关键词： 智能体建模   新型冠状病毒肺炎   防控措施   因素评估  

摘要： 针对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情传播及防控相关问题,基于智能体建模思想对COVID-19疫情进行研究。首先基于COVID-19传播机理在NetLogo平台建立数学模型,模拟疫情传播的真实过程;其次分析评估不同因素(如疫情防控措施,人群走动方式,COVID-19潜伏期、治愈期和死亡率等)对疫情传播的影响,以了解影响疫情态势的核心因素;进而分析和总结疫情传播的内在规律。

关键词： 新冠肺炎疫苗   知识产权豁免   TRIPS协定   疫苗可及性  

摘要： 2020年新冠肺炎疫情在全球爆发,被世界卫生组织定性为“国际关注的突发公共卫生事件”。从全球范围来看,人类至今没有完全走出疫情,且病毒还在不断变异中,对人类的威胁并未彻底消除,提升疫苗和药品的可及性是我们战胜病毒的唯一出路,但《TRIPS协定》框架下高标准药品知识产权保护严重阻碍了发展中国家尤其是最不发达国家民众的疫苗可及性,且其内部相关弹性条款的调试作用也非常有限,药品知识产权保护与生命健康权的冲突又一次引发全球关注。为解决疫苗可及性问题,知识产权豁免被提出讨论,即暂时性的豁免WTO成员国负有的《TRIPS协定》相关知识产权保护义务,这是疫情大爆发背景下对知识产权保护所做的暂时灵活性安排,也为未来全球再面临重大公共健康危机或类似挑战提供了样本。但由于发达国家与发展中国家分歧严重,新冠肺炎疫苗知识产权豁免谈判艰难,各方激烈交锋,进程缓慢,即使面对突发重大疫情,以发达国家为首的北方依然不想在新冠肺炎疫苗知识产权问题上与南方协调合作。我国作为发展中大国,在谈判陷入僵局时主动作出不适用新冠肺炎疫苗知识产权豁免的承诺,为豁免决定的最终达成做出了重要贡献,展现了大国担当,但也为我国带来了挑战:其一是在谈判过程中部分发达国家出于一己私利,借“健康治理”之名,行贸易保护之实,企图把中国分化出发展中国家阵营,使我国在疫苗知识产权豁免初始案文形成阶段被排除在外,未能掌握话语权;其二是发达国家还有可能在往后构建公共健康与知识产权灵活机制时故伎重演,违反WTO的非歧视性原则,把“主动承诺不适用”作为先例沿用,让我国“主动承诺不适用”成为常态,这不能不引起我国的警醒和重视。我国应当具有忧患意识,做到未雨绸缪,如习近平总书记指出的那样,“深度参与世界知识产权组织框架下的全球知识产权治理”,在维护WTO多边体制的前提下,通过推动构建人类卫生健康共同体、推动全球爆发重大公共健康危机时知识产权豁免的制度化来进行有效应对,促进构建以发展为导向的新型知识产权国际规则体系,切实维护自身权益。

关键词： 药物再利用   文本挖掘   半监督学习   分子对接   分子动力学模拟  

摘要： 在过去几十年里对冠状病毒的研究积累了丰富的知识。然而,到目前为止对由冠状病毒(特别是新型冠状病毒(SARS-CoV-2))引起的许多疾病还没有有效的治疗方法和药物。寻找抗冠状病毒药物是治疗由冠状病毒引发的疾病的主要手段之一。鉴定药物和冠状病毒相关蛋白质之间的相互作用是发现抗冠状病毒药物的关键步骤。药物再利用是快速寻找有效治疗由冠状病毒引发疾病的药物的有效策略之一,与新药物的研发相比,可以缩短时间,降低成本。利用计算机技术和算法以及对冠状病毒研究积累的知识为快速筛选和识别潜在抗新型冠状病毒的可再利用药物提供了一种可行的途径,为后续的实验和临床研究提供了可借鉴的指导和依据,并缩小了研究的范围。利用相关的药物和蛋白质数据库构建药物名列表和冠状病毒相关蛋白质名列表,增加限定词列表,设计了一个爬虫程序,在Pub Med数据库中检索相关研究论文的标题、摘要和关键词(如果存在)等构建文档集、文档药物名集、文档蛋白质名集。借鉴已有研究,计算文档向量、文档药物名集和文档蛋白质名集中每个药物名和蛋白质名在文档下的TF、IDF和TF-IDF值和对应的向量。利用余弦相似性计算每个蛋白质-药物对的得分,预测潜在的有相互作用的冠状病毒相关蛋白质-药物对。使用自标记方法,基于伪标签技术,以CNN作为监督学习模型构建半监督学习模型。利用训练集训练CNN得到预测CNN模型。构建伪标签数据集和微调训练集。用微调训练集训练预测CNN模型得到微调后的CNN模型。用微调后的CNN模型对预测数据集进行预测,得到预测的有相互作用的蛋白质-药物对。由于目前没有有效抗SARS-CoV-2的药物,因而,没有明确和标准的与SARS-CoV-2相关蛋白质-药物相互作用的正负样本集,对评估抗SARS-CoV-2药物预测结果有一定的局限性。本文用药物对比和分子对接方法评估预测结果。通过与不同药物数据库中和SARS-CoV-2(COVID-19)有关的药物和预测得到的药物进行对比分析说明本文所用方法的可行性。利用分子对接工具计算预测得到的药物和SARS-CoV-2感染人体的主要蛋白质之间相互作用的结合能,给出推荐的潜在抗SARS-CoV-2的可再利用药物和药物对。

关键词： 量子点   多重检测   侧流免疫层析   呼吸道病毒   新型冠状病毒  

摘要： 目的建立操作流程简便、检测灵敏度高的量子点侧流层析技术,实现集成化检测新型冠状病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒、腺病毒的方法。方法1、使用N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)和1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐(EDC)作为活化剂,将量子点荧光微球与病毒抗体进行偶联。2、在硝酸纤维素(NC)膜上以羊抗鼠IgG抗体作为质控线,呼吸道病毒捕获抗体作为检测线,通过优化标记与捕获抗体含量来提升试纸条的性能。3、615nm红色量子点(QBs)分别偶联新型冠状病毒(SARS-CoV-2)、甲型流感病毒(IAV)、乙型流感病毒(IBV)、腺病毒(ADV)四种抗体并制备相对应的四种免疫层析试纸条,组装至多通道免疫层析柱中集成化检测上述四种呼吸道病毒,使用多通道免疫层析检测仪检测荧光信号。结果1、SARS-CoV-2、IAV、IBV和ADV的抗原线性范围分别为0.01-100ng/mL、0.05-100ng/mL、0.5-100ng/mL、1-1000ng/mL。检测限分别为0.01ng/mL、0.05ng/mL、0.31ng/mL、0.40ng/mL,与胶体金免疫层析相比有较好的灵敏度。2、对4种病毒样本进行重复性检测,变异系数分别为6.09%、2.24%、7.92%和12.43%,表明该方法具有良好的稳定性。每种呼吸道病毒抗原分别进行高、中、低3个浓度检测,回收率为90.67%-105.85%,证明本研究方法具有良好准确性。3、将待测的呼吸道病毒和其他几种呼吸道病原体进行不同组合进行检测,均未发生交叉反应,验证了检测系统具有良好的特异性。4、使用模拟临床咽拭子样本进行PCR和侧流层析技术两个方法检测,临床验证了本实验具有临床可行性。结论量子点侧流免疫层析方法实现了针对SARS-CoV-2、IAV、IBV和ADV四种呼吸道病毒的集成化检测,流程简单、成本较低、检测速度快,灵敏度高,可应用于咽拭子样本,是一种理想的呼吸道病毒筛查方法。

关键词： 新冠肺炎感染   抗病毒药物   血清白蛋白   DNA   相互作用  

摘要： 新型冠状病毒一经出现就对世界各国的经济和人民的生活造成了严重的影响。迄今为止,使用现存药物进行对症下药式的治疗仍是医护人员对中、轻症状新冠感染患者的主要治疗方式。根据我国和世界卫生组织颁布的多版治疗方案,我们关注到了以下四种有前景的候选治疗药物:氯喹、羟氯喹、阿比朵尔和莫努皮那韦。蛋白质和DNA是生物体内重要的功能性大分子,是许多内外源性小分子的转运载体或作用靶点,它们被认为是重要的生物与医药领域的研究模型。因此,探究新型冠状病毒感染的候选治疗药物(氯喹、羟氯喹、阿比朵尔和莫努皮那韦)与生物大分子的相互作用,有助于全面了解四种药物在生物体内作用的过程与机制,为药物治疗效果的预测提供思路,并在药物设计、改进方面提供有价值的理论指导。第一章:对新型冠状病毒和候选的治疗药物:氯喹、羟氯喹、阿比朵尔和莫努皮那韦的性质、相关研究现状进行了概述。介绍了血清白蛋白和DNA的结构与生理功能,以及药物小分子与生物大分子相互作用的研究现状和研究方法。阐述了课题的理论依据、可行性以及创新性。第二章:对三种新型冠状病毒感染的候选治疗药物(氯喹、羟氯喹和阿比朵尔)与小牛胸腺DNA(ct DNA)之间的相互作用进行了探究。借助荧光光谱法、粘度法、电化学方法和分子模拟等方法确定了相互作用的结合机制以及结合强度,并通过计算热力学参数和圆二色光谱法得到了药物与ct DNA之间的主要作用力以及确定了药物对ct DNA结构的影响。第三章:初步探讨了四种新型冠状病毒感染的候选治疗药物(氯喹、羟氯喹、阿比朵尔和莫努皮那韦)与牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用。首先,通过荧光光谱法、紫外光谱法、分子模拟方法等方法确定了药物与BSA之间的猝灭模式、结合位点、主导作用力和构象影响。最后,通过对比不同药物与BSA间结合强度差异,探讨了药物的构效关系。第四章:对四种新型冠状病毒感染的候选治疗药物(氯喹、羟氯喹、阿比朵尔和莫努皮那韦)与人血清白蛋白(HSA)之间的相互作用进行了深入的研究。首先,运用荧光光谱法、紫外光谱法、时间分辨荧光光谱法阐明了药物与HSA之间的作用机制、结合能力、结合位点,并通过分子模拟方法进行对实验进行佐证。其次,通过圆二色光谱法、红外光谱法和同步荧光光谱法探究了药物对HSA的构象以及功能性的影响。最后,通过分子模拟方法探讨了氯喹类药物构效关系与亲和效应,提出可能的亲和能力优化方式。第五章:总结全文,对后续研究工作进行展望,并对新型冠状病毒感染的候选治疗药物与生物大分子的亲和相互作用研究提出参考意见。

关键词： 新文科   课程思政   舆论事件  

摘要： 新文科建设是国家创新文科教育，培养适应新时代要求的应用型复合型文科人才的重要举措。课程思政与新文科建设有着同向同行、协同发展的思想基础。本文结合武汉新冠肺炎疫情中日本对中国的捐赠特别是其中的中文诗词引发热议的案例，对案例中的思政元素进行提炼，并在此基础上对课程思政效果进行评估。同时对结合社会舆论热点事件的课程思政育人方式的优缺点进行了分析。

关键词： 新型冠状病毒   高通量筛选   病毒入侵宿主细胞   人鞘脂激活蛋白原   中和抗体样活性  

摘要： 目的由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型(新型冠状病毒)(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的大流行对世界公共卫生和经济产生了前所未有的影响。尤其是病毒传播过程中出现的一系列的病毒突变对于机体免疫反应形成一定程度的免疫逃逸。针对于S蛋白相关的病毒变异尤其影响病毒入侵宿主细胞过程,进而影响病毒的致病性。自病毒暴发流行以来,基于病毒的病原学、致病机制等的研究相继展开。针对于新冠病毒治疗相关的抗病毒策略通常作用于病毒生命周期的各个环节,相当一部分研究者致力于新冠病毒入侵阶段的抗病毒策略研究,这其中主要包括了中和抗体以及病毒融合阶段抑制剂等。对于新冠病毒入侵阶段的相关受体、宿主因子或抗病毒宿主蛋白的筛选同样引起关注。入侵作为病毒整个生命周期的早期阶段,对于病毒后期的存活及繁殖至关重要。因此影响病毒入侵的宿主基因在抗病毒研究中可能是更好的靶标,这对于新冠病毒抗病毒治疗具有重要意义。方法发现影响新冠病毒感染复制的相关宿主蛋白主要基于高通量筛选策略来实现。目前主要利用高通量筛选来寻找影响新冠病毒感染复制的相关宿主蛋白。基于基因操作的筛选策略主要分为两种:功能获得(gain of function,GOF)和功能缺失(loss of function,LOF)。功能获得主要包括cDNA文库质粒的过表达、CRISPRa基因激活以及转座子基因激活等;功能缺失主要包括RNA干扰(RNAi)、CRISPR-Cas9基因敲除等。目前现有的研究大多通过基因敲除策略进行筛选,从而富集到一些有利于病毒复制的宿主因子。而cDNA过表达往往仅限于相同生物学功能的基因文库(如干扰素刺激基因ISGs)筛选。因此,覆盖更广的人基因组cDNA文库筛选具有显著优势。本研究中,我们基于功能获得的高通量筛选策略,应用人全基因组cDNA文库过表达,经由新冠病毒假病毒感染进行高通量筛选,获得影响病毒入侵的潜在候选基因,并进一步应用分子生物学、细胞生物学、免疫学、病毒学等研究方法验证候选基因影响病毒入侵的分子机制。结果根据抑制病毒入侵表型的验证,重点关注人鞘脂激活蛋白原(prosaposin,PSAP)抑制新冠病毒入侵的作用和机制。PSAP蛋白在细胞内发挥调节溶酶体功能的作用,也可分泌至细胞外具有神经保护和胶质保护作用。我们的结果显示全长分泌形式的PSAP蛋白显著抑制新冠病毒假病毒以及活病毒的感染。进一步研究显示PSAP蛋白通过RBD结构域与S蛋白相互作用,并具有较高的亲和力。在机制上,我们发现PSAP蛋白通过与S蛋白相互作用促进S1亚基的释放进而抑制病毒入侵。分子对接模拟显示PSAP蛋白与S1蛋白在空间结构上存在相互作用,S1蛋白的分子间相互作用氨基酸均位于RBD结构域的RBM区域外。而在新冠病毒相关研究中同样存在着一类ACE2非竞争性的具有中和活性的中和抗体。其主要结合S蛋白RBD结构域与ACE2受体结合区域外的空间表位,并同样通过促进S1亚基释放的方式抑制病毒入侵。因此,我们认为PSAP蛋白在抑制新冠病毒入侵过程中具有中和抗体样(neutralizing antibody-like)活性。意义本研究发现人全长分泌型鞘脂激活蛋白原能够以细胞外分泌形式与新冠病毒S蛋白结合,并通过促进S1亚基释放的方式抑制病毒入侵,首次阐明一种神经系统相关的宿主蛋白具有中和抗体样活性的抗新冠病毒作用。总之,我们发现了神经系统领域相关宿主蛋白直接参与对新冠病毒入侵和感染的抑制,PSAP可以作为新冠病毒感染的限制性宿主因子,为治疗新冠病毒感染提供新的视角。

关键词： 新冠肺炎疫情   疫情防控档案   档案归集  

摘要： 2019年12月新型冠状病毒肺炎爆发以来,在党中央的统一部署和领导下,全国人民上下同心、全力以赴,同时间赛跑、与病魔较量,遏制了疫情扩散蔓延势头,并取得了抗击新冠肺炎疫情斗争重大战略成果。2020年2月,国家档案局出台《国家档案局关于新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间档案工作的通知》,明确提出,要求各级档案部门加强对疫情防控资料收集归档工作,确保新冠肺炎疫情防控档案应收尽收、应归尽归。同时肯定了新冠肺炎疫情防控档案的重要性,指出新冠肺炎疫情防控档案是党和政府在抗击疫情中取得的重要成果,它不仅可以为工作调查研究提供宝贵的参考和经验教训,也可以记录党和政府在抗击疫情方面取得的重大成就。探讨我国新冠肺炎疫情防控档案归集问题与对策,一方面有助于丰富我国新冠肺炎疫情防控档案归集的研究成果,另一方面对于我国各级综合档案馆加强新冠肺炎疫情档案归集工作具有参考作用。 笔者通过网络调研及电话访谈,首先收集了我国疫情防控档案归集的相关资料,其次阐述了新冠肺炎疫情防控档案的概念和新冠肺炎疫情防控档案归集的含义和必要性;再次归纳了我国新冠肺炎疫情防控档案归集工作的要求,梳理了归集工作取得的成效;接着从收集、整理、报送移交、专题建库工作等方面分析我国新冠肺炎疫情防控档案归集工作存在的问题:一收集方面存在范围待扩展、方式待提高、监督待加强的问题;二整理方面存在整理工作不及时、整理标准实施不到位的问题;三报送移交存在不及时、审核待加强的问题;四专题数据库建设存在建库进展缓慢、数据库安全保障不足的问题。为此,本文认为新冠肺炎疫情防控档案收集工作应向收集范围全面化、收集方式现代化、收集监督及时化方向发展;新冠肺炎疫情防控档案的整理应加强科学规范化整理、注重数字化整理;新冠肺炎疫情防控档案移交报送方面应强调报送移交及时化,加强报送移交审核现代化建设;新冠肺炎疫情防控档案专题建库方面应合理规划并加快建设进度、树立安全意识。

摘要： Objective To analyze the epidemiological and clinical characteristics of patients infected with different subtype of2019-nCoV Omicron variants BA.2 and BA.5in Xi'an *** A retrospective observational study was conducted to collect data of 168 patients infected with Omicron variant admitted to the designated hospital for COVID-19 charged by Xi'an Chest Hospital during *** were collected includingepidemiological,clinical features,