关键词： 新型冠状病毒   NSP8基因   固有免疫   干扰素   分子机制  

摘要： 新型冠状病毒肺炎(CoronavirusDisease2019,COVID-19)是一种由新型冠状病毒(severeacuterespiratorysyndromecoronavirus2,SARS-CoV-2)感染导致的急性呼吸道传染病。新型冠状病毒肺炎疫情自发生后，迅速蔓延全球，严重威胁了人类的生命健康并制约了全球经济的发展。新型冠状病毒属于冠状病毒科β冠状病毒属，其基因组为线性单股正链RNA,是目前已知的基因组最大的RNA病毒。新型冠状病毒基因组可编码多个病毒蛋白，包括16个非结构蛋白(non-structuralprotein)、4个结构蛋白和若干个辅助蛋白，这些蛋白在病毒生命周期中发挥着重要作用。　　固有免疫是宿主细胞防御外来病原生物入侵的第一道防线。新型冠状病毒在复制过程中产生的双链RNA(double-strandedRNA,dsRNA)可有效激活固有免疫反应中的模式识别受体，如定位在内体(endosome)上的Toll样受体3(toll-likereceptor3,TLR3)、定位在细胞质(cytolasm)中的维甲酸诱导基因蛋白Ⅰ(retinoicacid-induciblegeneⅠ,RIG-Ⅰ)和黑色素瘤相关分化因子5(melanomadifferentiationassociatedfactor5,MDA5)。研究发现，新型冠状病毒感染还会导致部分线粒体DNA和染色质DNA的释放，激活细胞质内识别DNA的cGAS-STING信号通路。模式识别受体TLR3、RIG-Ⅰ/MDA5、cGAS与相应的配体如dsRNA或DNA结合后，分别激活下游的接头蛋白TRIF、MAVS、STING,然后通过招募TANK结合激酶1(tankbindingkinase1,TBK1)磷酸化干扰素调节因子3(interferonregulatoryfactor3,IRF3),进而调控Ⅰ型和Ⅲ型干扰素(interferon,IFN)的表达。Ⅰ型和Ⅲ型干扰素通过自分泌或旁分泌途径进一步激活下游的JAK/STAT信号通路，诱导数百个干扰素刺激基因(interferon-stimulatedgenes,ISGs)的表达，使细胞迅速进入抗病毒免疫状态。新型冠状病毒感染的一个典型特征是抗病毒免疫被抑制，炎症反应被过度激活;并且临床研究表明，Ⅰ型干扰素治疗可以有效缓解新型冠状病毒在患者体内的感染情况。这表明新型冠状病毒存在独有的固有免疫逃逸机制。因此，探究新型冠状病毒的固有免疫逃逸机制对新型冠状病毒肺炎的治疗具有重要意义。　　本研究使用RT-qPCR技术和双荧光素酶报告基因系统，发现新型冠状病毒的非结构蛋白NSP8可以抑制RNA病毒仙台病毒(Sendaivirus,SeV)和dsRNA类似物poly(I∶C)所诱导的干扰素反应。流式细胞术(flowcytometry)和病毒空斑(virusplaqueassays)等实验发现过表达NSP8可以促进病毒的复制与增殖。进一步的实验表明NSP8可以抑制RIG-Ⅰ/MDA5-MAVS、TLR3-TRIF以及cGAS-STING信号通路。机制研究发现NSP8与RIG-Ⅰ、MDA5、TRIF和STING均存在相互作用，过表达NSP8可以减少MDA5-MAVS、TRIF-TBK1和STING-TBK1之间的结合;此外，NSP8降低IRF3的磷酸化与入核，进而抑制干扰素的表达以及下游JAK/STAT信号通路的激活。　　总之，本研究发现新型冠状病毒NSP8蛋白靶向RIG-Ⅰ/MDA5-MAVS、TLR3-TRIF和cGAS-STING信号通路，抑制Ⅰ型和Ⅲ型干扰素的产生和宿主抗病毒免疫的激活，有助于我们理解新型冠状病毒逃避宿主先天抗病毒免疫的分子机制，从而为新型冠状病毒肺炎的发病机理提供了重要线索，并为相应治疗药物的研发提供了理论依据。

关键词： 重大突发公共卫生事件   工业企业   复工复产   政策效果  

摘要： 重大突发公共卫生事件与人类社会相伴共生,不仅考验人类群体的生存能力,同时检验特定时代政府治理能力和治理智慧。2020年以来,新冠肺炎疫情在世界范围蔓延,全面而系统地影响着全球各个地区的社会经济、政治文化和生态系统。2022年,由奥密克戎病毒引发的新一轮疫情在上海爆发,政府采取了隔离、封控、静默等一系列措施缓解疫情传播,导致了大量工业企业停工停产。为稳定社会经济发展,缓解企业生存危机,上海市制定发布了一系列复工复产政策,通过提供防疫指导、保障人员和供应链稳定、加大金融支持力度等一系列方式,帮助工业企业恢复生产、走出困境。 本文旨在探讨重大突发公共卫生事件发生时,公共政策促进工业企业复工复产的问题,上海新冠肺炎疫情事件为本研究提供了自然案例。在研究过程中,通过分析疫情对工业企业影响、工业企业复工复产政策需求等,开展政策收集整理。采取问卷调查和深度访谈等方式开展政策评价,为提升重大突发公共卫生事件工业企业复工复产政策效果提供具有实践意义的建议。通过上海市工业企业复工复产政策实施现状分析,结合深度访谈情况发现政策实施存在以下问题:一是复工复产政策方案设计不够完善;二是复工复产政策宣传的覆盖面不广;三是复工复产政策执行难以有效落地;四是复工复产政策服务和监督机制存在缺失。探究这些问题背后的原因,分析发现政策制定受政策环境制约缺乏科学性、政策宣传传导网络被破坏、政策实施受到疫情防控政策及问责机制影响,以及政策监督和服务机制建立不够及时等都会对政策实施效果产生影响。 由于本文研究的复工复产政策已随新冠肺炎疫情终结,通过对上述政策问题及原因分析,本文相应地从提高复工复产公共政策供给能力、优化政策宣传机制、强化政策执行力度,以及提高政策服务能力水平等角度提出了优化重大突发公共卫生事件中工业企业复工复产政策实施效果建议。这些政策建议对于类似重大突发公共卫生事件再度发生时,提高政府政策应对能力,以及提升工业企业复工复产政策效果起到一定的参考借鉴作用。

关键词： 情感分析   主题挖掘   网络舆情演化   LDA模型   新冠肺炎  

摘要： 在这个全民上网的微博2.0时代,互联网技术的日益革新和社交媒体平台的不断扩大,改变着信息的传播手段。随着近些年来新型社交平台的日益增多,打破了传统的信息扩散方式,网络舆情由传统单一的扩散方式变为依靠各种社交媒体平台进行网络舆情的传播,为网络舆情增加了新的传播方式。而随着新冠肺炎疫情的突然爆发,突发公共卫生事件的网络舆情往往夹杂着大量的情绪化词语和主题事件焦点,从主题特征和情感角度分析不同阶段人们关注的焦点问题和影响情感倾向的负面词语对妥善引导焦点问题的网络舆情有着重要意义。研究以新浪微博平台作为数据来源,以2022年天津和上海,首迎“奥密克戎”为研究案例,针对微博用户发布的博文为研究对象,从深度分析舆情角度出发,基于情感分析和LDA主题模型,对不同地区、不同阶段进行舆情分析。首先按照生命周期理论结合百度搜索指数确定两地网络舆情的阶段划分,进而通过文本采集的方式提取舆情数据,并对数据进行规范处理。其次,采用LDA主题分析法确定当时的舆论焦点问题,分析每个阶段两地焦点问题的差异和产生差异背后的社会原因。同时分阶段对两地负向情绪词进行了归纳整理,并分析每一阶段负向情感词产生的原因。研究发现,疫情下的网络舆情发展规律符合生命周期理论,讨论内容呈现多话题联动规律。根据网民网络舆情发生后不同阶段讨论的热门主题内容,从不同角度对热点问题差异性进行分析,掌握新浪微博平台新冠肺炎疫情舆情发展趋势和网民对于舆情焦点问题的态度,有利于相关部门获取舆情情感和民众对于焦点问题的看法。由此可以下达符合实际情况的政策和指令来保证互联网正常的运行秩序并推动社会和谐发展。并提出针对类似具有传播力和致病性强、潜伏期短、发病进程快的突发公共卫生事件网络舆情应对策略建议。

关键词： 腺病毒   疫苗   宿主细胞蛋白   宿主细胞DNA   核酸酶   病毒感染滴度  

摘要： 由于新型冠状病毒肺炎（Corona Virus Disease 2019,COVID-19）的迅猛传播,人们对疫苗的需求量激增,因此,制造安全有效的疫苗成为当今企业的首要挑战,而确保疫苗的高品质则是实现这一目标的关键。本文重点关注Ad5-n Co V疫苗,即新型冠状病毒疫苗（5型腺病毒载体）原液的生产过程,并提出一种新的样品质量检测方法。此外,我们还将探索一种新的技术来监控生产环境中腺病毒的泄漏情况。 通过对工艺流程的了解,分析过程样品的组分特点,针对性地选择了四个质量监测指标,分别是宿主细胞蛋白残留（HCP）、宿主细胞DNA残留（HCD）、核酸酶残留（Benzonase）、病毒感染滴度（IFU）。其中,HCP和Benzonase利用ELISA的方法进行定量检测,HCP检测的线性范围是0 ng/m L-200 ng/m L,定量限为2 ng/m L;Benzonase检测的线性范围是0.10 ng/m L-25 ng/m L,定量限为0.1 ng/m L。HCD利用实时荧光定量PCR法进行定量检测,检测的线性范围是300 pg/L～0.03 pg/L,定量限为0.03 pg/L。IFU则是将病毒样品直接感染HEK293细胞后再进行免疫染色的方法进行检测,结果证明在10～7-1010IFU/m L范围内具有良好的线性。确立检测方法后又开展了方法学验证,各项验证的回收率结果均在80%-120%范围内,各项验证数据的RSD值均≤20%,准确度、专属性、精密度、耐用性等结果均符合可接受标准的要求,证实了本文开发的检验方法适用于Ad5-n Co V原液样品。 对于生产环境的腺病毒污染控制,本文开发了一种采集空气样本后,通过HEK293细胞持续传代培养法和病毒基因组PCR法的对比,最终确定HEK293细胞持续传代培养法可以用来识别环境中腺病毒污染的方案。经过实验证明,当样品中腺病毒的数量级低至10～2时,通过HEK293细胞持续传代培养的方法,最多不超过4次传代即可以被检测到。 本文建立的各项残留物质的定量检测方法的检测限度,均低于《中国药典》中规定的限值标准,可以更灵敏地检测到各项物质的残留水平,保证产品质量是可控的。腺病毒环境污染识别方法则是本文首次提出,已经作为企业内部所用的标准方法。本文的研究成果已经应用于Ad5-n Co V疫苗原液生产过程中,通过对疫苗原液样品和生产过程样品进行检测,可视化地监测产品质量,以为工艺优化和质量风险识别提供有力的数据支持,同时也可以为其他腺病毒载体类疫苗的检测方法开发提供参考。

关键词： 新型冠状病毒   受体结合域   中和抗体   酶联免疫吸附法   假病毒中和试验   方法学比对  

摘要： 新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-Co V-2）感染引起的新型冠状病毒肺炎是一种急性呼吸道传染性疾病,该疾病在2019年的年末的时候在武汉首次出现,随后在全球范围内迅速蔓延。SARS-Co V-2通过表面刺突蛋白S1（spike,S1）上的受体结合域（receptor-binding domain,RBD）识别并与宿主细胞受体血管紧张素转化酶2（angiotensin-converting enzyme 2,ACE2）结合,从而介导病毒感染靶细胞。因此,SARS-Co V-2 S蛋白RBD区被认为是研究抗病毒药物和疫苗的主要靶点。目前,国内针对SARS-Co V-2的治疗特效药物尚未上市,至今为止,接种新冠疫苗是最有效的预防手段。接种疫苗后刺激机体产生的中和抗体（neutralizing antibody,Nab）,能帮助机体抵抗病毒的感染。疫苗诱导的保护性Nab水平检测,是评价疫苗对接种人群保护性的间接方法,通常采用Nab效价的检测方法。传统的基于活病毒的中和试验虽是Nab测定的金标准,但这种方法耗时长、通量低、对实验室安全性及操作人员熟练程度要求高,不适用于大规模人群的Nab检测;而合适的假病毒中和抗体检测（pseudovirus based neutralization assay,PBNA）方法能够媲美真病毒的检测效果,同时降低了对实验环境生物安全级别的要求,尽管如此,PBNA仍然必须在细胞水平进行操作和检测,耗时耗力,因此并不能广泛应用于临床实验的研究中。而ELISA方法简单、快速、高通量,能够满足大规模样本的检测需求。目前,已报道多种针对SARS-Co V-2 Nab ELISA检测方法,无论是竞争法还是间接法,均采用受体-配体结合或抑制结合的原理进行研制和应用,所采用抗原均为重组RBD蛋白。本研究成功构建了2个不同氨基酸长度SARS-Co V-2 RBD的真核重组表达质粒pc DNA3.1（-）-RBD和pc DNA3.1（-）-RBD,经HEK293F细胞转染后,获得了2种较高纯度的重组RBD蛋白,并鉴定纯度分别为91.2%（219-RBD）和93.7%（223-RBD）,Western blot结果表明其均能被特异性RBD单克隆抗体识别。将219-RBD和223-RBD这2种重组蛋白作为检测抗原,建立间接ELISA检测方法,并采用已建立的2种间接ELISA法分别检测60份免疫了新冠全病毒灭活疫苗志愿者的血清,以PBNA中和抗体检测结果为金标准,219-RBD和223-RBD为检测抗原的抗体定性检测敏感度分别为96.43%和94.64%,特异性均达100%;一致性分析κ值分别为0.783和0.702;219-RBD和223-RBD ELISA抗体半定量检测结果与PBNA检测结果比对,皮尔森相关系数r分别为0.81和0.73;Bland-Altman方法一致性分析中,2种间接ELISA均有98.3%的点落在95%的一致性界限内,因此2种RBD蛋白间接ELISA结果与PBNA检测结果具有统计学上可接受的相关性和一致性。而219-RBD与金标准的一致性的显著高于223-RBD,更适合作为SARS-Co V-2疫苗中和抗体检测的候选抗原。综上所述,以这2种重组RBD蛋白分别作为包被抗原,建立2种间接ELISA检测方法,并采用这2种间接ELISA对免疫了新冠灭活疫苗志愿者血清中和抗体水平进行检测,筛选出219-RBD作为包被抗原时与PBNA具有很高的相关性和一致性,可应用于新冠疫苗中和抗体的检测,为新型冠状病毒疫苗中和抗体评价和筛检以及试剂盒的开发提供新的思路,同时也为新冠RBD多聚体对中和抗体的检测和筛检提供了方法学参考。

关键词： 健康风险沟通   主流媒体   社交媒体   人民日报   新冠疫情  

摘要： 随着新冠疫情暴发,围绕其展开的健康风险沟通成为健康风险领域的重要议题。在社交媒体环境下,信息的传播环境与公众的信息接收渠道发生改变,公众的信息获取依赖于社交媒体。尽管社交媒体具有传播速度快、传播范围广的特点,但因其信息过载,各种不实信息混杂其中,催生出导致人们难以发现可靠信息的“信息疫情”。可见加大社交媒体中可靠信源的信息传播十分必要。在健康风险沟通过程中主流媒体、公共卫生组织都是可靠信源,但围绕后者的健康风险沟通研究较为丰富且在我国主流媒体在公众信任中占据重要地位,因此本文选取主流媒体作为研究对象。为探究主流媒体在社交媒体平台中如何对健康风险进行构建,不同的内容及呈现方式又如何进一步影响公众在社交媒体平台中对健康风险信息的参与行为,本文选取我国代表性主流媒体《人民日报》作为研究对象,采用内容分析法对《人民日报》微博平台发布的与新冠疫情相关的风险信息进行分析研究。本研究旨在基于研究结果,结合CERC理论对为未来主流媒体在社交媒体平台中的健康风险沟通提供策略和建议。研究发现,媒体报道频率随时间推移逐渐下降,随着公众关注度的提升而增加。在众多信源中,政府部门是《人民日报》微博最主要的信息来源,公众对该信源的信任度较高,且相较于其他信源更易引发公众的参与行为。在新闻框架选择上,《人民日报》微博更侧重使用主题框架且该框架更易引发公众参与,因此健康风险沟通更宜选择主题框架。在意义建构方面,信息内容以数据更新、症状描述等内容为主,症状、潜伏期等具有实际效用的报道也更易引发公众参与。对风险不确定性的呈现主要依赖比较呈现与数字呈现,但如何呈现风险的不确定性对公众的参与行为并没有显著影响。在效能信息方面,社会效能信息占比更高,具有实际指导意义的效能信息更易引发公众的参与。综上所述,相较于新闻框架、不确定性呈现等报道方式,信息内容构建、具有指导性的效能信息等报道内容更易引发公众参与。而对地理要素的研究发现,对其他国家地区报道的信息占比为12.9%位列第三,相较于国内疫情报道,海外疫情报道的公众参与度较低。因此,本研究认为社交媒体环境下的主流媒体开展将健康风险沟通应当以具有实际参考或指导价值的内容为抓手提升沟通效果,满足公众信息需求。在沟通过程中应重视回应公众疑问、解读相关政策,始终重视谣言的治理。最后,主流媒体还应充分利用社交平台双向互动的特点,捕捉公众关注热点,更好地为健康风险沟通提供参考。

关键词： 抗疫实践   思想政治教育价值   实现路径  

摘要： 自新冠肺炎疫情发生以来,我国经历了艰苦卓绝的抗疫历程,党中央将疫情防控作为头等大事来抓,坚毅果敢地做出“封城停产”等一系列重大的决策部署,经过全国人民共同的努力,中国的抗疫工作用很短时间取得了重大战略成果。在众志成城的抗疫实践中,涌现出无数感人的抗疫故事,孕育了伟大的抗疫精神。深入挖掘抗疫实践中蕴含的思想政治教育价值,将抗疫实践的感性材料和理性启示融入思想政治教育具有重大意义。本文紧紧围绕“中国抗击新冠肺炎疫情实践的思想政治教育价值”这一主题,运用文献研究法、跨学科研究法和比较研究法,以中国抗击新冠肺炎疫情的动态发展为起点展开研究。首先,阐述了中国抗击新冠肺炎疫情实践的理论基础、历程与成效,归纳了中国抗疫的政策变化以及取得的成果;其次,从国家和个人两个层面总结了中国抗击新冠肺炎疫情实践彰显的思想政治教育价值。国家层面,以探索抗疫实践展现的国家制度和治理优势为切入点,从增强人民“五个认同”的角度分析抗疫实践的价值。个人层面,通过相关案例,从提升人民无私奉献精神、集体主义精神、求真务实的科学精神、生命健康素养四个方面进行了总结;最后,探索了中国抗击新冠肺炎疫情实践的思想政治教育价值的实现路径,从丰富教育内容、优化教育方式两个方面,全方位为后疫情时代思想政治教育价值的实现提出建议。

关键词： 新型冠状病毒   灭活疫苗   体液免疫   免疫球蛋白G  

摘要： 背景由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-Co V-2)导致的新型冠状病毒感染疫情于2019年12月爆发,并对全球经济、卫生、生活产生了巨大影响。建立群体免疫是打赢这场攻坚战的关键之一,其中疫苗接种是控制COVID-19的一种首选方法。疫苗接种后的抗体滴度与疫苗保护性之间存在较强的相关性,但是抗体的产生具有异质性。目的本研究主要探索新冠灭活疫苗接种后体液免疫的动态变化及其临床意义,为我国疫苗接种策略及疫情防控提供理论依据。方法对拟接种2剂灭活疫苗的人群进行为期24周的随访,在3个时间点(2剂后2周、8周和24周)收集临床基本信息及外周血。检测其抗SARS-CoV-2 IgG抗体、中和抗体、血常规、外周血细胞因子浓度及新冠病毒特异性记忆B细胞、T淋巴细胞水平,观察疫苗接种后抗SARS-CoV-2 IgG抗体反应的动态变化及其影响因素,进一步根据抗SARS-CoV-2 IgG抗体反应的程度将人群分组以探索体液免疫反应不同的人群其它免疫指标的动态变化及差异。结果本研究共纳入386名灭活疫苗接种者。首先,接种第二剂疫苗后2周,参与者出现了强烈的体液免疫反应,抗SARS-CoV-2 IgG抗体血清转化率高达83.68%(n=323)。接种后的时间、年龄、BMI、基础疾病可以显著影响抗SARS-CoV-2 IgG抗体滴度的产生及变化趋势(P均小于0.05)。在免后2周时,具有高血压、糖尿病、高血脂或肿瘤病史的人群Ig G抗体水平均显著低于健康人群(P均小于0.05),然而,在年龄≥60组中,肿瘤亚组的人群抗体滴度显著低于高血压亚组、糖尿病亚组及高血脂亚组(P均小于0.05)。其次,接种灭活疫苗可有效引起外周血细胞因子(IL-2、TNF-α、IFN-γ)浓度升高以实现保护作用,并于免疫后8周达到峰值水平且抗SARS-CoV-2 IgG抗体阳性组的细胞因子浓度高于抗SARS-CoV-2 IgG抗体阴性组(P均小于0.05)。另外,第二剂灭活疫苗接种后24周时仍可检测到SARS-Co V-2特异性记忆B细胞、T淋巴细胞。结论(1)灭活疫苗可安全有效的引起体液免疫应答,包括抗SARS-CoV-2 IgG抗体、中和抗体及记忆B细胞;(2)年龄、BMI、基础疾病、距离第二剂的时间可显著影响抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平的动态变化;(3)灭活疫苗可在安全范围内刺激细胞因子的产生以实现保护作用,且抗体反应强或持久的人群产生的细胞因子浓度高于抗体反应弱且短暂的人群;(4)灭活疫苗接种后可诱导免疫记忆,于免后24周仍可检测到SARS-Co V-2特异性记忆B细胞和T淋巴细胞。

关键词： 呼吸道感染   儿童患者   病原谱   新冠肺炎  

摘要： 目的:自2020年1月以来，潮汕地区已采取措施限制新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的传播，如减少人口聚集、在公共场合戴口罩和停课。直到2020年9月，政府才取消这些限制。与此同时，孩子们回到了学校。我们旨在研究这些措施对新冠疫情爆发前、爆发期间及爆发后潮汕地区的住院儿童呼吸道感染病原谱的影响。　　方法:我们收集了 2019年5月至2021年4月在汕头大学医学院第二附属医院住院的6252例呼吸道感染患儿的咽拭子标本。并且利用液相芯片技术进行14种呼吸道病原体的核酸检测。根据疫情爆发情况及统计需要，以2020年1月1日及2020年9月1日为界，将纳入研究的患儿分为3组:疫情前组（2019年5月至2019年12月）、疫情组（2020年1月至2020年8月）和疫情后组（2020年9月至2021年4月），三个组之间的阳性检出率比较采用卡方检验。　　结果:本研究纳入6252名因呼吸道感染住院的儿童，分为三组:疫情前组2853名（2019年5月至12月），疫情组1222名（2020年1月至8月），疫情后组2177名（2020年9月至2021年4月）。疫情组病原体阳性检出率（61.0％,746/1222）明显低于疫情前组（74.5％,2125/2853;x2=74.191,P＜0.05）。但是，疫情后组阳性率升高（68.76％,1497/2177）,且显著高于疫情组（x2=20.767,P＜0.05）。三组之间肺炎链球菌的检出率无显著差异。疫情组与疫情后组比较，有统计学差异的主要病原体为甲型流感病毒（FluA）、副流感病毒（PIV）、人鼻病毒（HRV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、人偏肺病毒（hMPV）、博卡病毒（BoV）、卡他莫拉菌（MC）、肺炎支原体（MP）和百日咳杆菌（BP）。　　结论:减少人群聚集、戴口罩和其他疫情防控措施降低了疫情期间人群中除肺炎链球菌（SP）以外的其他13种病原体的流行率，并且这种影响可能会持续相对较长的时间。即使在人群聚集恢复后，甲型流感病毒（FluA）、乙型流感病毒（FluB）、腺病毒（ADV）、肺炎支原体（MP）和百日咳杆菌（BP）这些病原体的病例数和检出率仍显著低于疫情前组。然而，疫情后组的人鼻病毒（HRV）、人偏肺病毒（hMPV）、巨细胞病毒（CMV）的检出率高于疫情前组，表明人群聚集的恢复将导致这些病原体的感染率增加。

关键词： 新型冠状病毒   高通量测序   基因组变异   重组   进化  

摘要： 2019冠状病毒病（Corona Virus Disease 2019,COVID-19）于2019年底率先在武汉地区被报道并引起疫情暴发,随后在全国及世界各地引起广泛传播并迅速升级为全球重大公共卫生事件。全球经历了由Alpha、Beta、Delta、Omicron等新型冠状病毒（SARS-CoV-2,简称新冠病毒）变异株引起的多轮疫情高峰。截止2023年9月21日,全球报告的COVID-19确诊病例数已达770,778,396例,死亡病例达6,958,499例。这场全球大流行被视为二十一世纪影响最广泛、危害最严重的传染病疫情之一。随着人群免疫力提升,死亡率逐步下降,卫生系统承压减轻,全球疫情呈好转趋势,多数国家恢复到过去熟悉的生活。2023年5月5日,世界卫生组织宣布新冠疫情不再构成“国际关注的突发公共卫生事件”,然而这并不意味着新冠疫情不再是全球的健康威胁。新型冠状病毒（SARS-CoV-2）并非人类历史上第一次引起传染病疫情的冠状病毒种类,实际上,在近20年的时间里,新冠疫情之前,冠状病毒已经引发了另外两起具有重大影响的大规模疫情。由冠状病毒引起的这三次重大疫情的暴发表明了冠状病毒具有的高度变异性,对人类社会构成巨大的潜在威胁。随着时间推移,病毒发生的变异可能会影响其传播能力、致病性以及对现有治疗手段和疫苗的敏感性。对新冠病毒变异和进化规律研究有助于深入了解该病毒特性,帮助预测和应对可能产生的影响,从而更有效地制定和调整防控策略。高通量测序和基因组学技术为研究病毒的变异和进化扮演着不可或缺的角色。高通量测序技术能在极短时间内获取病毒或其他病原体的基因组信息,对这些基因组测序数据进行深入分析,能帮助研究人员在疫情初期迅速鉴定新冠病毒,并实时监测其在全球范围内的传播和变异,深入挖掘该病毒的进化规律。本研究以新型冠状病毒为研究对象,使用高通量测序技术、比较基因组学和群体遗传学方法,从以下三个方面开展研究:（1）建立针对新冠病毒的高通量测序策略和方法本研究针对原始样本（来自临床或环境）与细胞培养产物样本（来自实验室）这两种不同类型的样本分别构建高通量测序策略与方法。首先,对于靶标病毒含量较高的细胞培养产物样本,本研究采用提取RNA并直接测序的策略,并利用MGISEQ-2000测序平台进行测序,针对该测序策略和测序平台开发相应的数据分析流程,获取其基因组序列;对于靶标病毒含量较低的原始样本,本研究借助Ampli Seq扩增技术进行目标样本扩增测序,并结合Ion Gene StudioS5 Plus测序平台进行序列测定,针对该测序策略和测序平台开发相应数据分析流程,获取其基因组序列。本研究中,选取了82个原始样本和183个细胞培养产物样本对建立的新冠病毒高通量测序方法和分析流程进行验证,共获得82个原始样本的新冠病毒序列,其中37个样本获得高质量基因组全长序列,以及183个细胞培养产物样本的高质量基因组全长序列。另外,本研究还针对新冠病毒检测中对检测时效的重要需求,对测序体系进行优化,在保证精准判定结果的前提下提升检测速度。（2）基于自然暴发疫情样本的新冠病毒进化动力学研究本研究以武汉和北京新发地市场早期疫情样本为对象,对新冠病毒在自然暴发和传播状态下的变异及进化规律进行了探索。2020年6月11日,北京地区在连续56天本地新增病例为0的情况下,以北京新发地市场为中心,再次发生疫情警报,引起了本地新一波疫情传播。本研究收集了82个新发地市场新冠患者的咽拭子样本和环境样本,利用本研究中针对原始样本的新冠病毒高通量测序方法获得了37个样本的高质量基因组全长序列,并对其进行单核苷酸多态性分析和系统发育分析。研究结果表明,北京新发地疫情新冠病毒基因组序列的共有突变位点与当时欧洲各地暴发流行的B.1.1谱系特有突变位点相重合,在进化树上二者聚集在同一个系统发育分支。由于武汉地区早期疫情的暴发与北京地区此次疫情均出现在批发市场,为探索其共性与差异,本研究采用比较基因组学和群体遗传学方法对两个地区疫情中新冠病毒的传播模式和进化动力学进行分析。系统发育分析结果表明,北京新发地地区的新冠病毒序列位于当时欧洲地区流行的B.1.1分支,与武汉地区序列位于不同的谱系分支,因此,判定北京新发地疫情为一起境外输入事件,其疫情传播源头来自欧洲地区。虽然二者位于不同谱系,但其传播模式存在相似性,均有一个较为密集的主要传播中心,但武汉地区传播范围更广,有多次传播的趋势;而北京地区二次传播迹象不明显,可能与北京地区疫情防控响应较为迅速,较快的阻止了疫情进一步扩大有关。另外,贝叶斯进化分析推测北京新发地疫情的祖先病毒在2020年5月初出现。与新冠病毒的平均进化速率相比,武汉地区和北京新发地地区等早期进化阶段的新冠病毒平均进化速率为8.073×10 subs/site/y