关键词:
呼吸道腺病毒
流行特征
病毒分离
全基因组测序
病毒分型
摘要:
目的:了解2015年7月~2023年6月上海市浦东新区急性呼吸道感染中呼吸道腺病毒的分子流行特征,明确腺病毒毒株分离敏感细胞,建立人腺病毒全基因组测序检测标准程序,为腺病毒引起感染的防控提供方法和依据。
方法:收集2015年7月~2023年6月上海市浦东新区13家监测哨点医院的急性呼吸道感染(acute respiratory infection,ARI)病例标本,使用SMART 22FAST和Taq Man探针低密度阵列(Taq Man low-density array,TLDA)多病原检测方法筛选呼吸道腺病毒等多种呼吸道病原体,采用描述性研究方法对上海市浦东地区呼吸道腺病毒流行情况进行分析。呼吸道腺病毒核酸阳性样本分别用人非小细胞肺癌细胞(A549细胞)和人喉表皮癌细胞(Hep-2细胞)分离毒株,确认呼吸道腺病毒分离敏感细胞系。构建呼吸道腺病毒全基因组测序文库,使用Illumina Miseq系统对分离到的毒株进行全基因组测序,用CLC Genomics Workbench 11.0软件对测序数据进行质控和拼接,使用MEGA 11.0.13软件对拼接序列进行比对和建树,明确毒株的分子分型,使用Megalign7.1.0(44)软件进行同源性分析,用SPSS 25.0软件对数据进行统计分析。
结果:2015年7月~2023年6月共收集10246份样本,检出266份呼吸道腺病毒阳性样本,检出率为2.60%(266/10246)。其感染以单一感染为主。检出率最高的月份为2019年4月(17.83%,28/157),不同发病月份阳性检出率差异有统计学意义(P<0.001)。男性检出率大于女性,差异有统计学意义(χ2=4.597,P<0.05);检出率最高的为≤5岁年龄组(3.94%,91/2221),不同年龄组检出率差异有统计学意义(χ2=36.522,P<0.001);检出率最高的职业类型为学生及儿童(3.82%,145/3800),不同职业间阳性检出率差异有统计学意义(χ2=39.642,P<0.001)。检出率最高的哨点为上海市浦东新区张江社区卫生服务中心(7.14%,1/14),不同类型医院阳性检出率差异有统计学意义(P<0.001)。HAd V单一感染者较多出现乏力症状(11.69%),差异有统计学意义(P<0.05);HAd V合并感染者更易出现咳嗽(91.43%)和呼吸急促症状(14.29%),差异有统计学意义(P<0.05)。
266份核酸阳性呼吸道腺病毒样本共获得125株A549腺病毒毒株和130株Hep-2腺病毒毒株,分离率分别为48.87%(125/266)和46.99%(130/266),两种细胞的分离结果具有较强的一致性(Cohen's kappa=0.767,P<0.001)。A549细胞的鼻咽拭子样本和痰液样本的分离差异有统计学意义(χ2=8.787,P<0.05),Hep-2细胞的鼻咽拭子样本和痰液样本的分离差异有统计学意义(χ2=4.358,P<0.05)。
125份A549呼吸道腺病毒毒株涵盖B、C、E三大属和8种基因型,HAd V-3和HAd V-7是研究期间主要流行人腺病毒基因型。HAd V-3、HAd V-7、HAd V-55、HAd V-1、HAd V-5、HAd V-104、HAd V-108、HAd V-4分离株序列与参考序列的核苷酸同源性分别为93.2%~98.5%、94.2%~99.3%、93.8%~97.7%、90.0%~99.1%、85.4%~98.6%、94.2%~97.9%、96.8%~99.2%,93.2%~95.0%;氨基酸同源性分别为93.2%~99.9%,94.7%~99.3%,93.8%~97.7%,90.0%~99.1%,85.4%~98.6%,94.2%~97.9%,96.8%~99.5%,93.2%~99.0%;序列之间的同源性分别为94.4%~100.0%,94.5%~99.9%,96.1%~98.4%,87.2%~99.2%,86.60%,94.4%~97.9%,97.4%~99.8%,94.9%~99.0%。
结论:呼吸道腺病毒是上海市浦东地区急性呼吸道感染的主要病原体,流行型别较多,需要加强监测,防止学校和幼儿园等地的暴发。