关键词： Herpesviruses   Bat   Phylogeny   Diversity   Southern China  

摘要： Several studies have reported the detection of herpesviruses (HVs) in bats. However, the prevalence and phylogenetic characteristics of HVs in bats are still poorly understood. To elucidate the epidemiological characteristics of bat HVs in southern China, 520 fecal samples from eight bat species were collected in four geographic regions of southern China. Of these samples, 73 (14.0 %) tested positive for HVs using nested polymerase chain reaction assay. Phylogenetic analysis revealed a high degree of molecular diversity of HVs in bats of different species from different geographic regions. Our study provides evidence for co-evolution of bats and HVs.

关键词： Animal phylogenetics   Animals   Bats   Biology and life sciences   Community ecology   Computer and information sciences   Data management   Ecology   Ecology and environmental sciences   Ecosystems   Evolutionary biology   Evolutionary systematics   Forests   Habitats   Infectious diseases   Lyssavirus   Mammals   Medical microbiology   Medicine and health sciences   Microbial pathogens   Microbiology   Neglected tropical diseases   Organisms   Pathogens   Pathology and laboratory medicine   Phylogenetics   Rabies   Rabies virus   Research Article   RNA viruses   Serology   Taxonomy   Terrestrial environments   Tropical diseases   Vertebrates   Viral diseases   Viral pathogens   Viruses   Zoology   Zoonoses  

摘要： Introduction In addition to the commonly accepted importance of the vampire bat in the maintenance and transmission of the rabies virus (RABV) in South America, RABV infection of other species is widely evidenced, challenging their role in the viral cycle. Methodology/Principles findings To identify the bioecological drivers of RABV circulation in neotropical bat communities, we conducted a molecular and serological survey on almost 1,000 bats from 30 species, and a 4-year longitudinal survey in two colonies of vampire bats in French Guiana. RABV was molecularly detected in a common vampire and in a frugivorous bat. The sequences corresponded to haematophagous bat-related strains and were close to viruses circulating in the Brazilian Amazon region. Species' seroprevalence ranged from 0 to 20%, and the risk of seropositivity was higher in bats with a haematophagous diet, living in monospecific colonies and in dense forests. The longitudinal survey showed substantial temporal fluctuations, with individual waves of seroconversions and waning immunity. The high prevalences observed in bat communities, in most habitats and in species that do not share the same microhabitats and bioecological patterns, the temporal variations, and a rather short period of detectable antibodies as observed in recaptured vampires suggest (i) frequent exposure of animals, (ii) an ability of the infected host to control and eliminate the virus, (iii) more relaxed modes of exposure between bats than the commonly assumed infection via direct contact with saliva of infected animals, all of which should be further investigated. Conclusions/significance We hypothesize that RABV circulation in French Guiana is mainly maintained in the pristine forest habitats that may provide sufficient food resources to allow vampire bats, the main prevalent species, to survive and RABV to be propagated. However, on the forest edge andin disturbed areas, human activities may induce more insidious effects such as d

关键词： 腺病毒感染   宿主细胞   长E3基因   基因表达  

摘要： 腺病毒能感染人和多种脊椎动物，并引起疾病。腺病毒也是一种常用的基因载体，在疫苗和基因治疗等领域有着广泛应用。腺病毒还是一种重要模式病毒，曾揭示过多种重要分子生物学机制。蝙蝠作为一种非常重要的病原宿主，携带种类繁多的病毒，包括一些与人类重要新发疾病密切相关的RNA病毒。虽然我们和其他实验室曾在一些蝙蝠中报道了高流行率和遗传多样性的腺病毒，但蝙蝠物种数量庞大，许多蝙蝠种类的腺病毒还有待发现和研究。　　本研究主要内容包括：⑴从中华菊头蝠（Rhinolophus sinicus）分离到3株新的蝙蝠腺病毒（bat adenoviruses WIV9-11，BtAdV-WIV9-11）。其基因组分别为37545、37566和38073 bp，这些基因组彼此相似性很高，但与已知腺病毒基因组差异显著。值得注意的是，这三株病毒基因组E3转录单元中均包含一个极长的编码基因。根据系统发育分析和病毒学分类标准，这些蝙蝠腺病毒很可能代表哺乳动物腺病毒属（Mastadenovirus）的一个新种。细胞敏感性试验表明它们具有广谱细胞嗜性，暗示其潜在的广谱宿主范围。⑵从长翼蝠（Miniopterus schreibersii）分离到2株蝙蝠腺病毒（BtAdV-WIV12、13）。它们很可能代表Mastadenovirus属两个不同种。然而，它们的G+C含量仅34.2％和31.3％，明显低于同属其他成员;另外，其基因组也短于已知同属成员，分别为29581和29162 bp。统计分析表明，CpG双核苷酸受甲基化后突变为TpG(互补链为CpA)是造成低G+C的主要原因之一，因为腺病毒科内成员的CpG相对频率（即频率的比值比: odds-ratio）与TpG+CpA相对频率以及G+C含量存在显著相关性。有趣的是，腺病毒基因组G+C含量和CpG相对频率并不像其他一些病毒依赖宿主种类，而是呈现病毒种特异性。另外，其G+C含量和CpG相对频率分别与基因组长度呈现了中等和强的正相关性，表明了新的腺病毒进化模式。⑶从棕果蝠（Rousettus leschenaultii）分离到2株新的蝙蝠腺病毒（BtAdV-WIV17、18）。与WIV12、13类似，这两株腺病毒的基因组分别为29923和29812 bp，G+C含量分别为34.3％和34.2％。WIV17、18基因组彼此相似性较高，但与已知腺病毒差异明显。系统发育分析表明，它们可能代表Mastadenovirus属的一个新种。它们与其它感染食果蝙蝠（特别是棕果蝠）的腺病毒显示出较近的亲缘关系，表明其与宿主可能存在长期的共同进化关系。⑷建立了一种简单、经济的腺病毒载体重组技术。利用该技术，成功构建了BtAdV-TJM和WIV9的感染性克隆，以及用EGFP表达盒替换了E3A基因的TJM重组病毒。该重组病毒感染细胞后，可观察到强烈的绿色荧光，体现了TJM高效表达外源基因的能力。

关键词： 博尔纳病病毒   蝙蝠   脑组织   博尔纳病病毒p40基因片段   博尔纳病病毒核蛋白  

摘要： 目的:探讨贵州遵义地区蝙蝠体内是否存在博尔纳病病毒(BDV)的自然感染,将贵州遵义地区蝙蝠感染的BDV p40核苷酸序列与国外标准株、流行株进行同源性分析,进一步丰富贵州地区BDV流行病学特征。方法:采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(Fluorescence quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction,FQ-RT-PCR)对82例蝙蝠额颞叶脑组织中BDV p40基因片段进行检测,阳性产物进行纯化、克隆和核苷酸序列测定,并与国外标准株、流行株比对,分析其同源性及变异;同时采用免疫印迹法(Western blotting,WB)检测蝙蝠脑组织中博尔纳病病毒核蛋白(Nucleoprotein,N)。结果:贵州遵义地区82例蝙蝠额颞叶脑组织中,BDV p40基因片段的检出率是12.2%(10/82),通过美国国家生物技术信息中心(NCBI)比对、分析阳性产物的核苷酸序列,贵州遵义地区蝙蝠脑组织中的BDV p40核苷酸序列与标准株Strain V和流行株H1766比对同源性均为96.2%,有3个碱基发生突变(nt548G>T,nt550T>G,nt553A>T),突变率为3.8%(3/78),与流行株He/80进行同源性分析时,发现有4个核苷酸发生突变(nt548G>T,nt550T>G,nt553A>T,nt609T>C),突变率为5.1%(4/78),但所编码的氨基酸并没有变化;蝙蝠额颞叶脑组织中博尔纳病病毒核蛋白阳性率为12.2%(10/82);其中有6例蝙蝠脑组织同时检出BDV p40基因片段及核蛋白。结论:贵州遵义地区的野生蝙蝠存在博尔纳病病毒的自然感染;该地区野生蝙蝠所感染的BDV p40基因片段与标准株Strain V、流行株H1766的核苷酸序列具有高度同源性,该地区可能是BDV的流行区域之一。

关键词： 蝙蝠   分子流行病学   高通量测序   疱疹病毒   腺病毒   轮状病毒   乳头状瘤病毒   反转录病毒   序列分析  

摘要： 蝙蝠是巨大的病毒库,有关蝙蝠携带“新”病毒的研究逐年增加,正不断地补充其病毒库的构成。消化道,作为开放性的腔道,沟通蝙蝠与外界环境,为疾病的传播提供可能。目前,关于蝙蝠携带腺病毒、疱疹病毒、轮状病毒、乳头状瘤病毒及杯状病毒已见文献报导,但多见于其他地区,中国境内少见报导或缺乏流行病学资料,各个研究中收集的蝙蝠种属比较单一。定期对各个地区,不同蝙蝠种属进行病毒检测,有助于了解蝙蝠-病毒间的宿主-病毒关系及其病毒的进化情况。本研究拟对来自广东广州、惠州、云浮以及海南海口四地的520份蝙蝠粪便及直肠标本携带的腺病毒、疱疹病毒、轮状病毒、乳头状瘤病毒、杯状病毒及细小核糖核酸病毒进行流行病学调查及进化溯源分析。已有研究表明蝙蝠的脑、肠道、肺脏、肾脏、肝脏及血液中携带各种各样的病毒。但以往的研究对特定病毒的检测多采用特定的、传统的研究方法,包括培养分离、电镜观察、血清学方法诊断、PCR、杂交等。这些方法都存在一定的局限性,尤其是当检测病毒或其核酸信息未知时,不利于新型病毒的发现。全面掌握蝙蝠携带病毒的本底资料,了解各种病毒的丰度信息,及时发现新发传染原,对于病毒在疾病传播过程中的作用和防治具有重要意义。作为一种有利于未知病毒发现的高效工具,病毒宏基因组学已广泛用于对各种环境介质中的病毒组学研究。蝙蝠病毒宏基因组学研究也在开展和深入进行中,目前,已有7个关于蝙蝠病毒宏基因组学的研究,一定程度上反映了蝙蝠携带病毒的多样性,提供了有价值的数据。4个来自中国境内,采用宏基因组测序探究蝙蝠体内携带病毒的研究,大部分采用各种组织的混合样品,形成预混池,提取核酸,文库构建,进行测序。一定程度上,降低了某些病毒检出阳性率,忽略了病毒存在的源组织,然而,病毒所富集的组织将进一步指导该病毒可能的传播途径。另外,逐个病毒检测工作量巨大,也受到常规检测方法敏感性的影响,且不能发现未知的病毒。本研究拟建立基于Solexa高通量测序的方法,重点关注蝙蝠肠道及粪便携带的病毒,为研究粤、琼两地蝙蝠携带病毒的提供自然本底,以进一步指导未来的蝙蝠相关病毒的分子流行病学调查和预防实践。1研究方法1.1蝙蝠标本的采集2011年7月至2014年8月,于海南海口、广东惠州、云浮及广州四个地方的蝙蝠监测点中,选取9个蝙蝠自然栖息地(居民区,城市公园,废弃的住宅和岩洞),现场捕捉蝙蝠,对捕捉蝙蝠进行编号。采集每只捕获蝙蝠的粪便,肛拭子以及剪取直肠组织标本。利用细胞色素b基因,辅之以蝙蝠研究专家进行形态学鉴定,最终确定捕捉蝙蝠种属。1.2六种常见病毒的调查研究提取520份蝙蝠粪便及直肠标本病毒RNA或DNA。对病毒RNA进行逆转录成cDNA,利用巢式PCR或普通PCR检测其携带轮状病毒、杯状病毒及细小核糖核酸病毒病毒的情况;对病毒DNA进行巢式PCR或普通PCR,检测蝙蝠标本中携带疱疹病毒,腺病毒和乳头状瘤病毒的情况。将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,亮带直接送测序,如果条带较弱则进行切胶、纯化和回收,然后送样至公司测序。利用生物信息学的方法,进行同源性分析,多序列比对,构建系统进化树,计算各序列间的距离矩阵。1.3病毒宏基因组学研究按照地理位置和蝙蝠种类分为6组:***(广州犬蝠组)、***(海南长翼蝠组)、***(海南棕果蝠组)、***(惠州中蹄蝠组)、***(云浮小菊头蝠组)、***(云浮小黄蝠组)。每组选取10-15只蝙蝠进行去背景核酸处理,RNA/DNA病毒核酸提取,逆转录和单链cDNA补平形成双链dc-DNA。应用随机引物对dc-DNA进行随机扩增,对扩增产物进行检测鉴定,建库测序。对每组标本进行病毒注释和丰度分析。基于宏病毒组学高通量测序结果,对满足要求的逆转录病毒、腺病毒进行进行同源性分析,多序列比对,构建系统进化树,计算各序列间的距离矩阵。2结果2.1六种常见病毒的检测结果520份标本中,疱疹病毒、腺病毒、乳头状瘤病毒、轮状病毒检测的阳性率分别是:73%、6.9%、2.1%及0.76%。未检出细小核糖核酸病毒和杯状病毒。本研究蝙蝠疱疹病毒(HVs)分属于两种型别:β疱疹病毒属(4株)和γ疱疹病毒属(69株)。尚未在蝙蝠中发现α疱疹病毒属。以HVsDPOL基因及gB基因构建的进化树研究结果提示,本研究不同地域,不同蝙蝠种属HVs DPOL基因及gB基因具有多样性,蝙蝠HVs与其宿主具有协同进化的关系。36株蝙蝠AdVs均属于哺乳动物腺病毒属,但与其他动物(包括人)的AdVs距离较远,氨基酸相似性较低。11株蝙蝠乳头状瘤(PVs)的氨基酸相似性高,相似度为94.5%-100%,而与现有发现的其他动物及蝙蝠PVs相比,相似度较低,仅有34.5-58.9%。与其他动物相比,4株小黄蝠A组轮状病毒(RVA)与一株猴子RVA和狗RVA相似度最高,为80.2%,

关键词： 东北三省   蝙蝠病毒   病毒宏基因组学分析   病毒鉴定  

摘要： 蝙蝠是世界上仅次于啮齿类动物的种类最为丰富的哺乳动物,分布在除两极的所有陆地。同时,蝙蝠又是重要的病毒储存库,能携带至少170种病毒,包括一些人兽共患病毒,如狂犬病毒、亨德拉病毒、埃博拉病毒、博卡病毒等。在我国有120种蝙蝠,分属于12个蝙蝠科30个蝙蝠属,广泛分布在我国的多个地区。东北三省包括辽宁、吉林和黑龙江,与俄罗斯和朝鲜接壤,具有重要的战略地位;该地区地域辽阔,气候独特,蝙蝠资源目前没有系统的数据,而关于我国东北地区蝙蝠携带病毒的数据更是严重缺乏,仅发现了蝙蝠伊库特病毒(Irkut virus,狂犬病毒属成员)、博卡病毒和冠状病毒,因而系统全面调查我国东北三省蝙蝠携带病毒的多样性和遗传多态性,对于了解东北地区蝙蝠病毒的本地情况具有重要的意义。本研究在2013-2014年间,于东北三省实地考察了16个市的蝙蝠生态情况,结果在6个市发现了蝙蝠,其种类主要是马铁菊头蝠、大足鼠耳蝠、白腹管鼻蝠和东方蝙蝠等,我们在这些市设置了10个蝙蝠病毒监测点,共采集了204只蝙蝠样本。通过本实验室已建立的病毒宏基因组学方法对以上样本进行病毒组分析,发现了22个科的病毒,其中注释到脊椎动物病毒有16个科20个属32个种,如白蛉热病毒、α冠状病毒和β冠状病毒、人副流感病毒4型、星状病毒以及博卡病毒等;昆虫病毒6个科,如Baculoviridae、Dicistroviridae、Iflaviridae、Parvoviridae(Ambidensovirus)、Polydnaviridae和Tetraviridaes等;还发现一个植物病毒科,Phycodnaviridae。本研究主要关注脊椎动物病毒,根据病毒宏基因组学分析结果,对星状病毒、水泡性病毒、细小病毒、小RNA病毒、环状病毒、布尼亚病毒、圆环病毒、冠状病毒等进行了鉴定分析。从辽宁省本溪市的马铁菊头蝠和大足鼠耳蝠中,有病毒序列注释到了星状病毒科,在这些星状病毒序列中,与不丹国人星状病毒BtnMLB1-86同源性最高,为84%。弹状病毒科中的水疱性病毒序列发现于辽宁本溪市的马铁菊头蝠和大足鼠耳蝠中,其中水疱性病毒与美国蝙蝠水疱性病毒TFFN-2013株同源性最高,为64.3%。使用特异性PCR筛查,从辽宁省本溪市溪湖区6只马铁菊头蝠中检测到2只蝙蝠携带水泡性病毒,阳性率为33.3%;从辽宁省本溪市本溪县4只马铁菊头蝠中检测到1只蝙蝠携带水泡性病毒,阳性率为25.0%;从辽宁省本溪市恒仁县2只马铁菊头蝠中全部检测到水泡性病毒,阳性率为100%。小RNA病毒科的心病毒序列发现于吉林省的马铁菊头蝠和大足鼠耳蝠中,其中心病毒序列与刚果蝙蝠环状病毒PREDICT-06105同源性最高,为84%;并在吉林省通化市的28只大足鼠耳蝠中,检测出9只蝙蝠携带有心病毒,阳性率为33.3%。病毒宏基因组学结果中,注释到了细小病毒科博卡细小病毒属和依赖细小病毒属,在吉林省通化市的29只马铁菊头蝠中,检测出19只蝙蝠携带博卡病毒,阳性率为65.5%;在辽宁省本溪市的马铁菊头蝠和大足鼠耳蝠、吉林省通化市的白腹管鼻蝠以及黑龙江省的东方蝙蝠中,均发现有病毒序列注释到细小病毒科依赖细小病毒属,这三株细小病毒均与我国蝙蝠腺联病毒ynm株有最高同源,分别为84%、89%以及87%,并且它们均与依赖细小病毒属病毒处在同一进化分支。注释到了呼肠孤病毒科的环状病毒的病毒序列,来源于于辽宁省本溪市的马铁菊头蝠和大足鼠耳蝠中,与澳大利亚环状病毒属的eubenangeevirus具有最高同源性,为79%,并在辽宁省本溪市的29只大足鼠耳蝠中,检测出4只蝙蝠携带有环状病毒,阳性率为13.8%。。同时,这株蝙蝠环状病毒是国内首次从蝙蝠中检测到的。另外,通过特异性pcr验证,从黑龙江省的蝙蝠中,检测到了两株圆环病毒,一株是在哈尔滨市阿城区的43只东方蝙蝠中,检测出2只蝙蝠有圆环病毒基因存在,阳性率为4.7%;另外一株是在大庆市萨尔图区的9只东方蝙蝠中检测到1只蝙蝠携带圆环病毒,阳性率为11.1%。在吉林省通化市的40只白腹管鼻蝠中,检测出2只蝙蝠含有腮腺炎病毒属(rubulavirus)病毒基因,阳性率为5%。从吉林省通化市的29只马铁菊头蝠中,检测到有8只马铁菊头蝠携带有布尼亚病毒基因,阳性率为27.6%。对于冠状病毒的检测,一株是从吉林省通化市的40只白腹管鼻蝠中检测出一只蝙蝠携带α冠状病毒属的冠状病毒基因,阳性率为2.5%,另外一株是从吉林省通化市的29只马铁菊头蝠检测出一只蝙蝠携带有β冠状病毒属的冠状病毒基因,阳性率为3.5%。针对以上鉴定结果,挑取了圆环病毒、布尼亚病毒、副粘病毒和冠状病毒进行了更进一步的研究。对两株圆环病毒进行全基因组学分析,获得了长2117nt和2113nt基因组序列。对基因组预测分析,在复制原点处,均存在茎环结构;还

关键词： 吸血蝙蝠   狂犬病毒   病毒传播   预测   DNA分析   研究人员   太平洋   科学院  

摘要： 刊登在美国《国家科学院院刊》上的新研究显示，科学家使用遗传方法预测了吸血蝙蝠狂犬病毒（VBRV）在南美洲太平洋沿岸的暴发。研究人员对这些蝙蝠的细胞核DNA分析，表明了跨安第斯山脉的基因流，把VBRV流行的亚马逊雨林与没有VBRV的太平洋沿岸连接在了一起。

关键词： Lagos bat lyssavirus   Bat rabies   Lyssaviruses   Full genome sequencing   Pan-lyssa realtime PCR   Serological survey  

摘要： A brain sample of a straw-coloured fruit bat (Eidolon helvum) from Ghana without evident signs of disease tested positive by generic Lyssavirus RT-PCR and direct antigen staining. Sequence analysis confirmed the presence of a Lagos bat virus belonging to phylogenetic lineage A. Virus neutralization tests using the isolate with sera from the same group of bats yielded neutralizing antibodies in 74% of 567 animals. No cross-neutralization was observed against a different Lagos bat virus (lineage B). (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.

关键词： 菌丝体   发酵液制剂   免疫活性  

摘要： 对蝙蝠蛾被毛孢菌丝体发酵液(HSFL)制剂进行体内和体外免疫活性研究。结果表明:该制剂在体外对Con A诱导的小鼠脾淋巴细胞的转化能力显著增加,并且在体外显著提高了小鼠脾脏中NK细胞的活性;在体内实验中,该制剂可以显著改善DNFB诱发的小鼠迟发型变态反应;显著提高小鼠腹腔巨噬细胞吞噬鸡红细胞的能力。蝙蝠蛾被毛孢菌丝体发酵液制剂具有调节免疫的生物活性。

关键词： Animals   Chiroptera/virology   Hendra Virus/genetics   Henipavirus Infections/virology   New South Wales   Queensland   RNA, Viral/genetics   Seasons  

摘要： Hendra virus (HeV) causes highly lethal disease in horses and humans in the eastern Australian states of Queensland (QLD) and New South Wales (NSW), with multiple equine cases now reported on an annual basis. Infection and excretion dynamics in pteropid bats (flying-foxes), the recognised natural reservoir, are incompletely understood. We sought to identify key spatial and temporal factors associated with excretion in flying-foxes over a 2300 km latitudinal gradient from northern QLD to southern NSW which encompassed all known equine case locations. The aim was to strengthen knowledge of Hendra virus ecology in flying-foxes to improve spillover risk prediction and exposure risk mitigation strategies, and thus better protect horses and humans. Monthly pooled urine samples were collected from under roosting flying-foxes over a three-year period and screened for HeV RNA by quantitative RT-PCR. A generalised linear model was employed to investigate spatiotemporal associations with HeV detection in 13,968 samples from 27 roosts. There was a non-linear relationship between mean HeV excretion prevalence and five latitudinal regions, with excretion moderate in northern and central QLD, highest in southern QLD/northern NSW, moderate in central NSW, and negligible in southern NSW. Highest HeV positivity occurred where black or spectacled flying-foxes were present;nil or very low positivity rates occurred in exclusive grey-headed flying-fox roosts. Similarly, little red flying-foxes are evidently not a significant source of virus, as their periodic extreme increase in numbers at some roosts was not associated with any concurrent increase in HeV detection. There was a consistent, strong winter seasonality to excretion in the southern QLD/northern NSW and central NSW regions. This new information allows risk management strategies to be refined and targeted, mindful of the potential for spatial risk profiles to shift over time with changes in flying-fox species distribution.