关键词： 重症病例   确诊病例   新冠病毒感染  

摘要： 一、全国新冠病毒感染病例报告情况2025年1月1日至1月31日,全国31个省(自治区、直辖市)及新疆生产建设兵团报告新增确诊病例33 218例,其中重症病例163例、死亡病例4例(其中新冠病毒感染导致呼吸功能衰竭死亡病例1例、基础疾病合并新冠病毒感染死亡病例3例),疫情总体呈波动下降趋势。二、全国发热门诊(诊室)诊疗情况2025年1月1日至1月31日,全国31个省(自治区、直辖市)及新疆生产建设兵团发热门诊(诊室)诊疗量总体呈波动下降趋势。1月1日至1月5日在11.7万至13.8万(本月最高)之间波动,随后波动下降至1月28日的5.2万(本月最低),1月31日为6.9万。三、哨点医院监测情况2025年第1周(2024年12月30日至2025年1月5日)至第5周(1月27日至2月2日),全国哨点医院流感样病例占门(急)诊就诊人数比例在5.1%~7.3%之间,流感样病例占比分别为7.3%、6.7%、6.0%、5.1%和6.8%。

关键词： 新型冠状病毒   Nanopore   S蛋白   TBtools-Ⅱ   VarEPS  

摘要： 为了解北京市朝阳区新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)本土变异株基因型构成及关键基因特征,本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列,采用Pangolin v4.3在线分型平台和Nextclade v3.3.1在线分析工具,获取基因分型、氨基酸变异等信息,并通过TBtools-Ⅱ v2.070绘制氨基酸变异热图。同时,利用VarEPS在线系统(https://***/ncovn/lineage)评估氨基酸变异对本地区新冠病毒S蛋白编码基因的血管紧张素转化酶2(Angiotensin converting enzyme 2,ACE2)受体结合能力及稳定性、抗体亲和力和蛋白质功能的影响等进行分析。结果显示185例(质量评估≥mediocre)SARS-CoV-2序列均为奥密克戎变异株,按照Pangolin分型法可分为8个分支,JN.1(BA.2.***.1.1/B.1.1.529.2.***.1.1)及其亚分支占比最高(42.16%,78/185),与系统进化树显示结果一致。从2023年6月至8月以EG.5.1及其亚分支为主(40.00%~68.00%),再以HK.3及其亚分支为优势毒株(9月至11月,76.09%),继而转换为JN.1及其亚分支为绝对优势分支。EG.5.1和HK.3及其亚分支分别在20岁~39岁年龄组(52.94%)和20岁~49岁人群占比最高(62.50%),而JN.1及其亚分支在60岁~89岁年龄组占比较高(56.41%)。氨基酸变异分析显示,本研究SARS-CoV-2序列平均发生113个(95个~128个)核苷酸变异,其中由于非同义突变引起平均80个(65个~91个)氨基酸突变,其中S蛋白编码基因变异最为频繁(1.02%~1.36%)。进一步分析发现,相较EG.5.1和HK.3及其亚分支,JN.1及其亚分支在NTD等多个区域均发生氨基酸变异位点数量新增/减少。同时,JN.1及其分支增加的P1143L、L452R和N450D等氨基酸变异位点可能会降低S蛋白与中和抗体的结合稳定性和/或降低S蛋白与ACE2受体之间的结合稳定性。并且,本研究所有序列在NSP1、蛋白酶木瓜样蛋白酶(PLpro,NSP3)、3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶(3CLpro,NSP5)编码基因以及其他结构蛋白等关键编码基因亦发生突变。本研究结果提示JN.1及其亚分支关键位点氨基酸变异频繁,相较EG.5.1和HK.3及其亚分支可能具有更强的传播能力和免疫逃逸能力,应持续并继续加强新冠病毒病原学监测。

关键词： 新型冠状病毒感染   精神障碍   病例报告  

摘要： 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染后出现的精神症状多为谵妄、认知功能障碍、创伤后应激障碍以及情绪相关障碍,精神病性症状在临床上较少见。本文报道4例新型冠状病毒感染后出现急性而短暂的精神病性障碍的患者住院治疗及出院后1年的随访情况,并对相关文献进行复习,增加对新型冠状病毒感染后出现精神症状的认识,提高对疾病和症状发生发展的了解,做到早期识别、妥善治疗。

关键词： 新型冠状病毒   奥密克戎突变株   淋巴细胞亚群  

摘要： 目的:新型冠状病毒奥密克戎突变株感染与前几代突变株相比呈现出了不同的特点,有必要重新评估判断病情严重程度的特异性指标。方法:本研究收集了2022年12月-2023年2月期间因新型冠状病毒奥密克戎突变株感染住院的181名成年患者的临床信息和实验室检验结果,将患者分为普通型、重型和危重型三组,回顾性分析了三组患者的免疫学检验指标与疾病严重程度之间的关系。结果:本研究发现患者体液免疫指标在普通型和危重型两组患者中无显著性差异,而细胞免疫指标,主要是淋巴细胞亚群绝对数存在显著性差异(B细胞除外)。特别是应用NK细胞、CD4^(+)T细胞和CD8^(+)T细胞的绝对数三个指标建立的预测危重型患者的ROC诊断模型,曲线下面积AUC达到0.902。结论:NK细胞、CD4^(+)T细胞和CD8^(+)T细胞的绝对数有可能作为预测奥密克戎感染危重病情的指标之一。

关键词： 新型冠状病毒   变异株   XBB   流行特征  

摘要： 目的 分析2023年眉山市新冠病毒变异株的流行病学特征，为完善防控策略和措施提供参考依据。方法 针对2023年眉山市医疗机构收集的232份新冠病毒感染者核酸样本进行基因测序工作。同时，为了深入了解疫情传播特点，对接受流行病学调查的213例XBB变异株感染者进行了描述性流行病学特征分析，利用Excel 2019软件对资料进行数据整理，同时，采用SPSS 25.0软件对数据进行卡方检验和多因素非条件Logistic回归分析，以α=0.05作为检验水准。结果 本次研究最终获得的223份有效基因测序样本均为Omicron变异菌株。2、3月主要流行毒株为BA.5及其亚分支和BF.7及其亚分支。XBB及其分支于2月首次发现，4月后成为主要流行毒株。截至2023年12月，XBB及其分支逐渐成为眉山市的绝对优势流行毒株（χ2=26.544,P<0.001）。2023年XBB分型中XBB.1.9型别占比最大（82.16%,175/213）。接受流行病学调查的213例XBB感染者中，年龄最小为1月龄，最大为93岁，主要集中于20岁以下（31.46%）和60岁以上（36.62%）两类人群。临床症状方面，无临床症状18例（8.45%），有发热、咳嗽、喉咙痛等临床症状195例（91.55%）。首次感染占比85.45%（182/213）。疫苗接种情况显示有33.80%（72/213）的感染者未接种新冠肺炎疫苗，接种1剂次的仅占3.29%（7/213），接种2剂次的为13.15%（28/213），接种3剂次及以上为49.76%（106/213）。通过多因素Logistic回归分析，未感染过新冠病毒以及未接种新冠肺炎疫苗，均显著增加XBB感染者出现临床症状的风险。结论 2023年眉山市以XBB及其亚分支为优势流行毒株，感染者临床表现以上呼吸道症状为主。既往感染新冠病毒和接种新冠疫苗可能降低感染时出现临床症状的风险，应继续保持对新冠变异株的监测，并持续推进新冠疫苗接种工作。

关键词： 新型冠状病毒   异源序贯免疫   同质免疫   B细胞免疫反应   RBD   抗原特异性记忆B细胞  

摘要： 目的评价18~69岁人群同质和异源序贯加强新冠疫苗免疫后的B细胞免疫反应强度。方法对人群采用灭活疫苗基础免疫后,进行加强疫苗接种免疫。根据加强疫苗接种的种类不同分为三组,分别为注射新冠灭活疫苗组、腺病毒载体疫苗组、重组新冠病毒蛋白疫苗组(CHO细胞)。并在疫苗加强接种前、接种后第7天和第1个月,采集加强前后三个时间点受试者的外周血液标本并分离其单个核细胞。使用荧光标记的多聚探针结合多色流式细胞技术检测新冠病毒表面刺突蛋白上的受体结合结构域(receptor binding domain,RBD)特异性的记忆B细胞,评价疫苗疫苗后的B细胞应答水平。结果加强疫苗接种免疫均可以产生更强的B细胞反应,而且使用腺病毒载体疫苗或重组蛋白疫苗序贯加强新冠疫苗的人群能产生更强的抗原特异性记忆B细胞水平,并且两组之间的差异具有统计学意义(P<0.05)。而使用腺病毒载体疫苗或重组蛋白疫苗序贯加强新冠疫苗的人群中抗原特异性记忆B细胞两组之间的差异无统计学意义(P>0.05)此外,加强新冠疫苗接种后,产生更多针对原型株抗原特异性记忆B细胞,而针对Omicron抗原特异性记忆B细胞比例的相对较低。结论采用异源序贯免疫加强方式比同质免疫加强能够产生更强的RBD抗原特异性记忆B细胞免疫反应,且仍能检测到Omicron变异株RBD抗原特异性记忆B细胞的存在,说明细胞免疫的相对保守性。

关键词： 新冠病毒感染疫情   入境包机   闭环管理   消毒效果  

摘要： 目的 了解新型冠状病毒感染疫情(简称疫情)期间兰州新区入境包机闭环管理转运车辆及隔离场所的消毒质量,为完善入境包机闭环疾病防控管理提供依据。方法 采用问卷调查和消毒效果监测方法,对疫情期间兰州新区入境人员转运车辆和集中隔离点客房消毒质量进行评价与分析。结果 疫情期间,兰州新区累计承接入境包机25架次,旅客共计5 489人,检出核酸阳性264人,共实施预防性消毒13 079次,疫源地消毒989次,消毒执行率100%。共采集检测不同消毒对象样本76 413份,消毒合格率为99.85%。不同消毒对象中,室内空气、物体表面和污水消毒合格率依次为99.39%、99.91%和82.29%。结论 疫情期间兰州新区对入境包机闭环管理消毒规范有序,技术方案合理,消毒效果良好。

关键词： 机器学习   新型冠状病毒感染   森林图   人工智能   极端梯度提升(XGBoost)   预后   预测模型  

摘要： 目的探讨影响新型冠状病毒感染(novel coronavirus pneumonia;别名corona virus disease 2019,COVID-19)重症病人预后的危险因素,建立预测模型并进行验证,进而准确地评估COVID-19重症病人的不良预后。方法收集2022年11月1日至2023年7月1日沧州市中心医院收治的526例COVID-19重症病人的临床指标与结局(院内28 d内死亡或存活)。用于R软件“caret”包,将526例病人按7∶3的比例拆分为两组:训练集(n=369)用于模型训练,测试集(n=157)用于模型验证。利用极端梯度提升(XGBoost)、随机森林(RF)2种机器学习算法构建病人临床结局的预测模型,应用SHAP进行XGBoost模型可解释性分析,分别得出影响病人预后的变量。将RF和XGBoost得出的变量取交集得到差异有统计学意义的变量,进而构建决策树模型。最后,在训练集和测试集上利用受试者操作特征曲线(ROC曲线)、曲线下面积(AUC)评估所决策树模型的预测性能。结果通过XGBoost模型得到与院内死亡相关的变量15个,随机森林模型得到与院内死亡相关的变量23个,两种模型取交集得到13个与院内死亡相关性最强的重要变量(白细胞介素-6、N端脑钠肽前体、白蛋白、超敏肌钙蛋白I、淋巴细胞、血乳酸、α-羟丁氨酸、肌酸激酶同工酶、动脉血氧分压、年龄、尿素氮、血红蛋白、乳酸脱氢酶)。用这13个重要变量构建决策树模型,得出2个与病人死亡最相关的变量(白细胞介素-6、淋巴细胞),死亡组病人的白细胞介素-6为155.48(42.81,691.3)ng/L,显著高于存活组15.38(10.51,31.11)ng/L(Z=37387.50,P<0.001)。死亡组病人的淋巴细胞为5.4(3.3,12.6)%,显著低于存活组13.5(8.62,22.28)%(Z=10584.50,P<0.001)。在训练集上的决策树模型预测COVID-19重症病人死亡的AUC为0.86,在测试集上的AUC为0.84。结论基于XGBoost和随机森林这2种机器学习方法构建的决策树模型能够更准确地评估COVID-19重症病人的不良预后。

关键词： 新型冠状病毒   远距离传播   大气污染物   HYSPLIT   轨迹模型  

摘要： 本文提出一种基于大气污染物流动的新型冠状病毒远距离传播假说。利用混合单粒子拉格朗日综合轨迹模型(Hybrid single-particle lagrangian integrated trajectory,HYSPLIT),分析俄罗斯阿穆尔州布拉戈维申斯克市(以下简称布市)至中国黑河市的大气污染物流动状态及持续时间,并对其与黑河新冠疫情的关联性进行回顾性调查和验证。研究发现,布市至黑河的大气污染物持续流动时间对黑河疫情的发生具有显著影响。当布市存在较多病例且大气污染物持续流动时间达到30小时以上时,黑河发生疫情的概率显著升高(概率为85.7%)。相反,当大气污染物持续流动时间较短时,即使布市病例数量极高,黑河也未记录到疫情发生。本研究结果表明,新型冠状病毒借助大气污染物进行远距离传播具有较高的可能性。

关键词： 新型冠状病毒   动物   病原变异   防控  

摘要： 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是导致当前COVID-19大流行的病原体。根据世界动物卫生组织(WOAH)的数据,截至2023年6月全球已报告775起动物感染新型冠状病毒疫情,涉及36个国家的水貂、猫、狮子等29个物种,对全球公共卫生和社会经济造成严重的影响。新型冠状病毒感染动物后,其基因组会发生变异甚至出现再传染给人类的可能。本文对动物感染新型冠状病毒的病原学、易感动物及主要症状、遗传变异机制、动物模型、诊断、疫苗和综合防控措施进行综述和展望,以期为动物感染新型冠状病毒的防控提供参考。