关键词： A组轮状病毒   流行特征   全基因组   系统发育分析  

摘要： 目的:调查2020-2022年河北省哨点医院腹泻儿童中A组轮状病毒(RVA)的感染情况、临床特征和基因型特征,探讨本地区RVA的分子流行病学。针对RVA的主要流行基因型G9P[8]和G8P[8]开展系统进化树分析,探讨VP4、VP7和NSP4片段的抗原表位变异情况,掌握其基因变化情况,为病毒性腹泻的防控、轮状疫苗的引入提供一定的参考。 方法:收集2020-2022年河北省哨点医院5岁以下儿童肠道腹泻粪便标本415份,采用双侧夹心法酶联免疫吸附试验(ELISA)检测A组人轮状病毒抗原,对发病率、性别、年龄、季节和临床特征进行描述性统计分析。阳性样本采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行基因全长扩增并测序,Seq Man软件对测序结果进行拼接,用在线基因分型工具Rotavirus Classification Working Group(RCWG)对RVA的11个片段进行分型,并用MEGA 11、Meg Align软件构建进化树并进行系统发育分析和变异位点分析,以确定其同源关系和基因变化情况。 结果:2020-2022年收集的415份粪便标本中,ELISA检出RVA阳性样本90份,阳性率为21.69%。12～23月龄的幼儿检出率最高,阳性率为33.09%,相比于其他年龄组更容易感染(χ2=33.81,P<0.05)。轮状病毒冬春季高发,感染的高峰期在3-4月,阳性率为47.97%,其次是12-2月阳性率为17.69%,不同季节RVA的阳性率差异具有统计学意义(χ2=77.81,P<0.05)。在本研究中RVA感染最为常见的症状是腹泻和呕吐。 G/P分型结果显示,G9P[8]是RVA最主要的组合基因型(71.11%),其次是G8P[8](22.22%)。全基因组分型结果显示,G9P[8]和G8P[8]分别属于Wa-like和DS-1-like两种基因型,未出现基因重组株。系统进化树分析显示出本次毒株主要与中国大陆株和我国相邻国家毒株(日本、韩国、泰国、印度、越南等地)联系紧密,显示出高度的同源性。与疫苗株相比,VP7、VP4和NSP4基因片段的抗原决定区分别出现了14、5和7个氨基酸位点变异。VP4基因片段中有一株在115点位出现不同于疫苗株和参考株(V、N)的特异性点位(I)。 结论:本地区2020-2022年RVA的阳性率相比于前几年河北监测点统计的RVA检出率有所下降,12～23月龄的患儿检出率最高。发病具有明显的季节性,主要集中在冬春季,临床症状表现为腹泻和呕吐。RVA毒株随着时间不断发生变化,当前本地区的G9P[8]仍占主导地位,但G8P[8]近年来有明显上升趋势,提示应持续监测RVA基因型的变化情况。与疫苗株相比,VP7、VP4和NSP4基因片段的抗原决定区均出现了不同于疫苗株的氨基酸变异位点,削弱了疫苗的保护效果,因此在以后的研究中应考虑多基因片段共分析和全基因组测序,为RVA的分子进化和重组特征提供数据资料。

关键词： 肺炎支原体   呼吸道畸形   预测模型   CircAGFG1   儿童  

摘要： 背景及目的:儿童肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MPP)感染率和耐药率逐年增加,导致严重并发症和后遗症。早期预测和治疗是其诊治要点和难点。而MPP发病机制未明确,本研究拟:1.研究儿童尤其先天性遗传畸形患者MP流行情况;2.分析MPP临床特点,建立难治性MPP(Refractory MPP,RMPP)和重症MPP(Severe MPP,SMPP)早期预测模型,探讨早期预测的价值;3.检测MPP患者肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中CircAGFG1及炎症因子表达,结合细胞模型探讨CircAGFG1在MPP发病机制中的作用。 方法:一、收集2018年10月-2023年8月新乡医学院第一附属医院儿科收治的下呼吸道疾病患者病原、出院诊断、CHARGE综合征患者临床表型、突变表型等资料,分析MP的流行病学情况及基因突变与呼吸表型的关系;二、收集进行肺泡灌洗(Bronchoalveolar lavage,BAL)治疗的MPP儿童临床资料,通过多因素logistic回归分析RMPP和SMPP独立危险因素,R软件建立RMPP和SMPP列线图预测模型,并进行验证,生存分析探讨BAL时机;三、前瞻性收集MPP患者临床资料,检测BALF中CircAGFG1、Notch2、LC3B、CD206、CD86、IL-α、IL-32、TGF-β1和CXCL10水平,探讨炎症因子与RMPP的关系;通过建立MP感染巨噬细胞模型,验证CircAGFG1在MP感染中的作用机制。 结果: 1.纳入研究的下呼吸道疾病患者10290例(32.13%),MP-DNA 阳性1490例;先天遗传畸形640例,其中合并呼吸表型241例,CHARGE综合征呼吸表型比例最高(11/12,96.67‰)。病原阳性率35.68%(86/241),MP发病率最高,26例(26/86,30.23%)。CHARGE综合征患者呼吸表型与突变位置成正相关(R=0.895)。 ***预测模型构建研究纳入308名患者,开发队列229名,外部验证队列79名。多因素logistic回归分析结果,年龄、APACHE Ⅱ评分、分泌物颜色、粘膜水肿、CT总分、PCT为RMPP独立危险因素,并以此建立列线图模型。SMPP预测模型的开发研究纳入244例MPP患者,建立了以多因素logistic回归分析结果:左上叶CT评分、SOFA评分、APACHEⅡ、BS评分和CRP为变量的列线图预测模型。两个模型的验证均显示有较好临床应用价值。早期BAL组住院时间较短。 *** 组IL-1α、IL-32、TGF-β1、CXCL10 高于普通 MPP(General MPP,GMPP)组,TGF-β1、IL-32 是 RMPP 的独立危险因素,MPP 患者 BALF 中 CircAGFG1、CD86、CD206、Notch2、LC3B表达增加。MP感染巨噬细胞后M1极化增强;CircAGFG1过表达,Notch2水平上调,自噬减少,M2增加;CircAGFG1敲除,Notch2表达下调,自噬增强,M1增加,M2减少。 结论: 1.呼吸道畸形占先天性遗传畸形较高比例,下呼吸道感染中MP感染率高; 2.以年龄、APACHE Ⅱ评分、分泌物颜色、粘膜水肿、CT评分和PCT为变量的列线图模型可早期预测RMPP;以左上叶CT评分、SOFA、APACHE ⅡI、BS评分和CRP为变量的列线图模型可早期预测SMPP;建议早期BAL。 ***患者BALF中IL-1α、IL-32、CXCL10和TGF-β1升高,有较高预测价值;MP促进M1极化,CircAGFG1通过Notch2调控MP感染巨噬细胞极化及自噬。

关键词： 蚊   蠓   阿卡斑病毒   日本流行性乙型脑炎病毒   蓝舌病毒   寨卡病毒   登革病毒   基孔肯雅病毒  

摘要： 虫媒病是一种通过节肢动物传播的疾病,根据宿主不同可分为医学、动物和植物虫媒病。蚊、蠓是医学、动物虫媒病的常见媒介昆虫。虫媒病毒一般通过节肢动物体接触感染宿主,媒介昆虫本身耐受并携带病毒,再接触未感染的其他易感宿主这一流程完成病毒的传播。目前国际虫媒病毒中心登记的虫媒病毒达537种,其中130多种可引发人、畜疾病。其中蚊作为媒介昆虫携带的登革病毒引起的登革热、乙脑病毒引起的乙型脑炎、寨卡病毒引起的格林巴利综合征等疾病等;目前约有18种库蠓被证实能够作为媒介传播虫媒病,例如阿卡斑病毒引起的赤羽病。近年来,随着我国“一带一路”建设的不断深入,全球贸易带来的原料产品的往来输送,导致我国虫媒病输入及流行的风险不断加剧。广西的地理位置使其成为虫媒病毒跨境传播的高风险区域。由于与东盟国家的紧密联系以及频繁的人员和货物流动,虫媒病毒有机会通过媒介昆虫如蚊子和蠓虫等跨越国境。 为了对广西壮族自治区虫媒病毒的种类及分布有更多的了解,掌握当地蚊虫和蠓虫携带病毒的种类以及流行特点,本研究对2019年、2020年、2023年对广西壮族自治区6个地级市进行蚊虫和蠓虫样品采集和虫媒病毒的调查。 本研究对广西壮族自治区部分地区采集到的蚊、蠓样品通过形态学鉴定,再结合分子生物学方法,随后扩增对应样品的线粒体COⅠ基因片段,经测序和序列分析,并结合形态学鉴定结果,以确定其种属。通过普通PCR(Polymerase chain reaction,PCR)和实时荧光定量PCR(Quantitative RealTime PCR,q RT-PCR)技术对采集到的蚊、蠓样品进行阿卡斑病毒(Akabane virus,AKAV)、日本流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)、蓝舌病毒(Bluetonguem virus,BTV)、寨卡病毒(Zika virus,ZIKA)、登革病毒(Dengue virus,DENV)和基孔肯雅病毒(Chijungunya virus,CHIKV)这六种虫媒病毒进行核酸检测,以掌握广西地区蚊、蠓体内虫媒病毒的携带情况。 本研究结果显示:1.在广西壮族自治区的6个地级市进行的蚊虫和蠓虫采集工作中,共采集到蚊虫总数2891只及蠓虫总数10285只。通过形态学和分子生物学方法鉴定,鉴定出蚊虫样品三属四种,分别是三带喙库蚊(Culex tritaenior hynchus)、致倦库蚊(Culex pipiengs quniquefasciatus)、骚扰阿蚊(Aemigeres subalbatus)、白蚊伊蚊(Aesimorphus albopicyus)。鉴定出库蠓属(Colicoides)五种,分别是尖喙库蠓(Culicoides axystoma)、荒川库蠓(Colicoides arakawae)、琉球库蠓(Colicoides actoni)、扶须库蠓(Colicoides palpifer)和环斑库蠓(Colicoides circumscriptus)。从蚊虫构成来看,三带喙库蚊数量最多,占采集总数的67%,是广西地区的优势蚊种。从蠓虫构成来看,尖喙库蠓最多,占采集总数的52%,是广西地区的优势蠓种。从气候因素和地域分布情况来看,南亚热带、桂南和丘陵盆地采集蚊、蠓数量最多。 2.对广西壮族自治区6个地级市采集的蚊和蠓所携带的虫媒病毒进行流行病学调查。检测结果显示,在蚊体内检测到AKAV、DENV、ZIKV三种虫媒病毒核酸阳性;在蠓虫体内检测到AKAV、DENV、ZIKV、CHIKV四种虫媒病毒。其中AKAV占总阳性批数的27.11%、ZIKV占总阳性批数的44.07%、DENV占总阳性批数的27.11%、CHIKV占总阳性批数的1.69%。而JEV和BTV在蚊、蠓体内均未检测到。从气候因素和地域分布情况来看,三个气候带以及三个不同地形均能检测出AKAV、DENV、ZIKV、CHIKV四种虫媒病毒。 本研究设立的6个地级市从气候因素、地域分布划分基本能代表广西全境,且发现蚊和蠓在广西地区广泛分布,并作为AKAV、DENV、ZIKV、CHIKV的携带者,有引发虫媒病的潜在危害。本研究通过对广西壮族自治区6个地级市蚊、蠓的采集工作,掌握了广西地区的蚊、蠓分布情况,为当地防控媒介生物传染病提供了数据支持和理论依据。

关键词： 诺如病毒   排污管网系统污水   高通量测序  

摘要： 目的: 描述2022年1月-12月广州市排污管网污水中诺如病毒（Noroviruses,NoV）的分布情况及动态变化特征,同时研究广州市人群中以NoV感染为代表的感染性腹泻病例数与污水中NoV浓度的相关性。最后通过荧光PCR和二代测序技术建立NoV基因分型数据库,为后续暴发溯源以及疾病的早期预警提供理论数据,为NoV等肠道传染病病毒感染的防控策略提供理论参考。 方法: 2022年1月至12月在广州市海珠区、越秀区、天河区、番禺区、南沙区、黄埔区、从化区、增城区、白云区、花都区这十个市辖区七类重点场所（重点医疗机构、新冠感染集中隔离场所、社区街道、批发农贸市场、污水处理厂、学校、餐饮住宿场所）排污管网污水进行定时定点采样。污水样本经浓缩后首先应用实时荧光PCR进行污水中GI、GII型NoV的检出和分布情况描述与分析,随后对检出GI、GII型NoV的阳性污水样本进行下一步的核酸定量检测、基因测序、基因分型、系统发育进化分析等研究内容,最后收集了2022年广州市感染性腹泻病例和气象数据,与NoV检出情况进行关联分析。 结果: 污水中NoV检出情况显示,在收集的1015份污水样本中,共有408份样本诺如GI型检出阳性、466份样本诺如GII型检出阳性,其中366份样本诺如GI型和GII型检出混合阳性:从月份分布情况看,2022年3月NoV GI、GII型总检出率均最高（66.67%、69.54%）;从地区分布情况看,NoV GI型总检出率最高的辖区是花都区（52.73%）、NoV GII型总检出率最高的辖区是南沙区（62.90%）;从重点场所分布情况看月NoV GI、GII型总检出率最高的重点场所是污水处理厂（81.82%、87.27%）。实时荧光定量RT-q PCR法检测了2022年广州市污水NoV GI、GII型病毒核酸拷贝数,结果显示NoV GI型的拷贝数中位数为1467.27copies/μL,高于GII型的484.55 copies/μL（P<0.001）。NoV GI、GII型病毒核酸拷贝数在不同月份的差异具有统计学意义,2022年3月NoV GI、GII型拷贝数中位数均最高（2168.18 copies/μL、667.24 copies/μL）。NoV GI、GII型病毒核酸拷贝数在不同类型重点场所的差异具有统计学意义,NoV GI、GII型拷贝数中位数最高的重点场所均是污水处理厂（1943.34 copies/μL、654.62 copies/μL）。NoV GI、GII型病毒核酸拷贝数在市辖区间差异不显著。污水NoV拷贝数与腹泻病例数呈正相关（rs=0.629,P=0.028）。线性回归表明病毒拷贝数对腹泻病例数有预测作用（R2=0.811,P=0.011）。NoV GI型总共检测出8种基因型,其中,GI.1型最多,占79.40%。GII型总共检测出8种基因型其中以GII.17型最多,占93.69%,污水中GII.17型的优势流行株为GII.17[P17]。另外检出GII.17型多种重组变异株,为GII.17[P16]、GII.17[P12]、GII.17[P31]重组变异株,重组变异株共所占GII.17型比例为11.36%。 结论: 2022年广州市排污管网污水中GI、GII型NoV检出率高,基因型别多样化,提示NoV在广州市人群中的流行从未间断,卫生部门和疾控机构应加强预警,防止病毒暴发。污水中NoV拷贝数在一定程度上可以预测区域内感染性腹泻病例数。GI.1型和GII.17型病毒株在环境和人群中广泛传播和流行,需要对GI.1型与GII.17型保持警惕和加强监测,以预防其进一步传播的风险。

关键词： 猫   脂肪肝   流行病学   病例分析   北京部分地区  

摘要： 猫脂肪肝病主要是由于营养、机体代谢异常以及毒素对肝脏造成损伤引发的,是一种致死性的肝脏内胆汁淤积性疾病。不当的饲养方式导致脂肪肝患猫数量呈现逐年增多的趋势,成为猫常见的严重肝脏疾病之一。为了掌握我国现阶段猫脂肪肝病的流行状况,本文针对北京部分地区猫脂肪肝病进行了流行病学调查研究。 本研究共统计收集了2022年1月至2023年12月北京部分地区28家宠物医院154例猫脂肪肝病例,调查了猫脂肪肝的发病率,影响因素（性别、年龄、品种、患病月份、绝育情况、肥胖史等因素）及临床表现特征。通过既往病史、临床检查、实验室检查、影像学检查等对猫脂肪肝病例进行分析。通过归纳统计,了解猫脂肪肝的病因、病理生理、临床特征、诊断方法、治疗措施,探究其间的关系,有助于临床诊治提供参考。 流行病学调查结果显示:调查期间北京部分地区28家宠物医院共收治的猫脂肪肝的发病率为0.68%（154/22647）,雌性猫（51.3%）发病率略高于雄性（48.7%）,患猫年龄多见于壮年期3～6岁（33.8%）,发病率最高的品种为中华田园猫（52.6%）,21.4%的患猫具有肥胖史,绝育猫占比53.3%。猫脂肪肝病多发于夏季6～8月（32.5%）。常见的临床症状以厌食、脱水、嗜睡、精神沉郁、体重下降和黄疸为主。 病例分析结果显示:在115份血常规结果中,27.0%的患猫白细胞数量上升,42.6%的病例血小板数量降低;在血液生化检查结果中,ALPK、ALT、AST、TBIL等指标呈升高趋势,比例分别为71.3%、64.7%、53.4%、76.5%;在54份电解质检查结果中,离子失衡均表现为p H（35.2%）数值的增高与Na+（27.8%）、K+（29.6%）、Cl-（16.7%）和Ca2+（14.8%）数值的下降;B超检查猫脂肪肝的典型特征是肝脏弥漫性回声增强,是诊断的关键。经治疗,脂肪肝患猫治愈率为50.5%（47/93）。 综上,本研究通过对北京部分地区猫脂肪肝的流行病学调查及病例分析,初步揭示了猫脂肪肝病的发病情况及特点。结果显示收集的猫脂肪肝病例与猫的性别、年龄、品种、绝育、体重及季节等多种因素存在相关性。调查结果可为临床中猫脂肪肝病的诊断和治疗提供统计数据,为宠物主人饲养管理提供了科学的参考,同时也为猫脂肪肝病的深入研究提供理论支撑。