关键词： 传染病模型   数据拟合   新型冠状病毒肺炎  

摘要： 针对新型新冠病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)提出了一种五仓室SEIRD模型,考虑了人口死亡、潜伏期可以自愈或接受治疗以及病毒变异或抗体消失对模型的不同影响,数据拟合结果与实际情况吻合良好。研究结果表明防疫部门可通过限制人员流动、及时筛查出病毒潜伏者,做到及时发现和治疗,可有效控制疫情。

关键词： 新型冠状病毒   二肽基肽酶1   生物信息学   分子对接  

摘要： 目的 利用生物信息学和分子对接方法分析预测新冠病毒相关蛋白二肽基肽酶1(Dipeptidyl peptidase 1,DPP1)的特征信息,为探究其作用机制和靶向药物的研发提供理论依据。方法 通过NCBI获得DPP1氨基酸序列,利用ProtParam、PredictProtein、PSORT、ProtScale、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X、STRING和IEBD等软件或服务器对其理化性质、亚细胞定位、信号肽、跨膜区、二、三级结构、活性中心、对接结合口袋、B/T细胞抗原表位及相互作用蛋白等进行预测分析。结果 DPP1由463个氨基酸残基构成,有1个信号肽序列,无跨膜区,是稳定的亲水性分泌蛋白。二级结构以无规卷曲为主,存在3个活性中心和2个功能结构域,涉及去除底物末端二肽的肽酶功能。三级结构模型显示其为四聚体结构,蛋白单体与小分子抑制剂的活性结合口袋由VAL40、LYS63、VAL65、THR67、VAL142、GLY143、THR144、ALA145、ASN148和THR150等核心氨基酸组成。DPP1主要与10个蛋白存在相互作用,具有10个B细胞抗原表位和14个T细胞抗原表位。结论 DPP1为含有信号肽序列的稳定亲水分泌蛋白,该蛋白含有B、T细胞抗原表位,该研究为DPP1在COVID-19重症化中的作用机制和开发抗新冠靶向药物奠定了基础。

关键词： 流调   档案整理   疫情防控  

摘要： 本文结合工作实际,论述了疫情期间流调档案的管理工作。对以后可能发生的类似疫情防控工作具有重要参考、借鉴价值。

关键词： 肾移植   新型冠状病毒   感染   信使核糖核酸(mRNA)疫苗   腺病毒载体疫苗   疫苗效力   免疫抑制治疗   免疫反应  

摘要： 肾移植受者由于长期服用免疫抑制药,免疫功能低下,感染新型冠状病毒后有更高的重症风险,对该高风险人群进行预防性接种疫苗至关重要。但有证据表明,肾移植受者对新型冠状病毒疫苗的免疫反应显著弱于健康人群,美国的标准接种方案如接种2针信使核糖核酸(mRNA)疫苗并不足以为肾移植受者提供足够的保护作用。已有多项研究证明增加肾移植受者疫苗接种的次数能够提高疫苗的效力,而调整免疫抑制治疗对提高疫苗效力的证据仍十分有限。本文就肾移植受者接种新型冠状病毒疫苗的重要性、有效性、特殊性以及免疫抑制治疗对新型冠状病毒疫苗效力影响进行综述,以期为肾移植受者的疫苗接种提供参考。

关键词： 新型冠状病毒   重组疫苗   受体结合域突变   免疫原性  

摘要： 目的制备含有L452R和T478K突变位点的新型冠状病毒受体结合域(RBD)-破伤风类毒素蛋白(TT),表达后蛋白免疫小鼠以了解突变体蛋白的免疫原性。方法设计2对新型冠状病毒引物对RBD中的L452R和T478K进行突变,并将TT肽的核苷酸片段嵌入RBD中;利用大肠埃希菌表达系统表达蛋白,借助离子柱层析技术纯化出目的蛋白,复性获得空间构象后通过ELISA、高效液相和SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法(SDS-PAGE)等进行检定;免疫小鼠后ELISPOT检测其细胞免疫水平;用竞争法ELISA和活病毒中和试验评估其中和抗体对新型冠状病毒流行突变株的抑制能力。结果成功构建了新型冠状病毒RBD的L452R和T478K突变蛋白,蛋白相对分子质量为26390。小鼠免疫后产生了特异性的细胞免疫,突变蛋白组刺激后产生的分泌IFN-γ的效应T细胞为(21.43±11.71)个斑点形成细胞/5×10^(5)个细胞,高于对照组(3.38±2.56)个斑点形成细胞/5×10^(5)个细胞,差异有统计学意义(t=4.17,P=0.003);同时产生了针对新型冠状病毒德尔塔、奥密克戎(BA.1)流行株的高滴度中和抗体,中和滴度几何平均数分别为3012.28和1086.12。结论本研究所构建的L452R和T478K突变蛋白对流行的新型冠状病毒德尔塔、奥密克戎(BA.1)流行株有效,为开发重组广谱的新型冠状病毒疫苗提供依据。

关键词： 宣肺化浊汤   新冠肺炎德尔塔变异病毒   网络药理学   分子对接   作用机制  

摘要： 目的研究宣肺化浊汤治疗德尔塔变异型新冠肺炎轻症的机制。方法在线查询TCMSP、PubChem、SwissTargetPrediction数据库获取蜜麻黄、连翘、前胡、法半夏、麸炒苍术、广藿香、羌活、酒大黄、陈皮、黄芩10味中药的主要活性成分,利用GeneCards、OMIM等数据库获取德尔塔病毒作用靶点。Venny网站在线获取药物与疾病靶点交集,使用STRING数据库构建蛋白互作网络,并筛选核心靶点,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG通路富集分析,借助Cytoscape3.8.2软件将主要活性成分、关键靶点和信号通路之间的关系进行可视化处理。最后通过Autodocking vina v1.2.0将核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果宣肺化浊汤中含主要活性成分39个,对应靶点53个;酒大黄、陈皮、黄芩、广藿香、连翘、羌活为宣肺化浊汤的关键作用药物;naringenin、onjixanthone I、bicuculline、acacetin、baicalein、pachypodol为核心活性成分;JAK2、KIT、MMP-9、PIK3R1、KDR、GSK3B等靶点为蛋白互作网络中的核心靶点,各核心靶点和核心活性成分具有稳定的结合能。结论宣肺化浊汤通过多成分作用多靶点,调节多条信号通路宣肺透邪、清热化浊,发挥对新冠肺炎德尔塔变异病毒的治疗作用。

关键词： 冠状病毒感染   体层摄影术,螺旋计算机   人工智能  

摘要： 【目的】探讨新型冠状病毒Omicron变异株感染者CT影像特征及人工智能定量分析在其中的应用价值。【方法】回顾性分析怀化市第一人民医院2022年3月17日至3月26日确诊为新型冠状病毒Omicron变异株(B.1.1.529)感染的23例患者临床资料和胸部CT影像特征,应用人工智能软件对肺炎体积及肺炎占比进行自动识别和半定量计算,评估其在临床分型/严重程度分级中的应用价值。【结果】23例新型冠状病毒Omicron变异株感染患者,8例首次胸部CT呈阳性,肺内病灶表现为局限性磨玻璃影(6例)及结节状实变影(2例),主要分布于肺内中带,以单肺叶、肺段受累为主。患者单肺叶受累5例,4例单叶受累在左肺,1例单叶受累在右肺,3例双肺受累。8例患者均未发现胸腔积液及淋巴结增大。经人工智能分析,8例CT检查阳性患者中,所有患者CT总严重程度评分均≤5分,其中1分4例,2分1例,3分2例,5分1例,均属于轻度,部分患者治疗前后CT值明显下降。【结论】新型冠状病毒Omicron变异株感染者影像主要表现为局灶性磨玻璃影及实变结节,主要分布于肺内中带,以单肺叶、肺段受累为主,预后良好,人工智能定量分析对其早期识别和有效救治有重大意义。

关键词： 冠状病毒   新型冠状病毒感染   抗病毒治疗   早期   小分子抗病毒药物   共识解读  

摘要： 新型冠状病毒感染(COVID-19)自2019年底出现以来在全球迅速蔓延,人群普遍易感,导致数亿人感染并出现数百万的死亡病例,截止目前世界卫生组织仍继续列为"国际关注的突发公共卫生事件"。为确保COVID-19重症患者能够被"早发现、早识别、早干预",降低COVID-19重症转化率和病死率,以及进一步规范化COVID-19抗病毒药物的应用,国家传染病医学中心2023年1月在《新型冠状病毒感染诊疗方案(试行第十版)》的基础上组织编写了《新型冠状病毒感染者抗病毒治疗专家共识》(简称《专家共识》)。本文对《专家共识》的主要观点进行解读,主要包括新型冠状病毒(简称新冠病毒)的流行现状与病原学特点、新冠病毒感染的临床特点与分型、重点介绍了新冠病毒感染抗病毒药物,新冠病毒感染患者居家治疗用药指导以及出院后管理指导等内容。该共识是首部从多学科角度系统复习、归纳和分析COVID-19抗病毒药物应用的重要文献,可为各级医疗机构在COVID-19救治中抗病毒药物选择方面提供指导和参考。

关键词： 新型冠状病毒   全基因组测序   基因组特征  

摘要： 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为一种单链RNA病毒,可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序,并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树,以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp~29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列,基因组覆盖度97.82%~99.77%。与武汉参考株(GISAID号:EPI_ISL_402119)相比,共检测到64个错义突变,31个同义突变,3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法,8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支,其他6例毒株分布于不同的进化支中,与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是,一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份,说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。

关键词： 新冠肺炎   信息抽取   事件句抽取   篇章级事件抽取  

摘要： 事件抽取是信息抽取领域的一个研究热点。在新冠肺炎疫情常态化下,利用事件抽取技术可以筛选出有价值的信息。然而事件抽取领域缺乏精标注的新冠新闻训练数据集,且因部分事件的复杂性,论元不只存在于一句话中,需要多个句子才能完整描述一个事件。因此,首先构建新冠肺炎新闻数据集,接着提出一种三阶段的管道方法实现从篇章中抽取新冠肺炎事件。该方法对数据集进行事件类型分类;进行事件句的抽取;实现篇章级论元抽取。实验结果表明提出的方法能够减少事件分类时间,抽取两个事件句的条件下,对数据通报类论元识别效果最好,准确率、召回率和F1值达到75.0%、73.0%,和74.0%,证明方法能有效抽取新冠肺炎相关篇章级事件。