关键词： 新型冠状病毒   全基因组测序   基因组特征  

摘要： 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为一种单链RNA病毒,可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序,并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树,以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp~29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列,基因组覆盖度97.82%~99.77%。与武汉参考株(GISAID号:EPI_ISL_402119)相比,共检测到64个错义突变,31个同义突变,3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法,8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支,其他6例毒株分布于不同的进化支中,与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是,一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份,说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。

关键词： 新冠肺炎   信息抽取   事件句抽取   篇章级事件抽取  

摘要： 事件抽取是信息抽取领域的一个研究热点。在新冠肺炎疫情常态化下,利用事件抽取技术可以筛选出有价值的信息。然而事件抽取领域缺乏精标注的新冠新闻训练数据集,且因部分事件的复杂性,论元不只存在于一句话中,需要多个句子才能完整描述一个事件。因此,首先构建新冠肺炎新闻数据集,接着提出一种三阶段的管道方法实现从篇章中抽取新冠肺炎事件。该方法对数据集进行事件类型分类;进行事件句的抽取;实现篇章级论元抽取。实验结果表明提出的方法能够减少事件分类时间,抽取两个事件句的条件下,对数据通报类论元识别效果最好,准确率、召回率和F1值达到75.0%、73.0%,和74.0%,证明方法能有效抽取新冠肺炎相关篇章级事件。

关键词： 时间序列分析   自回归   移动平均   模型   结核   新型冠状病毒  

摘要： 目的 通过时间序列分析模型对不同时间唐山地区结核病发病人数进行预测预警,为该地区科学开展结核病疫情防控工作提供参考依据。方法 收集2005年1月至2021年12月唐山地区结核病发病人数,利用季节性自回归综合移动平均模型(seasonal autoregressive integrated moving average model, SARIMA)预测2022年结核病发病人数,同时利用该模型和秩检验,探索2020年新冠肺炎疫情期间该地区结核病发病预测人数与观察人数的差异性。结果 2005年1月至2021年12月,ARIMA(1,1,0)(1,1,2)s模型与实际结核病登记发病人数拟合效果较好(AR=-0.530,ARs=-0.967,MAs=0.861,P<0.05;Stationary R^(2)=0.558,R2=0.634,BIC=7.887;Ljung-Box Q=25.605,P<0.05),每年3、4和12月是结核病发病高峰,2022年发病人数预测值为1 800人。2005年至2019年,ARIMA(1,1,0)(1,1,2)s模型与实际发病人数拟合效果较好(AR=-0.544,ARs=-0.840,MAs=0.697,P<0.05;Stationary R^(2)=0.582,R^(2)=0.621,BIC=7.939;Ljung-Box Q=24.211,P<0.05),每年3、4和12月是发病高峰,2020年发病人数预测值为1 985人,2020年1月至5月结核病发病人数观察值与预测值差异有统计学意义(Z=-2.023,P<0.05)。结论 需提高唐山地区3、4和12月结核病的预警强度,防止该时期结核病疫情流行;同时加强新型冠状病毒肺炎等传染病疫情期间的结核病防治机构工作人员调度协调,完善应急体系,有效保障疫情期间结核病患者登记就诊。

关键词： 新型冠状病毒   奥密克戎变异株   辨证分型  

摘要： 目的 :分析本土新型冠状病毒(新冠)变异株感染轻型患者的中医证候特点,为该病的防治提供临床依据。方法:选取2022年3月24日—4月24日上海交通大学医学院附属瑞金医院北部院区以及嘉荷新苑方舱收治的感染新冠奥密克戎变异株轻型患者为研究对象,共计纳入188例。通过问卷星进行基本情况、疾病史、流行病学史、中医证候和转阴天数等的收集,分析患者的一般情况、舌苔脉象辨证分型,及不同证型转阴时间。结果:轻型患者基础体质均较好,合并各种基础疾病的比例均低于20%。根据舌象、舌形、舌苔观察,发现不同舌形转阴中位时间差异有统计学意义(P<0.01)。寒湿郁肺证占38.8%,邪热犯肺证占34.5%,湿遏肺卫证占23.4%,其中寒湿郁肺证及邪热犯肺证为感染奥密克戎变异株轻型患者的主要证型。各证型转阴中位天数差异无统计学意义(P>0.05)。结论:上海本土感染新冠奥密克戎变异株发病以疫毒兼挟寒湿之邪致病为主,其中寒湿郁肺证最多见。

关键词： 新型冠状病毒肺炎   聚集性疫情   职业暴露  

摘要： 目的 分析2021年10月17日至11月2日青海省西宁市一起职业暴露引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)聚集性疫情,探讨职业人群在COVID-19防护中存在的问题。方法 按照《新型冠状病毒肺炎防控方案(第八版)》的要求,开展流行病学调查及现场处置工作,采集病例、密切接触者和次密切接触者咽拭子标本,用反转录–聚合酶链式反应法进行核酸检测,使用高通量测序技术对部分确诊病例咽拭子样本进行基因测序。结果 本次疫情涉及病例11例,其中3例为家庭聚集性,8例为医护人员,女性9例;男性2例。共传3代,平均潜伏期为3.18 d,发病地点主要集中在办公室区域,共同使用电话、电脑等办公用品是本次疫情的高危行为,病例首发症状以咳嗽为主(10例,90.97%)。现场流调人员脱防护服时不规范以及防水靴套设计不科学,成为本次职业暴露的最主要风险点。本次疫情中新型冠状病毒基因序列属于VOC/Delta变异株。结论 本起疫情主要为职业暴露,建议流行病学现场防护服穿脱时指定专人监督和评估,建议改良防水靴套脚踝处设计,进入过现场的工作人员应减少与其他工作人员接触。

关键词： 新型冠状病毒感染   防控策略   应对建议  

摘要： 自新型冠状病毒肆虐人类以来,全球已经历了3年的大流行,是20世纪以来最为严重的突发公共卫生事件。本文回顾了3年来全球疫情发展形势,系统地分析新型冠状病毒感染疫情的流行特点、病毒特性、疾病特征以及相关干预措施有效性的发展变化情况,重点讨论在新形势下防控策略调整的必要性所需考虑的综合因素,包括病毒传播特性、免疫屏障、疾病负担和危害、药物治疗等。围绕资源准备、监测体系建立、重点人群疫苗接种、健康宣传等方面提出新阶段的新型冠状病毒感染疫情防控应对建议,为今后新发传染病的应急处置和综合防控提供有益借鉴。

关键词： 操作指南   疫情防控   修订内容   海事局   国内航行船舶   核酸检测   查验   船员  

摘要： 近日,中华人民共和国海事局发布了《船舶船员新冠肺炎疫情防控操作指南》(第12版)(简称《指南》)。《指南》主要包括如下修订内容:1)取消对登轮人员查验健康码、行程码等信息。2)国内航行船舶船员流动参照陆地人员流动相关防疫政策执行。3)取消船员境外上船登机前核酸检测要求。4)取消客运船舶乘客登轮前查验健康码、行程卡和核酸阴性证明的要求。5)船员在船期间健康异常,疑似新冠病毒感染者按照《新冠病毒感染者居家治疗指南》进行治疗。

关键词： 病毒基因组   病毒株   控制疫情   卫生健康  

摘要： 2022年2月下旬,上海市出现一波本土新型冠状病毒(以下简称新冠)感染疫情.根据上海市卫生健康委员会通报,自2022年2月26日0时至6月18日24时,累计本土确诊病例58 104例,治愈出院57 421例,死亡588例.研究发现,这轮感染的新冠病毒基因组属于新冠病毒奥密克戎BA2.2亚系[1].模型研究显示,若任由奥密克戎病毒株在中国传播,预计6个月可导致近155万人死亡[2].因此,有效控制疫情至关重要.

关键词： 新冠肺炎   奥密克戎   外感热病   马关   名医经验   陈乔林  

摘要： 2022年4月云南省马关县发生新冠肺炎疫情。结合其“湿热夹风”的病机特点,运用陈乔林教授关于外感热病和疫病“玄府郁闭”的病机理论,治疗上借鉴“各通其脏脉,汗泄开郁”的方法和脓毒症“四个转折点”的学术思想,针对不同危险人群拟定了马关避疫方、马关截疫方和马关抗疫方,并随证加减治疗,取得了满意效果。

关键词： 新型冠状病毒   毒株变异   浊毒犯络   化浊解毒  

摘要： 结合临床实践经验,从新冠病毒毒株的变异、中医对疫病的认识、中医的临床救治进行整理和思考,提出“浊毒犯络”的防疫思路,防治结合,分型论治,截断病势,以化浊解毒贯穿于治疗的始终。