关键词:
新型冠状病毒
高通量测序
传播链
变异位点
摘要:
目的 对2022年山东省某地级市同一时间内发生点多、涉及范围广的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情相关病例鼻咽拭子标本进行全基因组测序并进行传播链分析,为疫情精准防控提供科学依据。方法 对8份流调线路不清晰COVID-19病例的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)阳性鼻咽拭子标本(样本编号分别为Boshanqu1107Liuyan、Boshanqu1107langfengsen、Linziqu1107niuyueju、Linziqu 1107liling、Boshanqu1107liudaodong、Linziqu1107chengmaoj、Boshanqu1107songxiaoyun、Jingkaiqu1018caomingwei)进行高通量测序,对测序下机数据使用高通量测序数据分析软件CLC进行拼接并进行测序质量评估,在线对病毒进行分型及变异位点分析,采用MEGA11.0软件构建全基因组序列系统进化树(Neighbor-joining法)进行传播链分析。结果 共获得8条SARS-CoV-2全基因组序列,基因组全长均为29 870 bp,序列缺失碱基数量为236~241,基因组平均测序深度为13 579×,基因组覆盖度均为99.2%,均属于奥密克戎BA.5.2变异株。从系统进化树可以看出,该8例病例共分为2个不同传播分支,其中Jingkaiqu1018caomingwei与新冠序列数据库中Jingkaiqu1010zhanglong、Jingkaiqu1010xingfangjie 2例COVID-19病例共属同一传播分支,并且3例样本序列完全一致;其余7例序列均为同一传播分支,其中Boshanqu1107Liuyan、Boshanqu1107liudaodong、Boshanqu1107songxiaoyun、Boshanqu1107langfengsen4例SARS-CoV-2基因组序列与数据库中Boshanqu20221104songruijuan序列完全一致;Linziqu1107niuyueju、Linziqu1107liling、Linziqu1107chengmaoj序列与数据库中Linziqu1027gaoyongchang等4例样本序列完全一致。结论通过对SARS-CoV-2的全基因组进行系统进化树分析,可有效获得病毒之间的亲缘关系,助力精准开展流行病学调查及传播链分析,为疫情防控提供参考依据。