV3在2000年之后有上升趋势。HPIV2在2005年有升高趋势,HPIV4在2015年有明显下降趋势。HPIV1-4平

关键词： 猪流行性腹泻病毒   猪传染性胃肠炎病毒   猪δ冠状病毒   猪轮状病毒   RT-PCR   S基因   VP4基因   VP7基因  

摘要： 猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪δ冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)、猪轮状病毒(Porcine rotavirus,PoRV)是引起猪群腹泻的四种常见病原,它们在临床上均可以引起以腹泻、呕吐、脱水为主要症状的疾病,甚至可以引起仔猪死亡。PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV常常呈现不同程度的混合感染,对全球养猪业造成巨大的损失。 为了解我国特别是江苏省PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV流行毒株的遗传变异趋势,采集了2022年我国9个省市不同猪场的病猪腹泻病料100份,因同一猪场往往只流行一种毒株,所以每个猪场仅采集一份样品。使用RT-PCR方法分别检测PEDV、TGEV、PDCoV和PoRV,检测结果显示,PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV的阳性率分别为56%、3%、9%、25%,病毒呈现不同程度的混合感染。然后在其中56份江苏省不同猪场的病猪腹泻病料中选取具有地区代表性的8份PEDV样品、1份TGEV样品、1份PDCoV样品进行S基因扩增、测序和分析,9份PoRV样品进行VP4、VP7基因扩增、测序和分析,共获得8条PESV S基因序列、1条TGEV S基因序列、1条PDCoV S基因序列、9条PoRV VP4及VP7基因序列。基于PEDV S基因的序列分析结果表明,2022年江苏PEDV流行毒株与近年来我国流行的GII-b亚群变异株的序列同源性为97.0%～99.7%,属于GII-b亚群,而与CV777、SD-M等早期毒株亲缘关系较远;江苏PEDV流行毒株S1蛋白区域存在氨基酸的突变、插入及缺失,不同流行毒株之间存在一定的差异。基于TGEV S基因的序列分析结果表明,江苏TGEV流行毒株与中国毒株WH-1同源性最高,达到了99.9%,属于GI群Purdue谱系;其S蛋白仅发生了3个氨基酸突变,高度保守。基于PDCoV S基因的序列分析结果表明,江苏PDCoV流行毒株与CHN/HG/2017株的同源性最高,为98.2%,与来自中国、越南、老挝、泰国等东南亚国家的毒株亲缘关系较近,均属于GIII群;江苏PDCoV流行毒株的S1蛋白区域发生6个氨基酸的突变。基于PoRV VP4和VP7基因的序列分析结果表明,江苏PoRV流行毒株属于A群轮状病毒,具有G3[P13]型、G3[P23]型、G4[P13]型、G4[P23]型、G9[P13]型、G9[P23]和G11[P13]型7个不同的基因组合型。基于PoRV的基因重组分析结果显示,在9个毒株中有4个毒株的VP7基因可能发生了基因重组,其中一株可能与犬源的轮状病毒发生了重组,预测其亲本毒株为G9-dog-tc CHN SCCD-A和G9-pig-tc TM-a-P20;另外三株可能与人源的轮状病毒发生了重组,预测其亲本毒株为G4-human CHN R1954和G4-pig HENNY-01。 综上所述,本研究对我国特别是江苏地区PEDV、TGEV、PDCoV、PoRV的流行情况进行了调查,并通过测序分析,掌握了这四种腹泻病毒的遗传进化趋势,从而为这四种病毒疫苗的研发及防控提供了理论依据。

关键词： 发热伴血小板减少综合征   发热伴血小板减少综合征病毒   流行病学特征   人际传播   传染病防控  

摘要： 背景 发热伴血小板减少综合征(Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)是一种新发病毒性蜱媒传染病,2009年首次在我国河南省被发现报道。其病原体是发热伴血小板减少综合征病毒(SFTS virus,SFTSV),隶属于布尼亚病毒目(Bunyavirales)白纤病毒科(Phenuiviridae)班达病毒属(Bandavirus),人群对SFTSV普遍易感。目前,全世界多个国家报道了SFTS病例流行,病死率为12%～50%不等。SFTS人群分布特征明显,患者绝大部分是从事农业生产活动的中老年女性。SFTS发病具有明显季节性,主要流行于4-10月,发病高峰集中在5-7月。截至2021年底,我国已有27个省份报告了18968例SFTS病例,山东、河南、安徽、湖北和辽宁五省包含了全国92.97%的SFTS病例,具有明显的地区聚集性。SFTS起病急、进展快、病死率高以及流行范围广,尚无特效抗病毒药物或有效的预防疫苗,造成了严重的公共卫生负担。2017年,世界卫生组织宣布将SFTS列入重点关注的十大传染病之一。既往研究对SFTS的流行特征分析多采用全国数据,研究结果对SFTS不同流行疫区的指导缺乏针对性。因此,针对SFTS流行疫区开展流行病学特征分析对指导当地的疾病防控具有重要意义。作为一种新发传染病,国内外尚无对SFTS是否可以引起后遗症或远期预后的相关研究报道,严重阻碍了人们对该病的认识,有必要对SFTS患者康复出院后开展前瞻性队列研究,了解SFTS患者的远期健康状况,更好的指导临床救治。此外,虽然目前普遍认可SFTSV通过蜱虫叮咬传播,但研究证明,高病毒血症的SFTS患者血液和血性分泌物具有很强的传染性,直接接触时可引发人际传播。由于SFTS家庭聚集性疫情的报道较少,且缺乏对SFTSV人际传播感染遗传学特征的研究,导致人际传播的流行风险可能被低估。因此,对SFTSV人际传播感染的流行病学和病原学特征研究十分重要,可以提高人们对SFTS人际传播的认识,降低人际传播风险,从而减轻公共卫生负担。 目的 本研究基于信阳市SFTS定点收治医院,以2019-2023年报告的SFTS确诊病例作为研究对象,分为三个部分。 (1)了解信阳市SFTS的流行病学特征和变化趋势,探讨SFTS预后不良的影响因素,针对性的为当地疾病防控措施修订提供科学数据参考。 (2)了解SFTS患者康复出院后的远期身体健康状况,评估SFTSV感染对机体健康状况的长远影响,为SFTS治疗策略提供新思路。 (3)了解SFTSV人际传播感染途径,探讨SFTS人际传播的危险因素,提高人们对人际传播的重视程度,为人际传播防控提供理论支持。 方法 (1)采用描述性分析。收集信阳市SFTS定点收治医院2019-2023年报告的所有SFTS病例,根据纳/排标准确定研究对象,结合流行病学调查资料和病例临床资料,全面分析其流行病学特征和临床特征,并探讨患者预后不良的影响因素。 (2)采用前瞻性研究。招募SFTS康复患者及同期住院非SFTS的发热患者,定期随访受试者出现的临床症状,同时抽取外周血进行实验室指标检测。通过比较,评估SFTSV感染对机体健康状况的远期影响。 (3)采用回顾性研究。结合流行病学调查及病毒分子检测与序列分析,分析SFTSV人际传播感染的遗传学特征,论证血液接触传播SFTSV的可能,探讨SFTSV潜在的传播途径,阐述SFTS聚集性疫情和病毒基因型之间的关联。 结果 (1)SFTS患者流行病学特征:研究纳入信阳市2019-2023年报告的1586例SFTS患者,其中255例死亡,病死率约为16.08%。患者以中老年女性为主,中位年龄为66岁(IQR:57-73岁),职业构成以农民为主,占病例总数的91.3%(1449/1586)。SFTS发病呈季节性分布,4-7月为发病高峰期,病例数为1158例(73.01%)。该病地区分布有明显空间聚集性,报告SFTS病例数最多的是商城县(421,26.5%)和光山县(355,22.3%),淮滨县没有SFTS病例报告。其临床表现缺乏特异性,以全身症状和消化系统症状为主,发生率前5的是发热1562例(98.5%)、乏力1519例(95.7%)、食欲减退1455例(91.7%)、恶心1329例(83.8%)及全身酸痛1144例(72.1%)。实验室指标主要表现为WBC和PLT下降,ALT和AST等升高。SFTS死亡患者的流行病学特征无明显畸变,但是死亡的月份高峰期出现稍晚一些。通过存活患者和死亡患者的临床特征比较,我们发现死亡组男性患者的占比更多。此外,高龄、高病毒载量及入院延迟可能是SFTS患者预后不良的危险因素。出血性症状和神经系统症状的出现可能是患者预后不良

关键词： 海南省   副流感病毒   儿童   呼吸道感染  

摘要： 目的:了解海南省2012年3月至2022年12月住院急性呼吸道感染(Acute respiratory tract infection,ARTI)患儿副流感病毒(Human parainfluenza virus,HPIV)感染的流行病学特点,为海南省HPIV引起的儿童ARTI防治提供参考。 方法:选取2012年3月至2022年12月在海南多地区多家三级甲等医院(占海南省50%的三甲医院)及重点市县二级甲等医院(占海南省33.3%县级市的二甲医院)儿科住院的ARTI患儿共62553例为研究对象进行回顾性分析,患者均在住院第一时间采取静脉血并采用血清学间接免疫荧光法进行呼吸道九项病原体检测,即检测血清内包括HPIV、肺炎支原体、肺炎衣原体、Q热立克次体、甲型流感病毒、乙型流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒和嗜肺军团菌九种呼吸道病原体的Ig M抗体,血清PIV-Ig M抗体阳性定义为副流感病毒感染,根据性别、年龄、季节等信息对收集来的HPIV阳性住院儿童进行相应的分组,回顾性分析儿童HPIV的感染情况及流行病学特点。采用SPSS 25.0软件进行统计学分析,以P<0.05差异具有统计学意义。 结果:2012年3月至2022年12月海南地区多家医院儿科收治的62553例ARTI患儿中,HPIV-Ig M总阳性检出率为3.22%(2015/62553),2012年至2022年11年间各年的HPIV-Ig M阳性检出率分别为1.32%、2.63%、2.75%、1.25%、8.37%、11.01%、3.05%、1.60%、2.48%、1.95%和4.72%,其中2016、2017年的阳性检出率较其他年份检出率显著升高,分别为8.37%、11.01%,差异有统计学意义(P<0.001)。在性别分布上,男童HPIV检出率为3.18%(1248/39225),女童为3.28%(767/23328),无统计学差异(P>0.05)。HPIV感染在各年龄阶段均有发生,≥29天～<1岁组阳性率为1.97%,≥1岁～<3岁组阳性率为3.49%,≥3岁～<6岁组阳性率为4.47%,≥6岁～<12岁组阳性率为4.50%,≥12岁～<14岁组阳性率为1.95%,对比各年龄组差异有统计学意义(P<0.001)。HPIV感染一年四季均可发生,本研究显示海南省春季、夏季阳性率高于秋季、冬季,其中夏季HPIV的阳性检出率最高,为4.30%,冬季HPIV的阳性检出率最低,为2.26%,各季节间差异有统计学意义(P<0.001)。单纯HPIV感染1271例(63.08%),HPIV感染合并呼吸道病原体九项中其他病原体混合感染者744例(占36.92%),合并1种病原者511例(占25.36%),主要以肺炎支原体多见(占23.13%),合并2种病原感染者172例(占8.53%),合并3种病原感染61例(占3.03%)。2015例HPIV阳性患儿中,HPIV感染多见于普通肺炎,占53.2%,临床症状以发热、咳嗽为主,占比分别为79.8%、76.6%;其次是喘息,占8.5%。 结论: ***是引起海南地区儿童急性呼吸道感染的重要病原体,全年均可检出。 2.感染年龄好发于学龄前期及学龄期,男女比较差异无统计学意义。 3.儿童呼吸道HPIV感染全年散发,海南以春季、夏季发病率高,秋、冬季发病率低。 ***感染以普通肺炎多见,临床症状主要表现为发热、咳嗽,少部分可出现喘息,临床体征常表现为肺部湿性啰音、哮鸣音。 ***常常与其他病原体混合感染,主要以肺炎支原体多见。

关键词： 硬蜱   宏病毒组   新塔拉塞维奇立克次体   复合感染   内蒙古地区  

摘要： 目的:蜱虫作为病原体传播媒介在全世界广泛分布。在控制新兴传染病的过程中,监测不明原因的发热病例并鉴定蜱传病原体是至关重要的举措。为深入了解蜱传病原体在内蒙古地区的分布和多样性,采用高通量技术(next-generation sequencing,NGS)以及其他分子生物学方法检测蜱传病原体的感染及流行情况。方法:(1)在2021年3月至2023年5月在内蒙古境内自东向西的三个生态系统的九个采样点共采集了四种蜱,分别是嗜群血蜱(n=21)、草原革蜱(n=122)、边缘璃眼蜱(n=148)和全沟硬蜱(n=877)。将1168只蜱虫样本进行宏病毒组测序及分析,使用逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)和Sanger测序相结合的方法对检测到的部分病毒进行验证以及分子流行病学调查。(2)通过RT-PCR扩增新塔拉塞维奇立克次体(Candidatus Rickettsia tarasevichiae,CRT)的16S r RNA(rrs)、glt A、gro EL、omp B和Sca4基因,调查采集的所有蜱种携带CRT的情况。(3)通过宏转录组分析了解阿尔山地区617只全沟硬蜱携带的蜱媒病原体群落组成,通过分子生物学方法,使用特异性引物对新发人畜共患病病原体CRT和北极内罗病毒(Beijin nairovirus,BJNV)的复合感染情况进行调查,对序列测序结果进行同源性和系统进化关系分析。结果:(1)本研究共鉴定了23种RNA病毒,属于至少8个病毒科,包括楚病毒科(Chuviridae)、黄病毒科(Flaviviridae)、逆转录病毒科(Retroviridae)、内罗病毒科(Nairoviridae)、白纤病毒科(Phenuiviridae)、弹状病毒科(Rhabdoviridae)等。在已鉴定的RNA病毒中,有六种被认为是潜在的人类病原体,包括诺敏病毒(Nuomin virus)、Yezo virus、蜱传脑炎病毒(Tick-Borne Encephalitis Virus,TBEV)、阿龙山病毒(Alongshan virus,ALSV)、Sara tick-borne phlebovirus和BJNV。比起草原革蜱、边缘璃眼蜱和嗜群血蜱,全沟硬蜱携带的病毒种类多样性更高,总体的病毒感染率也更高,而来自兴安盟与呼伦贝尔两地的全沟硬蜱的共感染病毒的感染率具有差异,BJNV是两地全沟硬蜱共同的优势病毒种。(2)CRT的检测结果显示,样本的总体阳性率高达42%,共有三种蜱携带了CRT,各蜱种的感染率存在显著差异。全沟硬蜱感染率最高(32/40,80%)、其次是嗜群血蜱(4/10,40%)和边缘璃眼蜱(14/50,28%),而在本研究中收集的草原革蜱中则未检出,其中边缘璃眼蜱携带CRT为中国地区首次报道。各采样点的阳性率也存在差异,阳性率最高的是兴安盟地区(25/26,96%),其次是呼伦贝尔(11/24,46%)和巴彦淖尔(14/80,18%)。(3)宏转录组测序结果显示细菌组成在属水平上,立克次氏体属(Rickettsia)丰度最高,约为77%;在种水平上,加拿大立克次体(Rickettsia canadensis)丰度最高,约为25%,CRT丰度为约1%。病毒组成在属水平上,正内罗病毒属(Orthonairovirus)丰度最高,约为60%;在种水平上BJNV丰度最高,约为45%。在样本中检测出CRT和BJNV感染,池阳性率(pool positivity rate,PPR)分别为96.2%和88.5%,且存在复合感染现象,最低复合感染率(minimum infection rate,MIR)为3.7%,最高复合感染率为88.5%。结论:(1)研究结果揭示了内蒙古蜱虫携带的RNA病毒具有显著的多样性,并观察到这些病毒在不同地区和蜱宿主之间的分布存在差异。首次在我国边缘璃眼蜱中检测到Volzhskoe tick virus。为了有效地检测病原体分布的变化,必须实施持续的监测。(2)研究揭示了内蒙古地区蜱类中CRT感染的高流行率,且首次在我国境内边缘璃眼蜱中检测到了CRT。内蒙古地区广泛的宿主范围和高感染率可能会显著增加CRT对人类和其他脊椎动物的暴露。边缘璃眼蜱在立克次体病传播中的作用及其对公共卫生的潜在风险应进一步考虑。(3)本研究通过宏转录组揭示了阿尔山地区全沟硬蜱微生物群落中活跃物种的组成,首次证实该地全沟硬蜱中存在CRT以及BJNV复合感染现象。因此,应评估在该地区CRT和BJNV对公共卫生的潜在风险,并加强新塔拉塞维奇立克次体病和BJNV引发疾病的疫情监测。

关键词： 鸡球虫   流行病学   PCR   种类鉴定   喀什地区  

摘要： 为调查喀什地区鸡球虫感染状况，于2023年10月—2024年4月期间采集725份鸡粪便样本。采用饱和盐水漂浮法分离鸡球虫卵囊，通过显微镜检查确认104份阳性样品，感染率为14.3%。利用PCR方法对阳性样品进行种类鉴定，检测到4种鸡球虫。通过种系发育分析，发现柔嫩艾美耳球虫与毒害艾美耳球虫序列构成一个亚群。研究结果为喀什地区鸡球虫病的防控提供了科学依据。

关键词： 轮状病毒   分子流行病学   RT-qPCR   分离鉴定  

摘要： A群轮状病毒（Rotavirus group A,RVA）是一种人兽共患病原体,主要引起人和动物以厌食、腹泻、呕吐、脱水为特征的急性胃肠炎,该病潜伏期短、传染性强、发病率高,给人类和世界养猪业带来了巨大经济损失。因此建立一种能够检测多宿主且快捷灵敏的检测方法,可以更好地了解和防控RVA的传播并丰富轮状病毒的基因组学数据。本论文因此对以下三方面进行了研究: *** RT-qPCR检测方法的建立:根据GenBank中发表的猪源、牛源、羊源、马源和人源轮状病毒NSP5基因保守序列,设计1对特异性引物和1条带有Taq Man-MGB发光基团标记的探针,建立一种检测多物种RVA的RT-qPCR方法。结果表明:建立的RVA Taq Man-MGB RT-qPCR方法敏感性高,检测限可达3.24拷贝/μL;特异性强,与猪常见病原无检测交叉反应;重复性好,其批内和批间变异系数分别为0.063%～0.812%和0.612%～1.016%。该方法为猪、牛、羊、马和人等多物种的A群轮状病毒流行病学调查和早期诊断提供了良好的技术支撑。 2.我国部分地区RVA分子流行病学调查:采用本研究建立的轮状病毒RT-qPCR法对2022年6月至2023年12月搜集到的627份来自广东（447份）、广西（45份）、湖南（33份）、河南（30份）和新疆（72份）的猪、牛、羊样品进行检测。结果显示,上述地区的RVA阳性率分别为31.77%、15.56%、33.33%、0%和4.17%。对阳性样品进行全基因扩增分析后显示一共监测到1株G4P[6]毒株,2株G4P[7]毒株,1株G4P[23]毒株,2株G5P[23]毒株,1株G9P[7]毒株,4株G9P[13]毒株,1株GXP[23]毒株,2株G9P[23]毒株。对部分阳性样品进行比较基因组学研究,结果发现部分RVA的VP7和VP4中和抗原表位发生了变化,可能是RVA跨宿主传播发生的分子基础。 3.A群猪轮状病毒的分离与鉴定:将RT-qPCR中检测到的阳性肠组织样品用胰酶进行处理,随后接种到MA104细胞中,对产生明显细胞病变的分离毒株进行鉴定。核酸扩增测序结果显示为A群猪轮状病毒VP7基因序列;IFA试验可见感染细胞中有特异性绿色荧光;第9代病毒液的病毒滴度为10-6TCID50/m L。对毒株进行全基因扩增后,根据测序结果得出GDZHF株完整基因型为G9-P[7]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1。上述研究结果表明,成功分离获得1株A群猪轮状病毒,将其命名为GDZHF株。 综上所述,本研究明确了2022年6月至2023年12月间我国部分地区RVA分子流行病学调查情况,建立了RVA TaqMan-MGB RT-qPCR方法方法,并分离出一株A群猪轮状病毒GDZHF。本研究结果不仅丰富了轮状病毒基因组学和分子流行病学相关的研究资料,也为轮状病毒诊断方法的研究和防控提供了数据支持。